123.fas.2.7.7.80.10.50.500.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NC_029130
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  978846

Tables:   1   2   3   4   5   

This is table  4  of  5  ( 512 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
674296--674364	24	2.9	24	84	0	93	15	36	28	18	1.92
682035--682106	26	3.0	25	69	17	62	29	29	29	12	1.93
683999--684041	22	2.0	22	100	0	86	23	37	23	16	1.94
684816--684868	6	8.8	6	78	15	56	49	32	3	15	1.62
684816--684862	12	3.8	13	88	5	64	48	29	4	17	1.65
691908--691941	16	2.1	16	100	0	68	26	32	29	11	1.92
691938--691975	19	2.0	19	100	0	76	21	42	10	26	1.85
692018--692073	28	2.0	28	100	0	112	21	35	21	21	1.96
692287--692313	14	1.9	14	100	0	54	18	44	7	29	1.77
692300--692337	18	2.1	18	100	0	76	18	31	10	39	1.85
692987--693018	4	8.0	4	100	0	64	25	0	25	50	1.50
694635--694662	14	2.0	14	100	0	56	14	50	14	21	1.78
696990--697033	12	3.7	12	82	11	63	6	9	38	45	1.63
696988--697041	24	2.2	24	96	0	99	7	7	37	48	1.59
704004--704078	37	2.0	37	100	0	150	24	33	29	13	1.93
706276--706303	14	2.0	14	100	0	56	14	21	42	21	1.88
708180--708204	12	2.1	12	100	0	50	32	52	8	8	1.60
712183--712246	3	21.0	3	96	3	119	32	34	32	0	1.58
712253--712293	5	8.2	5	97	0	73	56	2	41	0	1.13
712288--712327	4	9.8	4	97	2	71	47	25	27	0	1.52
713145--713188	13	3.4	13	93	0	79	38	2	43	15	1.60
715805--715863	26	2.2	26	87	3	82	8	44	25	22	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
715801--715861	27	2.3	28	83	11	83	8	44	22	24	1.80
716159--716187	15	1.9	15	100	0	58	0	13	51	34	1.42
720215--720261	12	3.9	12	94	0	76	8	12	40	38	1.74
720214--720275	24	2.6	23	82	7	88	8	12	38	40	1.73
721925--721956	16	2.0	16	100	0	64	18	18	31	31	1.95
726443--726530	39	2.4	37	85	9	124	14	22	39	22	1.91
730012--730065	27	2.0	27	100	0	108	22	18	33	25	1.97
737087--737114	9	3.1	9	100	0	56	21	0	46	32	1.52
742223--742300	39	2.0	39	97	0	147	26	34	15	23	1.94
742666--742695	15	2.0	15	100	0	60	13	20	26	40	1.89
745010--745055	23	2.0	23	100	0	92	21	13	47	17	1.81
747306--747359	28	2.0	27	89	10	85	22	27	22	27	1.99
750567--750600	17	2.0	17	100	0	68	41	17	23	17	1.90
751119--751145	3	9.0	3	100	0	54	33	33	33	0	1.58
751143--751192	12	4.2	12	85	10	75	44	36	12	8	1.71
751495--751548	25	2.1	27	93	6	94	11	27	24	37	1.89
756191--756220	15	2.0	15	100	0	60	26	6	40	26	1.81
757550--757584	7	5.3	7	93	6	56	0	0	54	45	0.99
757552--757593	6	6.7	6	94	2	57	0	0	57	42	0.99
758527--758604	39	2.0	39	97	0	147	20	24	33	21	1.97
758771--758866	50	2.0	47	92	8	158	11	31	28	29	1.92
759289--759319	5	6.2	5	100	0	62	19	0	41	38	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
763540--763575	16	2.2	16	95	0	63	19	47	8	25	1.77
763732--763769	20	1.9	20	100	0	76	28	36	10	23	1.88
764987--765090	51	2.0	51	98	0	199	32	22	34	10	1.88
775089--775169	40	2.0	40	100	0	162	23	19	37	19	1.95
776744--776793	5	10.0	5	100	0	100	20	0	20	60	1.37
776798--776823	5	5.2	5	100	0	52	0	0	80	19	0.71
778836--778865	15	2.0	15	100	0	60	20	26	20	33	1.97
780521--780548	14	2.0	14	100	0	56	28	50	0	21	1.49
782117--782188	24	3.0	24	100	0	144	8	37	16	37	1.79
783167--783214	16	3.0	16	76	11	62	22	25	27	25	2.00
786602--786657	28	2.0	28	100	0	112	21	17	28	32	1.96
787773--787800	14	2.0	14	100	0	56	35	42	14	7	1.73
788440--788478	19	2.1	19	95	0	69	15	33	33	17	1.92
788686--788713	14	2.0	14	100	0	56	14	50	0	35	1.43
790648--790681	17	2.0	17	100	0	68	23	23	17	35	1.95
793226--793266	21	2.0	21	95	0	73	14	24	34	26	1.94
793460--793489	15	2.0	15	100	0	60	33	33	13	20	1.91
796852--796922	39	1.9	36	86	11	99	28	42	15	14	1.86
802720--802751	16	2.0	16	100	0	64	25	12	37	25	1.91
804756--804807	26	2.0	26	100	0	104	50	26	3	19	1.65
805410--805475	27	2.4	28	92	5	109	24	24	19	31	1.98
805530--805586	23	2.5	23	100	0	114	33	24	19	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
806178--806255	39	2.0	39	100	0	156	15	25	25	33	1.95
809498--809532	16	2.2	16	94	0	61	25	22	51	0	1.48
812341--812388	24	2.0	24	100	0	96	20	8	37	33	1.83
812604--812661	29	2.0	29	100	0	116	20	24	31	24	1.98
812918--812948	8	3.9	8	100	0	62	12	22	25	38	1.90
813005--813050	23	2.0	23	95	0	83	15	17	41	26	1.88
813324--813376	26	2.0	26	96	0	97	30	33	30	5	1.81
815338--815363	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
821431--821494	33	2.1	30	88	11	94	15	17	37	29	1.91
829394--829446	17	2.7	20	77	22	67	28	5	32	33	1.81
830399--830466	21	3.2	21	95	0	118	33	36	19	10	1.85
831941--832035	48	2.0	47	97	2	181	17	27	27	27	1.98
832053--832091	19	2.1	19	100	0	78	5	33	41	20	1.74
833879--833914	18	2.0	18	100	0	72	11	33	22	33	1.89
834102--834157	19	2.9	19	100	0	112	16	26	25	32	1.96
834783--834808	13	2.0	13	100	0	52	23	38	0	38	1.55
841257--841308	27	1.9	27	92	7	88	23	26	25	25	2.00
843075--843107	14	2.4	14	94	0	57	48	24	18	9	1.76
847538--847589	26	2.0	26	96	0	95	21	32	19	26	1.97
847540--847595	26	2.2	26	90	0	85	25	32	17	25	1.97
848587--848618	16	2.0	16	93	0	55	18	28	34	18	1.95
851211--851274	19	3.4	19	71	16	69	35	39	9	15	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
851215--851287	34	2.0	36	89	10	114	32	39	10	16	1.83
851319--851376	29	2.0	29	96	0	107	18	6	53	20	1.67
853929--853966	19	2.0	19	100	0	76	21	0	26	52	1.47
856216--856259	22	2.0	22	100	0	88	31	18	18	31	1.95
858050--858089	4	10.0	4	94	0	71	0	0	52	47	1.00
859504--859559	28	2.0	28	89	0	85	26	21	33	17	1.96
860640--860702	32	2.1	31	91	8	103	33	33	17	15	1.92
862775--862838	32	2.0	32	100	0	128	18	31	15	34	1.93
866728--866811	42	2.0	42	100	0	168	21	38	26	14	1.91
866910--866935	5	5.2	5	100	0	52	19	42	19	19	1.90
868366--868418	16	3.3	16	70	0	52	7	20	49	22	1.74
869691--869724	14	2.4	14	90	0	50	20	14	38	26	1.91
870764--870892	65	2.0	63	95	3	231	20	20	25	32	1.97
870910--870948	15	2.6	15	95	0	69	25	53	5	15	1.62
871914--871982	36	1.9	36	93	0	120	24	30	31	13	1.93
882737--882787	6	8.5	6	100	0	102	35	49	15	0	1.45
882799--882845	23	2.0	23	100	0	94	21	34	14	29	1.93
882893--882968	38	2.0	38	97	0	143	18	40	21	19	1.91
885264--885300	18	2.1	18	94	0	65	21	5	45	27	1.73
888216--888245	15	2.0	15	100	0	60	26	46	13	13	1.80
889717--889741	5	5.0	5	100	0	50	20	20	40	20	1.92
889971--890048	39	2.0	39	100	0	156	17	12	35	33	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
897639--897664	13	2.0	13	100	0	52	38	38	0	23	1.55
899948--899978	15	2.1	15	100	0	62	25	48	12	12	1.77
903256--903299	22	2.0	22	100	0	88	18	36	27	18	1.94
903357--903423	18	3.6	18	77	15	82	11	20	26	40	1.88
903348--903423	38	2.0	38	100	0	152	10	18	28	42	1.83
903348--903406	20	3.0	20	72	18	70	10	15	30	44	1.79
905847--905923	38	2.0	38	100	0	154	23	32	15	28	1.95
908487--908557	29	2.5	29	90	2	108	29	8	49	12	1.70
916445--916517	27	2.7	27	79	12	87	15	31	28	24	1.95
916505--916580	27	2.8	27	85	0	98	17	27	27	27	1.97

Tables:   1   2   3   4   5