123.fas.2.7.7.80.10.50.500.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NC_030900
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  372339

Tables:   1   2   3   4   

This is table  3  of  4  ( 414 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
213955--213983	9	3.2	9	100	0	58	20	0	58	20	1.39
215618--215690	35	2.1	35	100	0	146	24	32	31	10	1.90
215688--215723	9	4.0	9	88	0	54	19	0	66	13	1.24
215938--215992	24	2.3	24	90	0	83	12	34	34	18	1.89
216080--216142	27	2.3	27	83	5	74	23	15	42	17	1.88
216890--216930	14	2.9	14	88	0	64	0	56	0	43	0.99
216972--217070	15	6.7	15	69	4	76	24	17	34	24	1.96
216972--217072	30	3.4	30	94	2	170	23	16	34	24	1.95
217222--217348	30	4.6	28	76	16	122	26	30	22	20	1.98
217252--217292	22	2.0	21	90	9	66	24	34	17	24	1.96
217272--217350	30	2.6	30	97	0	149	25	34	20	20	1.96
218024--218131	35	3.1	35	100	0	216	11	30	33	25	1.90
218256--218285	9	3.3	9	100	0	60	20	56	0	23	1.42
218284--218356	35	2.1	35	100	0	146	10	31	32	24	1.90
219121--219263	35	4.1	35	100	0	286	11	30	33	25	1.90
221262--221296	10	3.5	10	88	0	52	45	8	2	42	1.49
223941--223991	6	8.5	6	100	0	102	31	50	0	17	1.46
223990--224128	26	5.3	26	100	0	278	18	28	30	23	1.98
224454--224594	20	7.1	20	100	0	282	29	20	9	39	1.85
226564--226592	15	1.9	15	100	0	58	27	10	34	27	1.89
228165--228220	18	3.1	18	100	0	112	26	23	23	26	2.00
229629--229658	9	3.3	9	100	0	60	23	0	56	20	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
230710--230836	35	3.6	35	96	0	227	25	33	29	11	1.90
230834--230869	9	4.0	9	92	0	63	19	0	69	11	1.18
231924--231952	9	3.2	9	100	0	58	20	58	0	20	1.39
237835--238053	39	5.5	39	87	8	309	16	34	23	26	1.95
240282--240313	13	2.6	12	90	9	55	25	21	18	34	1.96
243554--243604	6	8.5	6	100	0	102	31	50	0	17	1.46
243603--243667	26	2.5	26	100	0	130	18	27	30	23	1.97
244070--244161	35	2.7	35	93	1	150	9	31	33	25	1.88
244148--244790	82	7.8	82	97	2	1223	16	34	23	25	1.95
244148--244790	167	3.9	165	99	0	1227	16	34	23	25	1.95
245925--246020	46	2.3	43	84	12	119	15	39	20	23	1.91
247084--247249	38	4.4	38	100	0	332	28	22	37	10	1.87
249345--249402	21	2.8	21	92	2	91	17	22	44	15	1.86
252032--252132	43	2.4	41	83	9	123	23	29	33	12	1.92
252118--252753	35	18.2	35	100	0	1272	25	34	28	11	1.91
253574--253631	10	5.2	10	77	18	53	27	18	24	29	1.98
253563--253645	36	2.4	36	83	15	104	28	19	22	28	1.98
253596--253631	10	3.5	10	92	3	54	25	19	22	33	1.97
253857--253949	38	2.5	37	87	1	123	19	19	36	24	1.95
254868--255005	34	4.1	34	100	0	276	8	33	28	28	1.87
255587--255635	24	2.0	24	96	0	89	28	40	8	22	1.82
256384--256471	43	2.0	43	95	4	160	47	11	7	32	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
256610--256685	35	2.2	35	90	0	116	25	32	25	17	1.96
263878--263940	33	1.9	33	93	0	108	30	26	34	7	1.85
266745--266797	27	2.0	27	100	0	106	11	37	24	26	1.89
266772--266896	43	3.3	36	83	15	171	14	39	21	24	1.91
266812--266880	22	3.2	22	68	12	70	13	34	23	28	1.92
266975--267028	9	6.0	9	91	0	90	11	70	0	18	1.16
266975--267024	18	2.8	18	100	0	100	12	70	0	18	1.17
267133--268507	82	16.8	82	100	0	2750	15	35	23	25	1.94
269065--269162	35	2.8	35	87	1	153	26	30	32	10	1.89
270454--270522	35	2.0	35	100	0	138	34	8	8	47	1.65
270635--270777	64	2.2	64	98	0	277	14	27	32	25	1.95
270833--270886	9	6.0	9	89	8	83	12	68	0	18	1.21
270830--270882	27	2.0	27	96	0	97	15	67	0	16	1.23
270884--270975	35	2.6	35	94	0	157	10	29	33	26	1.90
272226--272310	35	2.4	35	100	0	170	10	27	36	25	1.89
273218--273264	23	2.0	23	100	0	94	25	23	8	42	1.82
273610--273646	19	2.0	18	94	5	65	10	21	24	43	1.84
273779--273906	35	3.7	35	95	0	220	25	33	30	10	1.90
273904--273960	9	6.3	9	91	0	96	17	0	71	10	1.12
273908--273960	18	2.9	18	100	0	106	16	0	71	11	1.13
274357--274447	34	2.6	34	92	1	155	29	27	34	8	1.87
274963--275062	46	2.2	45	87	7	139	17	18	38	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
279060--279224	64	2.6	64	99	0	321	14	28	32	24	1.94
281005--281122	34	3.4	34	98	1	227	28	31	30	9	1.88
282546--282667	43	2.8	43	78	14	169	22	28	36	13	1.91
282645--282770	35	3.6	34	92	1	207	26	30	32	9	1.88
288186--288223	9	4.2	9	100	0	76	21	57	0	21	1.40
288292--288369	34	2.3	35	95	2	140	10	29	30	29	1.90
289369--289452	21	4.0	21	100	0	168	33	14	23	28	1.94
291915--292048	69	1.9	70	98	1	261	31	23	21	23	1.98
293184--293311	35	3.7	35	95	0	220	25	33	30	10	1.90
293309--293353	9	5.0	9	91	0	72	20	0	66	13	1.24
293480--293508	9	3.2	9	100	0	58	20	0	58	20	1.39
294650--294874	110	2.0	112	97	1	427	24	26	33	16	1.95
295559--295618	31	1.9	31	100	0	120	13	33	26	26	1.93
295712--295914	37	5.6	37	85	9	303	37	10	9	42	1.72
295721--295923	105	1.9	105	98	0	397	38	10	10	40	1.74
295712--295912	68	2.9	68	74	7	224	37	10	9	42	1.73
296873--296912	21	1.9	21	100	0	80	50	10	12	27	1.72
297687--297737	15	3.3	15	72	5	57	45	5	9	39	1.62
298219--298317	40	2.3	42	88	11	148	17	38	20	24	1.93
298310--298345	18	2.0	18	88	0	54	13	66	0	19	1.24
298506--298559	9	6.0	9	91	0	90	11	70	0	18	1.16
298506--298555	18	2.8	18	100	0	100	12	70	0	18	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
298564--298784	34	6.5	34	98	0	424	9	32	30	28	1.88
299552--299592	17	2.4	17	100	0	82	46	14	21	17	1.84
299874--299975	34	3.0	34	91	1	150	28	31	31	8	1.87
299876--299982	35	3.1	35	91	1	162	26	31	32	9	1.88
299981--300018	9	4.2	9	100	0	76	21	0	57	21	1.40
300457--300494	9	4.2	9	100	0	76	21	57	0	21	1.40
300500--300740	34	7.1	34	99	0	473	9	31	29	29	1.88
302475--302521	18	2.6	18	79	0	58	38	19	40	2	1.63
303257--303324	34	2.0	34	100	0	136	29	29	32	8	1.87
306852--307257	82	5.0	82	99	0	791	25	23	35	15	1.94
307335--307495	44	3.7	44	100	0	322	44	6	11	37	1.67
308267--308359	35	2.7	35	93	0	150	24	33	31	10	1.90
308358--308386	9	3.2	9	100	0	58	20	0	58	20	1.39
308739--308883	65	2.2	64	97	1	272	24	32	27	15	1.95
308889--308919	9	3.4	9	100	0	62	22	0	58	19	1.40
310011--310197	71	2.7	68	83	8	209	24	22	38	14	1.92
310203--310259	26	2.2	26	100	0	114	22	33	24	19	1.97
313914--313956	18	2.4	18	80	7	52	30	13	37	18	1.90
315304--315353	24	2.3	21	86	13	66	14	24	34	28	1.93
316085--316181	51	1.9	51	95	0	176	22	26	21	28	1.99
317220--317311	39	2.3	39	87	7	123	22	32	15	29	1.95
319954--320048	33	2.9	33	88	0	136	40	9	35	14	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
319969--320063	33	2.9	33	84	6	97	38	9	35	15	1.80
320084--320207	46	2.8	46	96	3	227	16	33	23	26	1.95
320317--320454	69	2.0	69	97	0	258	37	17	27	17	1.92
321709--321775	21	3.0	21	83	12	98	40	17	5	35	1.75
322226--322279	24	2.2	24	96	0	99	22	12	31	33	1.92
322235--322288	24	2.2	24	86	0	72	25	16	24	33	1.96
322792--322876	34	2.5	35	96	1	154	29	30	30	9	1.89
322944--323008	26	2.5	26	100	0	130	18	36	18	26	1.94
323331--323414	26	3.2	26	81	3	96	23	26	22	27	2.00
323418--323479	23	2.7	23	85	2	90	30	16	40	12	1.86

Tables:   1   2   3   4