123.fas.2.7.7.80.10.50.500.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NC_035345
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  191481

Tables:   1   

This is table  1  of  1  ( 106 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--185	30	6.2	30	92	1	302	32	8	35	23	1.85
1--185	59	3.1	60	90	2	302	32	8	35	23	1.85
1--185	89	2.1	89	100	0	370	32	8	35	23	1.85
200--263	30	2.1	30	100	0	128	34	6	37	21	1.79
5725--5792	30	2.3	30	100	0	136	22	38	5	33	1.78
5908--5953	12	3.8	12	81	13	58	17	34	17	30	1.93
7491--7521	15	2.1	15	93	0	53	35	12	35	16	1.87
9825--9854	15	2.0	15	93	0	51	36	13	33	16	1.88
12387--12416	15	2.0	15	93	0	51	36	13	33	16	1.88
12460--12521	21	3.0	21	100	0	124	19	24	33	22	1.97
12451--12480	15	2.0	15	93	0	51	20	23	33	23	1.97
12531--12591	18	3.4	18	86	8	88	34	9	39	16	1.82
13217--13447	29	7.9	29	92	1	354	32	8	33	25	1.86
13195--13452	59	4.4	59	91	1	437	32	8	34	24	1.86
13461--13528	30	2.3	30	97	2	129	35	5	38	20	1.77
13537--13586	24	2.4	19	72	27	55	30	16	40	14	1.87
14250--14276	12	2.2	12	100	0	54	14	37	14	33	1.88
16233--16273	18	2.3	18	100	0	82	31	9	41	17	1.82
16240--16279	18	2.2	18	90	0	62	37	12	35	15	1.85
20863--20891	15	1.9	15	100	0	58	13	34	13	37	1.85
20927--20997	35	2.0	35	88	0	106	11	39	18	30	1.86
21005--21078	36	2.1	36	94	5	132	8	36	20	35	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21091--21128	20	1.9	20	88	0	58	15	39	0	44	1.47
22442--22476	17	2.1	17	100	0	70	17	28	11	42	1.83
22476--22512	17	2.2	17	95	0	65	0	27	35	37	1.57
32965--33002	18	2.1	18	100	0	76	21	23	36	18	1.95
33509--33628	62	1.9	62	100	0	240	15	36	17	30	1.91
33641--33723	37	2.3	37	93	2	141	7	38	18	36	1.78
41058--41111	27	2.0	27	92	0	90	11	37	11	40	1.76
41911--41975	30	2.1	33	85	8	91	10	40	7	41	1.69
44020--44048	15	1.9	15	100	0	58	13	34	13	37	1.85
44224--44258	15	2.3	15	100	0	70	20	42	11	25	1.85
49169--49223	18	3.1	18	70	0	56	18	36	10	34	1.86
50884--50912	15	1.9	15	100	0	58	13	34	13	37	1.85
50988--51017	15	2.0	15	93	0	51	16	33	13	36	1.88
51019--51138	62	1.9	62	100	0	240	17	38	10	34	1.83
52907--52936	15	2.0	15	93	0	51	36	13	33	16	1.88
53024--53061	20	1.9	20	88	0	58	44	0	39	15	1.47
53074--53147	36	2.1	36	94	5	132	35	20	36	8	1.82
56452--56517	33	2.0	33	93	0	114	22	37	10	28	1.88
56582--56608	12	2.2	12	100	0	54	14	37	14	33	1.88
57398--57453	18	3.1	18	68	0	58	17	37	10	33	1.85
59543--59595	16	3.4	16	79	10	74	11	37	15	35	1.83
59545--59621	29	2.6	30	87	6	104	12	37	14	35	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71819--71871	16	3.4	16	79	10	74	35	15	37	11	1.83
74302--74330	15	1.9	15	100	0	58	37	13	34	13	1.85
76258--76284	12	2.2	12	100	0	54	33	14	37	14	1.88
76390--76461	35	2.1	35	100	0	144	33	13	41	11	1.80
76472--76498	12	2.2	12	100	0	54	33	14	37	14	1.88
76619--76671	16	3.4	16	79	10	74	35	15	37	11	1.83
76741--76767	12	2.2	12	100	0	54	33	14	37	14	1.88
77730--77760	15	2.1	15	100	0	62	38	12	35	12	1.82
77745--77850	54	2.0	54	94	0	185	33	12	37	16	1.85
78957--78992	18	1.9	19	88	5	56	30	27	27	13	1.94
79648--79682	18	1.9	18	100	0	70	22	20	17	40	1.92
80793--80821	15	1.9	15	100	0	58	13	34	13	37	1.85
83335--83625	30	9.8	30	92	2	480	32	8	35	21	1.85
83640--83707	30	2.3	30	100	0	136	33	5	38	22	1.78
83718--83812	36	2.6	36	96	3	174	33	20	36	9	1.85
92388--92470	30	2.6	33	71	11	82	18	37	12	32	1.87
92883--92992	37	3.0	37	95	0	202	20	38	10	31	1.85
97318--97508	30	6.4	30	92	1	314	32	8	35	23	1.86
97318--97508	59	3.2	60	90	2	314	32	8	35	23	1.86
97318--97508	89	2.1	89	100	0	382	32	8	35	23	1.86
97523--97586	30	2.1	30	100	0	128	34	6	37	21	1.79
103034--103060	12	2.2	12	100	0	54	33	14	37	14	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103088--103141	18	3.0	18	66	0	54	35	11	35	18	1.86
103114--103235	63	1.9	63	91	5	201	32	7	34	25	1.84
106043--106071	15	1.9	15	100	0	58	37	13	34	13	1.85
106744--106772	15	1.9	15	100	0	58	37	13	34	13	1.85
115448--115485	18	2.1	18	100	0	76	21	23	36	18	1.95
115992--116111	62	1.9	62	100	0	240	15	36	17	30	1.91
116124--116206	37	2.3	37	93	2	141	7	38	18	36	1.78
118583--118634	16	3.2	16	94	0	95	19	1	42	36	1.62
118949--118977	15	1.9	15	100	0	58	37	13	34	13	1.85
128952--129002	23	2.2	23	100	0	102	47	7	17	27	1.75
133071--133120	13	3.8	13	77	20	50	44	0	12	44	1.41
133060--133104	23	1.9	24	90	4	74	40	0	11	48	1.39
133094--133139	17	2.8	17	87	9	69	45	0	10	43	1.39
133073--133138	15	4.6	15	81	14	86	46	0	10	42	1.38
136908--136937	15	2.0	15	93	0	51	16	33	13	36	1.88
137012--137113	32	3.3	32	80	8	147	33	27	11	27	1.92
137129--137158	11	2.6	12	94	5	53	16	33	13	36	1.88
138636--138708	36	2.0	36	94	5	130	35	20	35	8	1.83
138963--138987	12	2.1	12	100	0	50	52	0	40	8	1.31
138752--138959	62	3.4	62	100	0	416	29	18	35	16	1.93
138752--138988	124	1.9	124	89	3	370	31	16	36	16	1.90
139830--139938	33	3.3	33	97	0	209	23	20	38	17	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140048--140085	9	4.2	9	93	0	67	13	2	44	39	1.57
144293--144321	14	2.1	14	100	0	58	20	13	34	31	1.92
148750--148890	62	2.3	62	100	0	282	31	30	7	30	1.84
155507--155543	16	2.4	15	90	4	56	45	5	0	48	1.25
155668--155836	32	5.3	32	100	0	338	8	44	17	28	1.79
156598--156674	30	2.6	30	100	0	154	12	37	14	35	1.84
156580--156682	15	6.6	15	76	13	93	13	37	14	33	1.86
161438--161470	17	1.9	17	93	0	57	27	24	24	24	2.00
163001--163055	18	3.1	18	70	0	56	34	10	36	18	1.86
164695--164803	32	3.5	32	80	7	143	27	11	27	33	1.92
178407--178688	30	9.5	30	90	3	455	32	9	35	22	1.86
178407--178688	59	4.8	60	92	2	455	32	9	35	22	1.86
178407--178688	89	3.2	89	98	0	548	32	9	35	22	1.86
178703--178770	30	2.3	30	100	0	136	33	5	38	22	1.78
178781--178875	36	2.6	36	96	3	174	33	20	36	9	1.85
187451--187533	30	2.6	33	71	11	82	18	37	12	32	1.87
187946--188055	37	3.0	37	95	0	202	20	38	10	31	1.85
189873--189899	12	2.2	12	100	0	54	14	37	14	33	1.88

Tables:   1

The End!