123.fas.2.7.7.80.10.50.500.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NC_030900
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  372339

Tables:   1   2   3   4   

This is table  2  of  4  ( 414 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117475--117585	36	2.8	39	84	16	147	25	25	36	13	1.92
120188--120277	34	2.6	34	98	0	171	7	33	28	30	1.85
124153--124181	9	3.2	9	100	0	58	20	58	0	20	1.39
124823--124891	35	2.0	35	100	0	138	47	8	8	34	1.65
125217--125276	33	1.9	31	87	12	88	23	33	36	6	1.81
128370--128451	30	2.7	30	98	0	155	26	32	20	19	1.97
129850--129914	34	1.9	34	100	0	130	27	30	32	9	1.88
130301--130381	26	3.3	26	75	22	93	27	27	30	14	1.95
130522--130664	69	2.1	70	95	1	261	26	33	29	10	1.90
130522--130664	35	4.1	35	94	1	261	26	33	29	10	1.90
130668--130703	9	4.0	9	96	0	63	22	0	63	13	1.29
130829--130859	9	3.4	9	100	0	62	22	0	58	19	1.40
131150--131190	18	2.3	18	100	0	82	12	70	0	17	1.16
131150--131194	9	5.0	9	91	0	72	11	71	0	17	1.14
131334--131430	48	1.9	47	86	12	131	31	13	38	16	1.87
131413--131463	5	10.2	5	76	16	52	41	5	52	0	1.25
131405--131461	9	5.9	9	78	15	60	42	5	52	0	1.24
131615--131696	30	3.0	26	77	13	94	18	19	35	26	1.95
131754--131797	16	2.8	16	96	0	79	20	18	15	45	1.85
131924--132047	37	3.4	37	92	5	202	17	38	24	19	1.93
132217--132284	27	2.5	27	87	0	100	22	17	45	14	1.85
132368--132501	56	2.4	56	88	2	198	23	20	32	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
132601--132664	20	3.2	20	95	0	110	14	43	17	25	1.86
132748--132847	25	4.0	26	83	6	125	19	32	28	21	1.97
132748--132847	50	2.0	50	90	3	157	19	32	28	21	1.97
132847--132887	22	1.9	22	85	5	57	29	9	41	19	1.83
134436--134464	9	3.2	9	100	0	58	20	58	0	20	1.39
134561--134639	36	2.1	38	88	9	117	12	37	25	24	1.90
134631--134684	9	6.0	9	91	0	90	11	70	0	18	1.16
134631--134680	18	2.8	18	100	0	100	12	70	0	18	1.17
134682--134809	35	3.7	35	95	0	220	10	30	33	25	1.90
135935--136012	39	2.0	39	100	0	156	43	7	10	38	1.67
136133--136157	12	2.1	12	100	0	50	32	20	16	32	1.94
136755--136799	8	6.0	8	75	15	51	13	13	22	51	1.75
136759--136799	21	2.0	21	95	0	73	14	12	21	51	1.75
137276--137309	16	2.1	17	88	5	52	14	29	38	17	1.90
138069--138133	34	1.9	34	87	0	94	44	9	6	40	1.61
138430--138465	17	2.1	17	89	0	54	19	25	27	27	1.99
138810--138857	19	2.5	19	93	0	87	29	29	27	14	1.95
139322--139367	18	2.6	18	96	0	83	30	23	30	15	1.95
139432--139467	14	2.6	14	90	0	54	8	25	30	36	1.85
139455--139565	52	2.3	48	79	13	129	26	26	18	28	1.98
139570--139601	14	2.3	14	94	0	55	12	21	25	40	1.88
140382--140475	22	4.1	22	69	15	75	10	26	26	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140430--140495	26	2.5	26	85	5	78	13	27	22	36	1.92
141170--141224	25	2.2	25	93	0	92	20	29	23	27	1.99
141486--141526	20	2.0	20	100	0	82	4	36	19	39	1.73
141562--141629	21	3.3	21	91	2	102	7	22	29	41	1.80
141855--141883	9	3.2	9	100	0	58	20	0	58	20	1.39
142202--142288	34	2.6	34	89	5	131	22	6	49	20	1.73
142477--142504	14	2.0	14	100	0	56	42	7	42	7	1.59
142929--142970	22	2.0	22	86	13	61	19	26	38	16	1.92
143701--143745	9	5.0	9	94	0	72	17	0	71	11	1.14
144134--144202	35	2.0	35	100	0	138	47	8	8	34	1.65
144226--144274	22	2.2	22	100	0	98	28	32	30	8	1.86
145580--145674	48	2.0	48	95	0	172	28	21	41	9	1.84
145727--145796	35	2.1	33	84	10	90	11	32	31	24	1.91
145806--145834	9	3.2	9	100	0	58	20	58	0	20	1.39
146451--146542	40	2.3	40	98	0	175	23	19	38	18	1.93
149319--149380	31	2.0	31	96	0	115	12	35	27	24	1.92
150627--150772	46	3.4	46	80	18	213	25	21	36	16	1.94
150607--150802	46	4.9	36	76	22	194	26	23	35	14	1.93
150607--150802	82	2.4	82	98	0	374	26	23	35	14	1.93
152690--152754	34	1.9	34	100	0	130	9	32	30	27	1.88
152920--153024	46	2.5	42	86	10	135	15	38	22	23	1.92
152965--153045	39	2.1	37	82	13	92	14	37	23	24	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
155028--155091	33	1.9	33	83	0	83	9	32	31	26	1.88
160461--160489	9	3.2	9	100	0	58	20	58	0	20	1.39
163193--163250	29	1.9	29	86	6	80	12	34	24	29	1.91
164952--165016	34	1.9	34	100	0	130	27	30	32	9	1.88
165139--165207	35	2.0	35	100	0	138	47	8	8	34	1.65
165373--165544	46	4.0	44	73	21	134	15	35	25	24	1.94
165418--165487	36	1.9	36	97	0	131	14	35	24	25	1.93
166701--166764	33	1.9	33	83	0	83	9	32	31	26	1.88
169446--169530	34	2.5	35	92	1	145	29	29	31	9	1.88
169488--169784	160	1.9	158	94	1	522	25	25	35	13	1.93
169759--169796	9	4.2	9	93	0	67	21	0	60	18	1.36
169785--169866	43	2.1	39	84	15	107	24	23	39	13	1.90
169844--170002	34	4.6	34	96	0	282	30	27	33	8	1.87
170001--170047	9	5.2	9	94	0	85	21	0	59	19	1.38
170054--170144	35	2.6	35	92	0	146	26	32	29	10	1.91
172384--172448	34	1.9	34	100	0	130	9	32	30	27	1.88
172614--172741	39	3.1	39	91	7	184	14	36	24	24	1.93
174640--174915	46	6.0	46	100	0	552	23	26	36	13	1.91
175250--175453	70	2.9	70	99	0	401	24	21	23	30	1.99
176054--176112	23	2.6	23	89	5	84	8	42	16	32	1.79
176121--176196	26	2.8	26	82	4	89	26	23	26	23	2.00
176522--176586	26	2.5	26	100	0	130	26	18	36	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
176654--176868	34	6.5	34	71	14	180	10	34	27	26	1.90
176612--176944	130	2.6	130	96	2	613	11	39	24	24	1.88
176784--176881	34	2.9	34	89	6	119	10	30	31	27	1.90
177381--177434	24	2.2	24	96	0	99	33	31	12	22	1.92
177885--177951	21	3.0	21	83	12	98	35	5	17	40	1.75
179206--179343	69	2.0	69	97	0	258	17	27	17	37	1.92
186945--187048	37	2.9	35	90	4	147	37	5	12	44	1.66
188706--188852	79	1.9	79	100	0	294	12	37	21	27	1.90
189932--190003	38	2.0	36	94	5	103	43	13	8	34	1.75
191120--191155	9	4.0	9	92	0	63	13	63	0	22	1.29
191117--191154	18	2.1	18	100	0	76	15	63	0	21	1.31
191159--191322	64	2.6	64	99	0	319	14	28	31	25	1.94
191287--191370	34	2.4	35	94	2	152	9	29	29	30	1.89
191287--191387	34	3.0	34	85	7	107	9	29	29	30	1.89
198666--198857	34	5.6	34	98	0	357	30	28	32	8	1.87
198856--198891	9	4.0	9	92	0	63	22	0	58	19	1.40
199038--199086	22	2.2	22	100	0	98	28	32	30	8	1.86
202934--203005	9	8.0	9	95	0	126	13	63	0	22	1.29
203003--203199	35	5.6	35	98	0	367	11	28	34	25	1.90
203699--203725	14	1.9	14	100	0	54	22	22	14	40	1.90
204256--204309	9	6.0	9	91	0	90	11	70	0	18	1.16
204256--204305	18	2.8	18	100	0	100	12	70	0	18	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204307--205268	35	27.7	35	94	2	1706	11	28	34	25	1.91
206164--206295	64	2.1	64	97	0	246	24	31	30	14	1.94
208670--208707	9	4.2	9	100	0	76	21	0	57	21	1.40
208713--209138	35	12.2	35	98	0	816	26	33	28	11	1.91
211816--212133	46	7.4	46	80	17	414	22	24	36	16	1.94
211803--212170	39	8.9	41	79	18	374	23	25	36	15	1.94
211803--212170	85	4.4	84	93	3	597	23	25	36	15	1.94
212356--212482	35	3.7	35	91	1	184	26	31	31	10	1.90
212480--212533	9	6.0	9	93	0	90	20	0	66	12	1.24
213629--213712	31	2.6	32	83	9	98	26	32	32	9	1.88

Tables:   1   2   3   4