123.fas.2.7.7.80.10.50.500.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NC_069591
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  469769

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1618--1680	9	7.0	9	88	0	90	22	49	0	28	1.50
1695--1754	16	3.8	16	93	2	104	6	35	53	5	1.49
5684--5728	23	2.0	23	100	0	90	31	44	15	8	1.77
5709--5734	13	2.0	13	100	0	52	38	30	15	15	1.88
6637--6681	12	3.8	12	81	0	63	48	2	26	22	1.62
6636--6683	6	8.0	6	76	0	51	47	2	25	25	1.62
6636--6683	24	2.0	24	95	0	87	47	2	25	25	1.62
6780--6825	22	2.1	21	84	4	56	17	26	36	19	1.94
7689--7735	16	2.9	16	96	0	85	29	34	12	23	1.92
12219--12329	45	2.4	47	90	6	172	27	26	16	29	1.97
13344--13371	10	2.8	10	100	0	56	50	0	17	32	1.47
14030--14071	19	2.2	20	95	4	77	40	9	30	19	1.83
16929--16983	15	3.7	15	69	13	51	20	36	25	18	1.94
16934--16993	29	2.1	29	96	0	111	16	38	23	21	1.93
18256--18357	53	1.9	53	90	4	161	26	31	7	34	1.85
21875--21927	27	2.0	27	96	0	97	18	35	16	28	1.93
24214--24260	20	2.3	20	92	0	76	27	23	10	38	1.88
24294--24399	2	54.5	2	74	5	74	10	38	1	49	1.48
24275--24345	34	2.1	34	94	0	124	9	39	4	46	1.57
24309--24399	26	3.6	25	80	11	82	10	38	2	48	1.51
24309--24413	26	4.1	24	68	18	70	11	37	3	47	1.58
24337--24439	6	17.5	6	72	15	54	15	33	2	48	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25112--25147	17	2.1	17	90	10	56	38	11	38	11	1.76
25432--25500	19	3.5	19	67	21	61	15	14	39	30	1.88
26353--26435	36	2.3	36	87	4	114	20	42	16	20	1.90
26843--26885	22	2.0	22	90	0	68	16	32	2	48	1.58
27001--27071	2	35.5	2	78	0	52	12	35	1	50	1.49
26968--27078	6	18.0	6	72	5	78	15	33	2	48	1.59
26934--27102	81	2.1	81	80	2	196	19	30	3	46	1.67
27719--27755	4	9.0	4	94	5	65	51	0	24	24	1.49
28041--28195	6	25.8	6	100	0	310	50	0	16	33	1.45
28671--28722	24	2.2	24	86	6	70	23	32	17	26	1.96
31254--31281	12	2.3	12	100	0	56	25	0	67	7	1.15
35012--35070	31	1.9	31	86	6	84	22	30	11	35	1.90
35339--35372	4	8.5	4	100	0	68	26	0	47	26	1.53
35963--35989	13	2.1	13	100	0	54	22	7	62	7	1.46
36127--36170	23	1.9	23	100	0	88	27	22	22	27	1.99
36557--36591	4	8.8	4	100	0	70	51	0	22	25	1.48
36816--36886	37	1.9	37	91	0	115	18	33	4	43	1.69
36880--36907	7	4.0	7	100	0	56	14	42	0	42	1.45
36997--37071	28	2.7	28	95	4	134	24	29	18	28	1.98
36956--37150	97	2.1	92	89	9	295	22	36	17	23	1.94
37514--37541	4	7.0	4	100	0	56	50	0	25	25	1.50
39273--39302	15	2.0	15	100	0	60	33	20	33	13	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39442--39480	5	8.0	5	97	2	71	41	20	20	17	1.91
41532--41574	6	7.2	6	84	10	61	2	0	65	32	1.06
41990--42035	16	2.9	16	96	0	83	34	15	6	43	1.72
42482--42534	25	2.1	26	96	3	99	22	9	47	20	1.79
42515--42553	19	2.1	19	90	0	60	25	10	43	20	1.83
43418--43477	28	2.2	28	84	3	77	30	11	43	15	1.82
43728--43816	34	2.6	34	100	0	178	12	19	39	29	1.88
44124--44174	22	2.3	22	89	0	75	9	29	45	15	1.79
45121--45159	5	7.8	5	100	0	78	20	0	58	20	1.39
45598--45628	16	1.9	16	100	0	62	32	25	6	35	1.82
46182--46207	12	2.2	12	100	0	52	50	0	7	42	1.31
46210--46248	5	7.8	5	100	0	78	20	20	0	58	1.39
46446--46470	10	2.5	10	100	0	50	44	8	0	48	1.32
48305--48359	28	2.0	28	96	0	101	20	30	20	29	1.97
48555--48593	20	2.1	19	90	9	62	17	33	20	28	1.96
48636--48673	19	2.0	19	100	0	76	26	21	15	36	1.93
49116--49157	20	2.1	20	86	0	57	23	14	40	21	1.90
51096--51135	21	1.9	21	100	0	80	40	20	20	20	1.92
51116--51264	79	1.9	78	88	1	226	33	24	19	22	1.97
51362--51401	21	1.9	21	100	0	80	42	25	25	7	1.80
51756--51870	53	2.1	55	93	6	198	13	44	15	26	1.83
51758--51839	24	3.2	24	71	25	78	13	48	14	23	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51895--51967	23	2.9	27	76	19	84	20	38	21	19	1.94
51921--51989	23	3.0	23	97	0	129	23	37	21	17	1.94
51921--52038	23	5.3	22	79	7	114	17	41	20	20	1.90
51921--52049	43	2.9	44	77	10	129	17	41	18	22	1.90
52107--52148	21	2.0	21	95	0	75	45	9	19	26	1.80
52092--52165	10	7.1	10	75	22	64	47	9	17	25	1.78
52092--52177	31	2.8	32	87	12	126	47	9	16	26	1.76
52110--52172	21	3.0	20	82	17	67	47	9	19	23	1.78
52112--52177	10	6.4	9	75	17	51	48	9	16	25	1.76
52175--52267	46	2.0	46	100	0	186	33	19	25	21	1.97
52890--52964	5	15.0	5	100	0	150	60	0	20	20	1.37
54514--54579	33	2.0	33	96	0	123	16	31	24	27	1.96
55209--55240	14	2.3	14	100	0	64	43	6	0	50	1.27
55447--55500	28	1.9	28	96	0	99	24	25	14	35	1.94
57054--57108	25	2.2	25	100	0	110	25	18	23	32	1.97
57120--57146	14	1.9	14	100	0	54	44	7	33	14	1.73
57159--57259	8	12.9	8	73	12	84	45	4	11	37	1.63
57157--57260	10	10.8	10	76	4	63	45	4	11	38	1.62
57158--57259	22	4.7	22	75	3	91	45	4	11	38	1.62
57486--57532	24	2.0	24	100	0	94	25	29	19	25	1.98
57479--57511	15	2.2	15	94	0	57	27	27	24	21	1.99
58440--58589	28	5.2	28	73	17	146	34	8	26	30	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58440--58589	58	2.6	58	81	10	182	34	8	26	30	1.86
59742--59801	5	12.0	5	100	0	120	20	0	60	20	1.37
60862--60902	18	2.3	18	100	0	82	51	0	24	24	1.49
61274--61315	10	4.1	10	96	3	75	19	28	0	52	1.46
63985--64028	5	8.8	5	97	0	61	27	11	0	61	1.30
63983--64030	15	3.2	15	87	0	69	29	10	0	60	1.30
64680--64719	21	1.9	21	89	0	62	17	32	5	45	1.70
64691--64829	37	3.6	38	84	8	190	23	28	6	41	1.79
64820--64877	26	2.2	26	96	0	107	22	27	8	41	1.83
65191--65241	25	2.0	25	96	0	93	37	11	35	15	1.84
66008--66078	25	2.8	25	100	0	142	26	30	21	21	1.98
67623--67691	28	2.5	28	97	0	129	31	18	33	15	1.93
68883--68987	8	13.9	8	67	11	60	47	2	35	14	1.59
68883--68998	22	5.2	22	80	4	124	47	3	35	13	1.60
68882--69003	34	3.6	34	100	0	244	46	3	36	13	1.60
68882--69052	12	14.7	12	72	8	120	46	4	35	14	1.64
69124--69232	4	27.2	4	79	0	74	49	0	33	17	1.47
69129--69221	16	5.6	16	81	9	105	50	0	33	16	1.45
69125--69225	20	5.2	20	80	9	102	50	0	32	16	1.46
69127--69229	12	8.9	12	74	8	97	50	0	33	16	1.45
69124--69232	16	6.8	16	75	15	100	49	0	33	17	1.47
70209--70248	5	8.0	5	100	0	80	20	40	40	0	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71498--71596	4	24.8	4	78	0	63	50	0	34	15	1.44
71496--71598	12	8.2	12	74	8	71	50	0	33	16	1.45
71500--71586	14	6.4	14	80	5	88	50	0	34	14	1.44
71494--71586	32	2.9	32	90	0	150	50	0	33	16	1.45
71500--71599	10	10.0	10	75	8	78	50	0	33	17	1.46
72229--72281	6	8.8	6	82	0	61	47	1	7	43	1.42
72229--72281	14	3.8	14	89	0	70	47	1	7	43	1.42
72230--72281	20	2.6	20	93	0	86	48	1	7	42	1.43
72328--72402	6	12.5	6	98	0	141	1	81	0	17	0.76
72408--72462	6	9.2	6	100	0	110	0	16	50	32	1.45

Tables:   1   2   3   4   5   6   7