123.fas.2.7.7.80.10.50.500.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NC_065260
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  369673

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115475--115585	36	2.8	39	84	16	147	25	25	36	13	1.92
118188--118277	34	2.6	34	98	0	171	7	33	28	30	1.85
122153--122181	9	3.2	9	100	0	58	20	58	0	20	1.39
122823--122891	35	2.0	35	100	0	138	47	8	8	34	1.65
123217--123276	33	1.9	31	87	12	88	23	33	36	6	1.81
126370--126451	30	2.7	30	98	0	155	26	32	20	19	1.97
127850--127914	34	1.9	34	100	0	130	27	30	32	9	1.88
128301--128381	26	3.3	26	75	22	93	27	27	30	14	1.95
128522--128664	69	2.1	70	95	1	261	26	33	29	10	1.90
128522--128664	35	4.1	35	94	1	261	26	33	29	10	1.90
128668--128703	9	4.0	9	96	0	63	22	0	63	13	1.29
128829--128859	9	3.4	9	100	0	62	22	0	58	19	1.40
129150--129190	18	2.3	18	100	0	82	12	70	0	17	1.16
129150--129194	9	5.0	9	91	0	72	11	71	0	17	1.14
129334--129430	48	1.9	47	86	12	131	31	13	38	16	1.87
129413--129463	5	10.2	5	76	16	52	41	5	52	0	1.25
129405--129461	9	5.9	9	78	15	60	42	5	52	0	1.24
129615--129696	30	3.0	26	77	13	94	18	19	35	26	1.95
129754--129797	16	2.8	16	96	0	79	20	18	15	45	1.85
129924--130047	37	3.4	37	92	5	202	17	38	24	19	1.93
130217--130284	27	2.5	27	87	0	100	22	17	45	14	1.85
130368--130501	56	2.4	56	88	2	198	23	20	32	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
130601--130664	20	3.2	20	95	0	110	14	43	17	25	1.86
130748--130847	25	4.0	26	83	6	125	19	32	28	21	1.97
130748--130847	50	2.0	50	90	3	157	19	32	28	21	1.97
130847--130887	22	1.9	22	85	5	57	29	9	41	19	1.83
132436--132464	9	3.2	9	100	0	58	20	58	0	20	1.39
132561--132639	36	2.1	38	88	9	117	12	37	25	24	1.90
132631--132684	9	6.0	9	91	0	90	11	70	0	18	1.16
132631--132680	18	2.8	18	100	0	100	12	70	0	18	1.17
132682--132809	35	3.7	35	95	0	220	10	30	33	25	1.90
133935--134012	39	2.0	39	100	0	156	43	7	10	38	1.67
134133--134157	12	2.1	12	100	0	50	32	20	16	32	1.94
134755--134799	8	6.0	8	75	15	51	13	13	22	51	1.75
134759--134799	21	2.0	21	95	0	73	14	12	21	51	1.75
135276--135309	16	2.1	17	88	5	52	14	29	38	17	1.90
136069--136133	34	1.9	34	87	0	94	44	9	6	40	1.61
136430--136465	17	2.1	17	89	0	54	19	25	27	27	1.99
136810--136857	19	2.5	19	93	0	87	29	29	27	14	1.95
137322--137367	18	2.6	18	96	0	83	30	23	30	15	1.95
137432--137467	14	2.6	14	90	0	54	8	25	30	36	1.85
137455--137565	52	2.3	48	79	13	129	26	26	18	28	1.98
137570--137601	14	2.3	14	94	0	55	12	21	25	40	1.88
138382--138475	22	4.1	22	69	15	75	10	26	26	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138430--138495	26	2.5	26	85	5	78	13	27	22	36	1.92
139170--139224	25	2.2	25	93	0	92	20	29	23	27	1.99
139486--139526	20	2.0	20	100	0	82	4	36	19	39	1.73
139562--139629	21	3.3	21	91	2	102	7	22	29	41	1.80
139855--139883	9	3.2	9	100	0	58	20	0	58	20	1.39
140202--140288	34	2.6	34	89	5	131	22	6	49	20	1.73
140477--140504	14	2.0	14	100	0	56	42	7	42	7	1.59
140929--140970	22	2.0	22	86	13	61	19	26	38	16	1.92
141701--141745	9	5.0	9	94	0	72	17	0	71	11	1.14
142134--142202	35	2.0	35	100	0	138	47	8	8	34	1.65
142226--142274	22	2.2	22	100	0	98	28	32	30	8	1.86
143580--143674	48	2.0	48	95	0	172	28	21	41	9	1.84
143727--143796	35	2.1	33	84	10	90	11	32	31	24	1.91
143806--143834	9	3.2	9	100	0	58	20	58	0	20	1.39
144451--144541	40	2.3	40	96	1	166	23	19	38	18	1.93
147318--147379	31	2.0	31	96	0	115	12	35	27	24	1.92
148626--148771	46	3.4	46	80	18	213	25	21	36	16	1.94
148606--148801	46	4.9	36	76	22	194	26	23	35	14	1.93
148606--148801	82	2.4	82	98	0	374	26	23	35	14	1.93
150689--150753	34	1.9	34	100	0	130	9	32	30	27	1.88
150919--151023	46	2.5	42	86	10	135	15	38	22	23	1.92
150964--151044	39	2.1	37	82	13	92	14	37	23	24	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
153027--153090	33	1.9	33	83	0	83	9	32	31	26	1.88
158460--158488	9	3.2	9	100	0	58	20	58	0	20	1.39
161192--161249	29	1.9	29	86	6	80	12	34	24	29	1.91
162951--163015	34	1.9	34	100	0	130	27	30	32	9	1.88
163138--163206	35	2.0	35	100	0	138	47	8	8	34	1.65
163372--163543	46	4.0	44	73	21	134	15	35	25	24	1.94
163417--163486	36	1.9	36	97	0	131	14	35	24	25	1.93
164700--164763	33	1.9	33	83	0	83	9	32	31	26	1.88
167445--167529	34	2.5	35	92	1	145	29	29	31	9	1.88
167487--167783	160	1.9	158	94	1	522	25	25	35	13	1.93
167758--167795	9	4.2	9	93	0	67	21	0	60	18	1.36
167784--167865	43	2.1	39	84	15	107	24	23	39	13	1.90
167843--168001	34	4.6	34	96	0	282	30	27	33	8	1.87
168000--168046	9	5.2	9	94	0	85	21	0	59	19	1.38
168053--168143	35	2.6	35	92	0	146	26	32	29	10	1.91
170383--170447	34	1.9	34	100	0	130	9	32	30	27	1.88
170613--170740	39	3.1	39	91	7	184	14	36	24	24	1.93
172639--172914	46	6.0	46	100	0	552	23	26	36	13	1.91
173249--173452	70	2.9	70	99	0	401	24	21	23	30	1.99
174053--174111	23	2.6	23	89	5	84	8	42	16	32	1.79
174120--174195	26	2.8	26	82	4	89	26	23	26	23	2.00
174521--174585	26	2.5	26	100	0	130	26	18	36	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
174653--174867	34	6.5	34	71	14	180	10	34	27	26	1.90
174611--174943	130	2.6	130	96	2	613	11	39	24	24	1.88
174783--174880	34	2.9	34	89	6	119	10	30	31	27	1.90
175380--175433	24	2.2	24	96	0	99	33	31	12	22	1.92
175884--175950	21	3.0	21	83	12	98	35	5	17	40	1.75
177205--177342	69	2.0	69	97	0	258	17	27	17	37	1.92
184944--185047	37	2.9	35	90	4	147	37	5	12	44	1.66
186705--186851	79	1.9	79	100	0	294	12	37	21	27	1.90
187931--188002	38	2.0	36	94	5	103	43	13	8	34	1.75
189119--189154	9	4.0	9	92	0	63	13	63	0	22	1.29
189116--189153	18	2.1	18	100	0	76	15	63	0	21	1.31
189158--189321	64	2.6	64	99	0	319	14	28	31	25	1.94
189286--189369	34	2.4	35	94	2	152	9	29	29	30	1.89
189286--189386	34	3.0	34	85	7	107	9	29	29	30	1.89
196665--196856	34	5.6	34	98	0	357	30	28	32	8	1.87
196855--196890	9	4.0	9	92	0	63	22	0	58	19	1.40
197037--197085	22	2.2	22	100	0	98	28	32	30	8	1.86
200933--201004	9	8.0	9	95	0	126	13	63	0	22	1.29
201002--201198	35	5.6	35	98	0	367	11	28	34	25	1.90
201698--201724	14	1.9	14	100	0	54	22	22	14	40	1.90
202255--202308	9	6.0	9	91	0	90	11	70	0	18	1.16
202255--202304	18	2.8	18	100	0	100	12	70	0	18	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
202306--203267	35	27.7	35	94	2	1706	11	28	34	25	1.91
204163--204294	64	2.1	64	97	0	246	24	31	30	14	1.94
206669--206706	9	4.2	9	100	0	76	21	0	57	21	1.40
206712--206927	35	6.2	35	97	0	396	26	32	29	11	1.91
209605--209922	46	7.4	46	81	15	430	22	23	37	16	1.94
209592--209959	39	8.9	41	80	17	390	23	24	36	15	1.94
209592--209959	85	4.4	85	93	3	617	23	24	36	15	1.94
210145--210271	35	3.7	35	91	1	184	26	31	31	10	1.90
210269--210322	9	6.0	9	93	0	90	20	0	66	12	1.24
211418--211501	31	2.6	32	83	9	98	26	32	32	9	1.88

Tables:   1   2   3   4