123.fas.2.7.7.80.10.50.500.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NC_039746
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  1191054

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
784174--784203	14	2.1	14	100	0	60	36	20	20	23	1.95
790950--790998	5	9.2	5	87	12	71	0	61	0	38	0.96
790950--790998	11	4.5	11	97	2	91	0	61	0	38	0.96
790984--791060	35	2.1	38	88	7	115	18	40	14	27	1.89
791030--791081	27	2.0	26	92	3	86	25	30	21	23	1.99
791178--791251	24	3.1	24	94	3	132	25	27	24	22	2.00
791224--791630	177	2.3	177	99	0	805	20	34	19	25	1.96
791224--791630	89	4.6	88	93	1	697	20	34	19	25	1.96
791608--791647	21	1.9	21	90	10	64	15	40	17	27	1.89
795149--795192	22	2.0	22	95	0	79	18	38	6	36	1.77
795135--795251	59	2.0	59	100	0	234	20	30	11	37	1.87
795208--795252	22	2.0	22	95	0	81	17	40	6	35	1.76
795208--795262	22	2.4	22	87	9	74	20	40	5	34	1.75
796088--796146	20	3.0	20	94	0	109	10	22	28	38	1.86
797909--797948	20	2.0	20	100	0	80	20	35	10	35	1.86
798677--798710	17	2.0	17	100	0	68	29	23	29	17	1.97
799537--799568	13	2.5	13	94	0	55	37	37	12	12	1.81
800204--800274	20	3.5	20	65	14	56	21	30	18	29	1.97
800184--800270	40	2.2	40	91	4	140	20	33	18	27	1.96
800919--800955	18	2.0	19	94	5	67	37	5	29	27	1.79
801913--802111	88	2.3	88	98	0	380	22	19	31	27	1.98
802181--802239	27	2.2	27	100	0	82	28	10	50	10	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
802246--802295	26	1.9	26	100	0	100	24	20	26	30	1.98
803424--803622	88	2.3	88	98	0	380	22	19	31	27	1.98
803692--803750	27	2.2	27	100	0	82	28	10	50	10	1.68
810456--810480	11	2.3	11	100	0	50	20	28	8	44	1.79
813681--813756	24	3.1	24	92	1	125	22	22	27	27	1.99
813863--813903	21	2.0	21	90	0	64	29	14	41	14	1.86
814112--814168	21	2.7	21	77	2	60	31	28	17	22	1.97
814501--814557	16	3.6	16	77	13	64	21	21	28	29	1.98
816717--816743	6	4.5	6	100	0	54	18	33	0	48	1.49
816690--816743	19	2.9	19	84	13	60	18	25	9	46	1.79
816690--816769	18	4.4	17	77	17	65	18	22	11	47	1.80
817120--817150	12	2.7	12	95	5	55	9	16	41	32	1.80
817562--817616	24	2.3	24	100	0	110	23	25	27	23	2.00
819553--819592	17	2.2	19	86	8	57	32	15	40	12	1.84
820876--820904	13	2.2	13	100	0	58	17	24	27	31	1.97
821090--821148	27	2.2	27	100	0	118	10	50	10	28	1.68
821100--821170	27	2.6	27	84	0	79	16	38	16	28	1.91
821481--821539	27	2.2	27	100	0	118	10	50	10	28	1.68
821593--821651	27	2.2	27	100	0	118	10	50	10	28	1.68
821456--821660	112	1.9	107	93	5	356	18	39	17	25	1.92
821603--821673	27	2.6	27	84	0	79	16	38	16	28	1.91
821872--821979	54	2.0	54	87	0	153	13	43	13	28	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
821872--821957	27	3.2	27	100	0	172	10	50	10	29	1.70
821954--822042	37	2.4	37	100	0	178	21	28	23	26	1.99
824692--824725	17	2.0	17	94	0	59	20	35	5	38	1.77
825389--825432	16	2.8	16	82	0	61	25	6	40	27	1.80
827136--827176	12	3.3	12	86	3	55	31	7	34	26	1.84
832147--832212	25	2.6	25	95	0	123	22	19	28	28	1.98
832300--832347	24	2.0	24	95	0	87	22	25	25	27	2.00
833582--833617	14	2.6	14	86	0	54	36	8	50	5	1.56
835771--835803	16	2.1	16	94	0	57	27	18	21	33	1.96
835780--835858	40	2.0	40	92	5	133	18	17	27	35	1.94
836916--836963	24	2.0	24	83	0	60	29	12	29	29	1.93
837827--837876	26	1.9	26	100	0	100	24	20	26	30	1.98
839187--839226	8	5.0	8	100	0	80	25	25	12	37	1.91
840102--840336	118	2.0	118	100	0	470	28	27	17	26	1.98
845520--845549	15	2.0	15	93	0	51	26	50	0	23	1.50
847134--847182	25	2.0	25	91	0	80	22	18	26	32	1.97
848226--848256	13	2.4	13	88	0	53	12	9	38	38	1.77
848298--848329	13	2.5	13	89	0	55	3	21	46	28	1.66
852731--852758	9	3.1	9	100	0	56	10	25	53	10	1.67
852749--852865	31	3.8	31	100	0	234	20	23	35	19	1.95
855610--855680	24	3.0	24	93	4	126	26	25	25	22	2.00
856895--856995	51	2.0	51	100	0	202	37	20	13	27	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
857827--858093	133	2.0	133	100	0	534	25	25	17	31	1.97
863086--863214	61	2.1	62	98	1	251	28	27	22	21	1.99
863247--863445	59	3.3	60	66	21	171	30	18	24	27	1.97
863243--863508	122	2.2	122	98	0	516	29	18	27	24	1.98
865204--865245	21	2.0	22	85	4	59	50	7	30	11	1.66
867770--867829	12	5.5	12	70	22	60	20	13	33	33	1.91
867761--867830	21	3.3	21	100	0	140	18	15	32	32	1.93
869779--869816	20	1.9	20	94	0	67	26	39	21	13	1.89
870288--870319	16	1.9	17	93	6	57	18	12	53	15	1.73
870311--870381	23	3.4	23	64	31	68	25	15	42	16	1.88
870293--870389	39	2.5	39	98	0	185	23	14	46	15	1.83
870394--870434	12	3.4	12	83	12	57	41	7	43	7	1.60
870525--870574	19	2.6	19	80	0	64	24	16	30	30	1.96
872455--872537	27	3.0	27	68	7	69	25	16	42	15	1.88
872925--873014	27	3.4	27	81	1	92	28	20	32	18	1.96
873021--873141	24	4.8	25	88	7	174	22	23	28	25	1.99
873021--873149	52	2.6	49	85	7	179	23	22	28	25	1.99
873741--873765	12	2.1	12	100	0	50	0	48	32	20	1.50
873753--873833	27	3.0	27	94	3	137	1	39	32	27	1.64
874008--874036	15	1.9	15	100	0	58	48	13	10	27	1.75
874100--874159	30	2.0	30	100	0	120	33	26	26	13	1.93
875946--875971	8	3.2	8	100	0	52	23	46	0	30	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
876614--876680	23	2.9	23	100	0	134	26	11	17	43	1.84
879305--879337	13	2.5	13	95	0	57	15	45	9	30	1.77
879866--879891	13	2.0	13	100	0	52	23	23	23	30	1.99
880779--880804	12	2.2	12	100	0	52	38	30	15	15	1.88
882730--882770	21	2.0	21	85	9	57	36	12	19	31	1.89
882910--882935	11	2.4	11	100	0	52	11	23	19	46	1.82
884278--884305	14	2.0	14	100	0	56	21	28	28	21	1.99
884414--884448	15	2.3	15	95	0	61	20	17	5	57	1.60
884896--884932	18	2.0	20	89	10	60	48	8	32	10	1.67
886096--886295	78	2.6	78	95	1	357	28	32	27	12	1.92
886446--886497	27	1.9	27	84	0	68	26	21	32	19	1.97
886707--886743	18	2.1	18	100	0	74	27	45	16	10	1.80
887721--887827	33	3.5	32	75	17	127	32	29	19	17	1.95
887703--887848	26	5.1	26	71	20	121	32	30	18	18	1.95
887703--887848	59	2.5	59	98	0	283	32	30	18	18	1.95
888812--888867	21	2.7	21	88	0	85	25	23	19	32	1.98
901728--901755	13	2.2	13	100	0	56	39	7	28	25	1.82
901984--902048	34	1.9	34	100	0	130	30	15	30	23	1.95
902612--902648	19	2.0	18	94	5	65	24	10	43	21	1.84
903942--903980	16	2.4	16	83	8	53	35	7	35	20	1.81
904966--904999	13	2.6	13	95	0	59	26	55	2	14	1.53
906587--906656	36	2.0	35	94	2	122	35	15	28	20	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
910010--910133	62	2.0	62	100	0	248	14	32	22	30	1.94
910187--910874	95	7.1	95	60	18	257	20	34	21	23	1.97
910086--910779	101	7.0	101	60	18	305	20	33	21	24	1.97
910072--910924	196	4.4	196	100	0	1706	19	33	21	24	1.97
912118--912301	30	6.1	30	100	0	368	29	13	33	23	1.93
919011--919036	13	2.0	13	100	0	52	15	46	0	38	1.46
922206--922374	32	5.3	32	92	2	295	12	34	18	34	1.88
922391--922436	24	1.9	24	100	0	92	26	26	23	23	2.00
923019--923056	19	2.0	19	100	0	76	47	10	26	15	1.78
923065--923101	5	7.4	5	100	0	74	40	40	0	18	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8