123.fas.2.7.7.80.10.50.500.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NC_069591
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  469769

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

This is table  4  of  7  ( 738 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
242890--242921	14	2.3	14	94	0	55	3	71	0	25	1.00
245467--245565	4	24.8	4	83	0	108	50	0	39	10	1.36
245467--245566	32	3.2	31	88	2	139	50	0	39	11	1.38
245465--245565	12	8.8	12	84	8	138	50	0	38	10	1.38
245574--245623	22	2.3	22	85	0	64	38	12	6	44	1.66
245584--245640	22	2.6	22	77	0	60	29	19	10	40	1.85
247703--247767	17	3.8	17	97	0	121	20	23	38	18	1.93
248319--248345	13	2.1	13	100	0	54	22	40	0	37	1.54
252354--252467	46	2.3	51	83	14	184	28	18	38	14	1.90
252367--252467	46	2.2	46	100	0	202	29	19	35	14	1.92
252560--252605	21	2.2	21	100	0	92	30	19	19	30	1.97
252544--252579	14	2.6	14	100	0	72	36	13	19	30	1.91
252608--252676	2	34.5	2	80	0	66	10	37	1	50	1.45
252606--252686	6	13.8	6	79	5	85	13	34	1	50	1.50
252937--252982	4	11.5	4	100	0	92	26	0	47	26	1.52
253047--253151	6	17.5	6	76	7	97	18	31	0	50	1.47
253044--253163	18	6.5	18	78	12	109	20	30	0	49	1.49
253077--253160	8	10.6	8	71	15	68	20	29	0	50	1.49
253187--253216	8	3.8	8	100	0	60	76	0	10	13	1.01
253303--253343	10	4.1	10	100	0	82	19	19	29	31	1.96
253502--253554	5	10.6	5	100	0	106	39	0	0	60	0.97
253581--253644	4	16.0	4	83	0	74	50	0	31	18	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
253581--253644	12	5.3	12	82	0	83	50	0	31	18	1.48
253581--253641	28	2.2	28	93	0	104	50	0	31	18	1.47
254199--254226	13	2.2	13	100	0	56	25	14	21	39	1.91
254500--254593	12	8.0	12	86	2	120	21	28	0	50	1.49
254505--254593	24	3.6	24	92	3	142	21	28	0	50	1.49
254509--254593	4	21.2	4	80	0	89	21	28	0	50	1.49
254517--254630	24	4.5	24	81	12	129	22	28	2	46	1.65
255100--255133	14	2.4	14	95	0	59	38	11	2	47	1.55
255700--255742	14	3.1	14	82	0	59	39	13	13	32	1.85
255696--255754	22	2.6	22	83	2	73	38	13	16	30	1.88
255771--255812	5	8.4	5	100	0	84	59	0	0	40	0.97
255812--255876	5	13.0	5	100	0	130	40	0	40	20	1.52
256074--256103	10	2.9	10	95	5	51	20	43	0	36	1.52
259230--259258	15	1.9	15	100	0	58	27	41	10	20	1.85
259701--259810	24	4.6	24	96	0	193	38	3	53	4	1.39
259773--259865	36	2.6	36	92	0	141	39	3	52	4	1.37
259700--259851	24	5.5	30	75	15	118	38	3	53	3	1.36
260079--260104	4	6.5	4	100	0	52	26	23	0	50	1.50
262378--262522	18	8.4	18	70	13	81	20	28	4	46	1.71
262398--262522	16	7.5	16	75	10	83	20	28	4	46	1.71
262389--262489	35	2.8	36	84	1	114	22	26	4	45	1.73
262424--262519	48	2.0	47	84	8	122	22	26	4	46	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
264078--264163	38	2.3	38	93	0	145	22	25	16	36	1.94
264342--264384	21	2.0	21	100	0	86	27	4	39	27	1.76
264731--264909	63	2.8	63	100	0	358	28	16	27	26	1.97
265246--265328	19	4.6	19	75	14	86	30	9	31	28	1.89
265292--265350	26	2.3	27	79	8	86	33	6	30	28	1.83
265670--265714	20	2.2	20	100	0	90	28	20	13	37	1.90
265695--265756	14	4.4	14	100	0	124	33	16	19	30	1.94
265883--265919	12	3.1	12	92	0	65	51	0	35	13	1.41
265883--265934	10	5.3	10	81	2	61	51	0	36	11	1.38
265891--265927	14	2.6	14	86	0	56	51	0	37	10	1.37
265953--265980	14	2.0	14	100	0	56	28	21	14	35	1.92
266027--266052	7	3.7	7	100	0	52	30	11	30	26	1.92
266060--266098	20	2.0	20	94	0	69	48	0	35	15	1.45
266748--266842	44	2.2	44	100	0	190	18	36	29	14	1.91
266981--267018	20	1.9	20	94	0	67	18	10	26	44	1.82
269731--269766	19	1.9	19	88	5	56	22	22	30	25	1.99
271540--271576	18	2.1	18	100	0	74	32	13	43	10	1.79
272236--272301	5	13.2	5	100	0	132	40	19	19	19	1.91
272978--273025	5	9.6	5	100	0	96	39	20	0	39	1.53
273942--274048	39	2.7	39	100	0	214	18	34	26	20	1.96
275266--275363	18	5.9	18	81	18	140	26	23	5	44	1.74
275295--275353	28	2.1	28	100	0	118	22	27	3	47	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
275368--275412	6	7.5	6	89	0	72	26	22	0	51	1.49
275367--275412	24	1.9	24	100	0	92	26	23	0	50	1.50
275866--275905	6	6.7	6	86	11	55	50	0	15	35	1.44
276100--276152	19	2.8	19	75	11	56	20	35	16	26	1.94
277018--277067	5	10.0	5	100	0	100	20	20	40	20	1.92
278134--278206	4	18.2	4	83	5	85	21	28	1	47	1.59
278392--278473	43	1.9	43	85	5	112	36	20	25	17	1.94
278561--278602	18	2.3	18	87	0	57	50	0	26	23	1.50
278561--278600	12	3.3	12	89	0	62	50	0	25	25	1.50
278574--278612	18	2.2	18	95	0	69	51	0	25	23	1.49
281770--281960	98	1.9	99	95	2	348	25	10	34	29	1.89
282001--282076	38	2.0	38	97	0	143	23	19	21	35	1.96
282673--282867	4	48.5	4	79	1	120	17	32	0	49	1.51
282673--282867	12	16.5	12	80	5	164	17	32	0	49	1.51
282675--282862	16	11.9	16	77	3	157	16	33	0	49	1.50
282840--282873	16	2.1	16	88	0	50	20	29	2	47	1.65
283195--283234	21	1.9	21	100	0	80	12	20	45	22	1.84
283416--283455	20	2.0	20	95	0	71	32	10	32	25	1.89
283628--283705	32	2.4	32	86	0	111	26	21	33	17	1.96
285229--285271	20	2.2	20	95	0	77	30	4	53	11	1.57
285318--285395	41	1.9	41	100	0	156	23	17	30	28	1.97
285303--285408	41	2.6	39	84	11	140	22	17	35	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
286088--286125	5	7.6	5	100	0	76	21	18	0	60	1.36
286604--286696	5	18.6	5	100	0	186	60	0	0	39	0.97
290409--290510	31	3.3	31	68	26	97	26	29	28	15	1.96
290409--290527	63	1.9	63	100	0	238	23	33	26	16	1.96
292810--292882	12	6.0	12	88	3	101	43	6	15	34	1.73
293782--293851	30	2.3	30	100	0	140	22	34	17	25	1.96
295299--295324	13	2.0	13	100	0	52	38	0	30	30	1.58
295350--295374	13	1.9	13	100	0	50	40	0	32	28	1.57
296844--296908	5	13.0	5	100	0	130	20	0	40	40	1.52
297283--297327	20	2.2	20	100	0	90	17	24	11	46	1.81
297965--298008	22	2.0	22	86	4	63	20	18	36	25	1.95
299186--299232	22	2.1	22	100	0	94	29	17	21	31	1.96
299707--299764	18	3.2	18	75	0	62	43	6	10	39	1.66
299707--299764	8	6.4	10	70	22	56	43	6	10	39	1.66
299861--299949	24	3.6	24	66	19	65	24	21	21	32	1.98
299979--300120	59	2.4	58	98	1	275	24	27	22	25	2.00
300140--300209	28	2.5	28	100	0	140	21	25	25	27	1.99
300435--300491	15	3.9	15	95	4	100	14	14	45	26	1.82
300655--300690	18	2.0	18	88	0	54	33	13	27	25	1.94
300997--301041	23	2.0	23	100	0	90	28	22	17	31	1.97
301001--301046	23	2.2	21	81	14	51	28	23	19	28	1.98
301332--301370	20	2.0	20	100	0	78	25	23	30	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
303984--304011	14	2.0	14	100	0	56	42	14	7	35	1.73
304294--304365	30	2.4	30	100	0	144	25	12	41	20	1.87
304964--305018	23	2.5	21	85	5	74	30	10	21	36	1.88
305242--305304	23	2.7	23	100	0	126	31	12	38	17	1.87
305378--305634	6	43.2	6	73	4	144	27	23	2	47	1.64
305372--305634	18	15.1	18	72	9	179	26	23	2	47	1.64
305767--305805	20	2.0	20	89	0	60	15	35	7	41	1.76
306553--306577	7	3.6	7	100	0	50	44	0	28	28	1.55
307144--307217	39	1.9	38	94	2	130	31	24	17	27	1.97
308801--308825	5	5.0	5	100	0	50	20	60	0	20	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7