123.fas.2.7.7.80.10.50.500.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NC_069591
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  469769

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
162479--162549	12	5.6	12	82	12	88	50	0	30	18	1.47
162479--162549	28	2.8	24	80	15	88	50	0	30	18	1.47
162489--162557	28	2.5	28	92	0	111	50	0	30	18	1.47
162473--162549	8	9.6	8	81	0	82	50	0	31	18	1.47
164736--164770	18	2.0	17	94	5	61	20	28	17	34	1.95
167246--167324	4	19.8	4	81	0	86	21	27	0	50	1.49
167246--167328	12	6.9	12	90	0	112	20	28	0	50	1.48
167266--167320	6	9.2	6	79	0	56	20	29	0	50	1.48
169248--169281	14	2.4	14	90	0	50	8	38	2	50	1.49
169234--169290	12	4.7	12	73	4	51	14	35	3	47	1.61
169319--169347	12	2.4	12	100	0	58	6	41	0	51	1.28
169808--169843	16	2.2	16	95	0	63	25	25	16	33	1.96
170726--170767	12	3.5	12	96	0	75	19	28	0	52	1.46
173165--173189	12	2.1	12	100	0	50	16	84	0	0	0.63
173886--173977	33	2.8	32	88	5	130	21	21	36	19	1.95
174307--174349	18	2.4	18	96	0	77	20	32	27	18	1.96
175670--175704	16	2.2	16	100	0	70	28	42	11	17	1.83
179165--179218	28	1.9	28	100	0	108	31	22	9	37	1.86
179164--179229	28	2.2	29	89	10	107	27	27	9	36	1.87
179223--179285	12	5.2	12	75	3	54	23	25	3	47	1.66
179290--179320	14	2.2	14	100	0	62	32	16	19	32	1.94
179318--179413	10	9.5	10	71	18	74	13	36	2	47	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
179315--179354	16	2.5	16	100	0	80	12	37	0	50	1.41
179340--179432	45	2.1	45	88	4	136	16	34	3	46	1.63
179318--179414	2	48.0	2	73	2	59	13	37	2	47	1.55
179322--179439	12	9.5	12	69	20	82	16	33	2	46	1.61
179464--179488	12	2.1	12	100	0	50	8	40	0	52	1.31
179459--179502	16	2.8	16	89	3	63	11	36	0	52	1.38
180572--180624	10	5.3	10	81	0	70	49	1	33	15	1.55
180659--180719	20	3.5	20	67	32	66	49	3	32	14	1.60
180572--180725	12	12.9	12	66	19	63	46	2	36	14	1.58
180652--180720	32	2.2	32	100	0	138	46	2	36	14	1.60
180754--180826	20	3.5	20	77	18	69	46	2	31	19	1.64
180788--180828	12	3.4	12	86	0	64	51	0	36	12	1.40
181158--181191	6	6.0	6	96	3	54	0	82	0	17	0.67
182365--182402	15	2.5	15	91	0	58	10	7	52	28	1.64
182766--182795	5	6.0	5	100	0	60	0	60	0	40	0.97
186048--186075	14	2.0	14	100	0	56	21	28	28	21	1.99
186094--186122	15	1.9	15	100	0	58	20	44	13	20	1.85
186105--186192	35	2.5	35	100	0	176	29	35	13	21	1.92
187241--187269	12	2.4	12	100	0	58	27	0	41	31	1.56
187857--187886	12	2.5	12	94	0	51	50	0	30	20	1.49
187940--187972	5	6.6	5	100	0	66	18	21	39	21	1.93
188972--189018	23	2.0	23	100	0	94	29	21	19	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
189134--189206	37	2.0	37	100	0	146	23	10	41	24	1.86
189134--189192	20	3.1	20	66	14	61	23	11	38	25	1.89
189325--189356	13	2.5	13	100	0	64	25	15	18	40	1.90
189892--189953	22	2.7	23	90	2	99	17	30	25	25	1.97
189914--190016	40	2.7	37	77	21	115	21	27	29	22	1.99
190051--190111	20	3.2	20	77	17	85	14	34	0	50	1.43
190059--190111	16	3.1	16	75	19	61	15	33	0	50	1.44
190057--190111	18	3.1	18	83	0	83	14	34	0	50	1.43
190051--190111	14	4.4	14	78	0	68	14	34	0	50	1.43
190840--190885	6	7.7	6	100	0	92	34	17	15	32	1.91
191623--191660	5	7.6	5	100	0	76	18	81	0	0	0.69
191666--191728	5	12.6	5	100	0	126	39	20	0	39	1.53
191890--191914	5	5.0	5	100	0	50	20	0	60	20	1.37
192613--192677	4	16.8	4	77	6	53	52	0	32	15	1.43
192611--192678	16	3.9	16	75	20	73	51	0	33	14	1.43
192617--192667	8	6.4	8	83	0	66	52	0	33	13	1.41
193024--193058	18	1.9	18	94	0	61	31	17	34	17	1.93
193147--193179	15	2.2	15	94	0	57	30	0	36	33	1.58
193824--193912	45	2.0	44	97	2	169	26	28	20	24	1.99
194641--194684	22	2.0	22	95	0	79	25	36	20	18	1.95
197091--197142	12	4.2	12	71	9	50	40	7	9	42	1.66
197447--197505	5	12.0	5	92	3	102	20	1	40	37	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
197712--197785	18	4.1	18	100	0	148	35	5	27	32	1.79
199315--199356	6	6.8	6	86	2	57	52	0	21	26	1.47
199324--199363	18	2.2	18	100	0	80	50	0	27	22	1.50
199306--199356	12	4.1	12	82	5	57	52	0	21	25	1.47
199446--199515	3	23.3	3	97	0	131	31	0	34	34	1.58
201670--201728	8	7.4	8	92	0	91	33	23	15	27	1.95
202232--202266	8	4.4	8	92	0	61	45	37	2	14	1.59
202449--202534	4	21.5	4	80	0	73	19	30	0	50	1.48
202454--202532	12	6.6	12	82	0	95	17	31	0	50	1.46
202466--202536	16	4.4	16	87	0	97	21	28	0	50	1.49
204457--204507	23	2.2	22	82	10	57	11	27	39	21	1.88
205992--206031	5	8.0	5	100	0	80	40	60	0	0	0.97
206910--206959	5	10.0	5	100	0	100	20	20	20	40	1.92
208411--208437	14	1.9	14	100	0	54	3	74	0	22	0.98
208405--208437	14	2.3	15	84	10	50	3	72	0	24	0.98
208443--208481	14	2.7	14	88	4	60	23	2	66	7	1.30
208512--208540	12	2.5	12	94	5	51	31	0	48	20	1.50
210818--210858	13	3.2	13	74	19	50	26	48	0	24	1.51
210990--211020	16	1.9	16	93	0	53	29	19	29	22	1.98
213907--214186	10	27.8	10	70	16	134	15	35	2	46	1.60
213984--214106	2	63.5	2	77	6	101	9	39	0	49	1.41
213883--214051	55	3.2	55	83	9	183	17	33	4	44	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
213989--214194	12	17.1	12	77	9	125	14	35	1	48	1.55
213977--214176	50	3.9	50	78	11	215	13	36	2	48	1.55
214133--214222	12	7.5	12	83	0	90	18	30	2	48	1.60
216556--216595	20	2.0	20	90	0	62	22	37	17	22	1.94
216814--216853	18	2.2	18	90	0	62	22	22	27	27	1.99
219229--219273	5	9.0	5	100	0	90	20	20	0	60	1.37
220084--220121	18	2.1	18	100	0	76	26	31	0	42	1.56
220287--220349	10	6.1	10	81	7	81	38	11	7	42	1.70
220287--220346	20	3.0	20	90	0	93	38	11	6	43	1.68
223546--223607	31	2.0	31	87	9	92	24	25	35	14	1.93
225696--225900	88	2.5	82	92	6	324	29	18	37	14	1.91
227768--227804	7	5.1	7	87	6	56	24	0	48	27	1.51
229266--229378	6	19.0	6	69	7	61	16	31	6	45	1.72
229238--229415	65	2.9	59	68	15	153	19	29	6	44	1.76
230360--230389	15	2.0	15	100	0	60	20	13	40	26	1.89
230666--230746	13	6.2	13	91	0	135	29	19	35	14	1.92
231574--231690	60	1.9	61	94	3	209	25	24	17	31	1.97
232564--232598	18	1.9	18	94	0	61	34	14	20	31	1.92
233048--233078	5	6.2	5	100	0	62	19	0	80	0	0.71
233129--233179	27	2.0	27	84	7	70	31	11	35	21	1.90
233259--233288	14	2.1	14	93	0	51	43	6	3	46	1.46
233629--233696	10	6.8	10	100	0	136	60	0	8	30	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
235798--235833	18	2.0	18	100	0	72	22	22	27	27	1.99
235863--235913	26	2.0	26	100	0	102	15	35	25	23	1.94
236782--236812	8	3.9	8	91	0	53	12	48	0	38	1.42
237570--237670	46	2.2	46	98	0	193	22	41	7	27	1.82
237659--237706	17	2.6	18	74	12	53	31	31	0	37	1.58
240414--240505	5	18.4	5	100	0	184	40	0	19	40	1.52
240715--240869	53	2.9	55	88	4	210	23	34	5	37	1.77
240780--240910	54	2.4	55	98	1	255	23	32	3	39	1.73
240793--240876	24	3.2	25	69	18	80	22	32	2	42	1.66
242718--242743	11	2.4	11	100	0	52	15	50	23	11	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7