123.fas.2.7.7.80.10.50.500.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NC_065260
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  369673

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
211744--211772	9	3.2	9	100	0	58	20	0	58	20	1.39
213407--213479	35	2.1	35	100	0	146	24	32	31	10	1.90
213477--213512	9	4.0	9	88	0	54	19	0	66	13	1.24
213727--213781	24	2.3	24	90	0	83	12	34	34	18	1.89
213869--213931	27	2.3	27	83	5	74	23	15	42	17	1.88
214679--214719	14	2.9	14	88	0	64	0	56	0	43	0.99
214761--214859	15	6.7	15	69	4	76	24	17	34	24	1.96
214761--214861	30	3.4	30	94	2	170	23	16	34	24	1.95
215011--215137	30	4.6	28	76	16	122	26	30	22	20	1.98
215041--215081	22	2.0	21	90	9	66	24	34	17	24	1.96
215061--215139	30	2.6	30	97	0	149	25	34	20	20	1.96
215813--215920	35	3.1	35	100	0	216	11	30	33	25	1.90
216045--216074	9	3.3	9	100	0	60	20	56	0	23	1.42
216073--216145	35	2.1	35	100	0	146	10	31	32	24	1.90
216910--217052	35	4.1	35	100	0	286	11	30	33	25	1.90
219051--219085	10	3.5	10	88	0	52	45	8	2	42	1.49
221730--221780	6	8.5	6	100	0	102	31	50	0	17	1.46
221779--221917	26	5.3	26	100	0	278	18	28	30	23	1.98
222243--222383	20	7.1	20	100	0	282	29	20	9	39	1.85
224353--224381	15	1.9	15	100	0	58	27	10	34	27	1.89
225954--226009	18	3.1	18	100	0	112	26	23	23	26	2.00
227418--227447	9	3.3	9	100	0	60	23	0	56	20	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
228499--228625	35	3.6	35	96	0	227	25	33	29	11	1.90
228623--228658	9	4.0	9	92	0	63	19	0	69	11	1.18
229713--229741	9	3.2	9	100	0	58	20	58	0	20	1.39
235624--235842	39	5.5	39	87	8	309	16	34	23	26	1.95
238071--238102	13	2.6	12	90	9	55	25	21	18	34	1.96
241343--241393	6	8.5	6	100	0	102	31	50	0	17	1.46
241392--241456	26	2.5	26	100	0	130	18	27	30	23	1.97
241859--241950	35	2.7	35	93	1	150	9	31	33	25	1.88
241937--242579	82	7.8	82	97	2	1223	16	34	23	25	1.95
241937--242579	167	3.9	165	99	0	1227	16	34	23	25	1.95
243714--243809	46	2.3	43	84	12	119	15	39	20	23	1.91
244873--245038	38	4.4	38	100	0	332	28	22	37	10	1.87
247134--247191	21	2.8	21	92	2	91	17	22	44	15	1.86
249821--249928	43	2.5	42	85	8	139	24	27	35	12	1.92
249907--250087	35	5.2	35	97	0	335	26	33	29	11	1.91
250908--250965	10	5.2	10	77	18	53	27	18	24	29	1.98
250897--250979	36	2.4	36	83	15	104	28	19	22	28	1.98
250930--250965	10	3.5	10	92	3	54	25	19	22	33	1.97
251191--251283	38	2.5	37	87	1	123	19	19	36	24	1.95
252202--252339	34	4.1	34	100	0	276	8	33	28	28	1.87
252921--252969	24	2.0	24	96	0	89	28	40	8	22	1.82
253718--253805	43	2.0	43	95	4	160	47	11	7	32	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
253944--254019	35	2.2	35	90	0	116	25	32	25	17	1.96
261212--261274	33	1.9	33	93	0	108	30	26	34	7	1.85
264079--264131	27	2.0	27	100	0	106	11	37	24	26	1.89
264106--264230	43	3.3	36	83	15	171	14	39	21	24	1.91
264146--264214	22	3.2	22	68	12	70	13	34	23	28	1.92
264309--264362	9	6.0	9	91	0	90	11	70	0	18	1.16
264309--264358	18	2.8	18	100	0	100	12	70	0	18	1.17
264467--265841	82	16.8	82	100	0	2750	15	35	23	25	1.94
266399--266496	35	2.8	35	87	1	153	26	30	32	10	1.89
267788--267856	35	2.0	35	100	0	138	34	8	8	47	1.65
267969--268111	64	2.2	64	98	0	277	14	27	32	25	1.95
268167--268220	9	6.0	9	89	8	83	12	68	0	18	1.21
268164--268216	27	2.0	27	96	0	97	15	67	0	16	1.23
268218--268309	35	2.6	35	94	0	157	10	29	33	26	1.90
269560--269644	35	2.4	35	100	0	170	10	27	36	25	1.89
270552--270598	23	2.0	23	100	0	94	25	23	8	42	1.82
270944--270980	19	2.0	18	94	5	65	10	21	24	43	1.84
271113--271240	35	3.7	35	95	0	220	25	33	30	10	1.90
271238--271294	9	6.3	9	91	0	96	17	0	71	10	1.12
271242--271294	18	2.9	18	100	0	106	16	0	71	11	1.13
271691--271781	34	2.6	34	92	1	155	29	27	34	8	1.87
272297--272396	46	2.2	45	87	7	139	17	18	38	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
276394--276558	64	2.6	64	99	0	321	14	28	32	24	1.94
278339--278456	34	3.4	34	98	1	227	28	31	30	9	1.88
279880--280001	43	2.8	43	78	14	169	22	28	36	13	1.91
279979--280104	35	3.6	34	92	1	207	26	30	32	9	1.88
285520--285557	9	4.2	9	100	0	76	21	57	0	21	1.40
285626--285703	34	2.3	35	95	2	140	10	29	30	29	1.90
286703--286786	21	4.0	21	100	0	168	33	14	23	28	1.94
289249--289382	69	1.9	70	98	1	261	31	23	21	23	1.98
290518--290645	35	3.7	35	95	0	220	25	33	30	10	1.90
290643--290687	9	5.0	9	91	0	72	20	0	66	13	1.24
290814--290842	9	3.2	9	100	0	58	20	0	58	20	1.39
291984--292197	110	1.9	110	99	0	419	24	26	33	15	1.95
292893--292952	31	1.9	31	100	0	120	13	33	26	26	1.93
293046--293248	37	5.6	37	85	9	303	37	10	9	42	1.72
293055--293257	105	1.9	105	98	0	397	38	10	10	40	1.74
293046--293246	68	2.9	68	74	7	224	37	10	9	42	1.73
294207--294246	21	1.9	21	100	0	80	50	10	12	27	1.72
295021--295071	15	3.3	15	72	5	57	45	5	9	39	1.62
295553--295651	40	2.3	42	88	11	148	17	38	20	24	1.93
295644--295679	18	2.0	18	88	0	54	13	66	0	19	1.24
295840--295893	9	6.0	9	91	0	90	11	70	0	18	1.16
295840--295889	18	2.8	18	100	0	100	12	70	0	18	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
295898--296118	34	6.5	34	98	0	424	9	32	30	28	1.88
296886--296926	17	2.4	17	100	0	82	46	14	21	17	1.84
297208--297309	34	3.0	34	91	1	150	28	31	31	8	1.87
297210--297316	35	3.1	35	91	1	162	26	31	32	9	1.88
297315--297352	9	4.2	9	100	0	76	21	0	57	21	1.40
297791--297828	9	4.2	9	100	0	76	21	57	0	21	1.40
297834--298074	34	7.1	34	99	0	473	9	31	29	29	1.88
299809--299855	18	2.6	18	79	0	58	38	19	40	2	1.63
300591--300658	34	2.0	34	100	0	136	29	29	32	8	1.87
304186--304591	82	5.0	82	99	0	791	25	23	35	15	1.94
304669--304829	44	3.7	44	100	0	322	44	6	11	37	1.67
305601--305693	35	2.7	35	93	0	150	24	33	31	10	1.90
305692--305720	9	3.2	9	100	0	58	20	0	58	20	1.39
306073--306217	65	2.2	64	97	1	272	24	32	27	15	1.95
306223--306253	9	3.4	9	100	0	62	22	0	58	19	1.40
307345--307531	71	2.7	68	83	8	209	24	22	38	14	1.92
307537--307593	26	2.2	26	100	0	114	22	33	24	19	1.97
311248--311290	18	2.4	18	80	7	52	30	13	37	18	1.90
312638--312687	24	2.3	21	86	13	66	14	24	34	28	1.93
313419--313515	51	1.9	51	95	0	176	22	26	21	28	1.99
314554--314645	39	2.3	39	87	7	123	22	32	15	29	1.95
317288--317382	33	2.9	33	88	0	136	40	9	35	14	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
317303--317397	33	2.9	33	84	6	97	38	9	35	15	1.80
317418--317541	46	2.8	46	96	3	227	16	33	23	26	1.95
317651--317788	69	2.0	69	97	0	258	37	17	27	17	1.92
319043--319109	21	3.0	21	83	12	98	40	17	5	35	1.75
319560--319613	24	2.2	24	96	0	99	22	12	31	33	1.92
319569--319622	24	2.2	24	86	0	72	25	16	24	33	1.96
320126--320210	34	2.5	35	96	1	154	29	30	30	9	1.89
320278--320342	26	2.5	26	100	0	130	18	36	18	26	1.94
320665--320748	26	3.2	26	81	3	96	23	26	22	27	2.00
320752--320813	23	2.7	23	85	2	90	30	16	40	12	1.86

Tables:   1   2   3   4