123.fas.2.7.7.80.10.50.500.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NC_030900
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  372339

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
803--929	35	3.6	35	96	0	227	11	29	33	25	1.90
1484--1610	35	3.6	35	96	0	227	25	33	29	11	1.90
3385--3409	5	5.0	5	100	0	50	60	0	20	20	1.37
5572--5736	64	2.6	64	98	0	312	24	32	28	14	1.95
5741--5769	9	3.2	9	100	0	58	20	0	58	20	1.39
6412--6447	17	2.1	17	94	0	63	44	19	11	25	1.83
7779--7835	23	2.5	22	82	5	69	45	12	19	22	1.83
7869--7953	35	2.4	35	94	0	143	10	28	34	27	1.90
8621--8649	9	3.2	9	100	0	58	20	0	58	20	1.39
9628--9883	43	6.0	43	96	0	458	21	23	43	11	1.85
11991--12123	35	3.8	35	94	1	223	25	33	30	10	1.90
12121--12174	9	6.0	9	91	0	90	18	0	70	11	1.16
12125--12174	18	2.8	18	100	0	100	18	0	70	12	1.17
13103--13272	79	2.2	79	90	2	270	24	22	40	12	1.88
14423--14532	40	2.8	40	97	0	211	16	36	22	24	1.94
16217--16265	24	2.0	24	88	0	71	26	24	14	34	1.94
20128--20286	70	2.3	71	92	1	257	16	34	38	10	1.82
20629--20675	9	5.2	9	94	0	85	21	0	59	19	1.38
20685--20741	31	2.0	30	86	13	84	26	22	35	15	1.94
23787--23824	9	4.2	9	100	0	76	21	57	0	21	1.40
23823--24035	34	6.2	34	99	0	417	8	32	29	29	1.88
27254--27307	21	2.6	21	93	0	90	33	16	11	38	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27445--27525	37	2.2	37	100	0	162	29	28	28	13	1.94
28325--28389	34	1.9	34	100	0	130	9	32	30	27	1.88
29998--30066	35	2.0	35	100	0	138	34	8	8	47	1.65
30304--30348	9	5.0	9	86	0	63	11	68	0	20	1.19
30352--30555	35	5.9	35	96	1	358	10	30	32	26	1.90
30346--30568	104	2.1	103	89	4	358	10	30	31	27	1.90
30727--30774	23	2.1	23	96	0	87	27	14	29	29	1.95
31928--31996	35	2.0	35	100	0	138	47	8	8	34	1.65
32763--32904	35	4.1	35	94	1	259	10	30	32	26	1.90
32770--32909	69	2.0	69	100	0	280	10	30	32	27	1.89
33841--33948	48	2.3	47	98	0	189	18	29	39	12	1.87
34388--34425	9	4.2	9	100	0	76	21	57	0	21	1.40
34549--34595	9	5.2	9	94	0	85	19	59	0	21	1.38
34388--34700	171	1.8	169	95	1	563	15	36	23	24	1.93
34601--34957	64	5.6	64	98	0	678	15	28	31	24	1.95
36659--37274	35	17.6	35	98	0	1180	25	34	28	11	1.90
37278--37349	9	8.0	9	95	0	117	19	0	68	12	1.21
38299--38334	9	4.0	9	92	0	63	22	0	63	13	1.29
38300--38337	18	2.1	18	100	0	76	21	0	63	15	1.31
38326--38442	36	3.1	36	80	13	144	23	25	38	12	1.90
38422--38547	35	3.6	35	95	0	216	26	33	29	11	1.91
42428--42528	35	2.9	35	100	0	202	25	33	29	10	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43692--43859	39	4.3	39	100	0	336	15	38	21	25	1.92
43866--44008	35	4.1	35	97	0	259	11	30	32	25	1.91
44919--45194	37	7.8	37	78	12	328	40	10	10	38	1.73
44926--45194	68	3.9	68	83	3	243	41	10	10	37	1.74
44993--45111	31	3.6	31	71	16	114	35	10	9	44	1.72
44887--45195	105	3.0	103	84	9	387	39	10	10	39	1.74
46882--47065	39	4.8	39	97	2	347	25	22	36	15	1.93
48387--48484	51	1.9	51	83	6	126	22	19	41	16	1.90
48357--48580	26	8.6	27	69	14	105	20	18	42	17	1.89
50173--50202	9	3.3	9	100	0	60	20	56	0	23	1.42
50700--51239	35	15.5	35	99	0	1019	26	33	28	11	1.91
51209--51495	64	4.5	64	99	0	565	25	31	28	14	1.95
52159--52196	9	4.2	9	93	0	67	18	60	0	21	1.36
53159--53229	31	2.2	32	92	2	126	38	7	9	45	1.65
53207--53414	37	5.8	37	84	8	304	41	10	10	37	1.72
53144--53405	105	2.5	105	95	0	443	39	9	10	40	1.72
53214--53414	68	2.8	71	80	11	245	42	9	10	37	1.73
53632--53669	9	4.2	9	89	0	58	18	0	63	18	1.32
57013--57076	33	1.9	33	87	0	92	9	32	29	28	1.88
57296--57340	9	5.0	9	88	0	72	13	66	0	20	1.24
57344--57636	35	8.4	35	95	1	509	10	29	33	26	1.90
57344--57636	104	2.8	104	96	0	532	10	29	33	26	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57338--57636	139	2.2	139	97	1	564	10	30	32	27	1.90
60009--60099	34	2.7	34	89	1	139	29	29	34	6	1.83
61024--61127	35	3.0	35	100	0	208	34	8	8	48	1.65
61836--61891	25	2.3	25	84	9	71	41	21	26	10	1.86
63422--64424	35	28.7	35	99	0	1970	25	34	28	11	1.91
64422--64475	9	6.0	9	91	0	90	18	0	70	11	1.16
64426--64475	18	2.8	18	100	0	100	18	0	70	12	1.17
67391--67529	72	1.9	71	95	1	251	20	25	22	30	1.98
68467--68504	19	2.0	19	100	0	76	36	10	10	42	1.74
69631--69694	33	1.9	33	83	0	83	9	32	31	26	1.88
71391--71526	43	3.3	43	80	19	196	25	26	33	14	1.94
72780--72826	25	2.0	24	91	8	78	27	27	27	17	1.97
73066--73132	34	2.0	34	100	0	134	8	31	29	29	1.88
74363--74548	86	2.2	86	97	0	345	25	22	37	13	1.92
74780--75098	146	2.2	146	97	2	593	24	24	36	14	1.93
75861--75927	34	2.0	34	100	0	134	8	31	29	29	1.88
76085--76157	40	1.9	38	86	10	105	13	36	21	27	1.92
77126--77189	33	1.9	33	83	0	83	26	31	32	9	1.88
80415--80478	33	1.9	33	93	0	110	7	34	31	26	1.85
81852--81920	35	2.0	35	100	0	138	47	8	8	34	1.65
86572--86616	9	5.0	9	97	0	81	11	68	0	20	1.19
86620--86809	35	5.4	35	97	0	344	11	28	33	26	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86607--86839	105	2.2	102	79	8	297	11	31	30	26	1.92
90400--90513	39	2.9	39	97	0	219	38	7	9	43	1.67
91465--91535	34	2.1	34	91	0	115	28	28	36	7	1.83
91745--91815	34	2.1	35	94	2	126	9	30	29	29	1.89
91807--92495	82	8.5	82	99	0	1327	15	35	23	25	1.94
92377--92445	22	3.2	22	62	4	59	11	36	24	27	1.90
94151--94289	44	3.2	44	100	0	278	35	9	13	41	1.77
94583--94771	35	5.4	35	97	0	342	26	33	28	11	1.91
94775--94820	9	5.0	9	89	5	74	19	0	69	10	1.17
94775--94820	19	2.5	18	92	3	74	19	0	69	10	1.17
94812--94881	36	1.9	36	91	8	115	24	24	35	15	1.94
95656--95745	35	2.6	35	87	1	137	27	31	31	10	1.89
95743--95805	9	7.0	9	92	0	108	19	0	69	11	1.17
96559--96675	43	2.9	40	86	10	168	35	5	13	45	1.68
97159--97196	18	2.1	19	90	5	60	28	31	28	10	1.90
98204--98266	33	1.9	33	100	0	126	28	28	36	6	1.82
98562--98639	27	2.9	27	81	7	104	3	46	11	38	1.59
100348--100485	46	3.0	46	100	0	276	23	26	36	13	1.91
100929--100986	21	2.8	21	92	2	91	17	22	44	15	1.86
103616--103716	43	2.4	41	83	9	123	23	29	33	12	1.92
103702--104442	35	21.2	35	99	0	1473	25	34	28	11	1.91
105263--105320	10	5.2	10	77	18	53	27	18	24	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105252--105334	36	2.4	36	83	15	104	28	19	22	28	1.98
105285--105320	10	3.5	10	92	3	54	25	19	22	33	1.97
105546--105638	38	2.5	37	87	1	123	19	19	36	24	1.95
106557--106694	34	4.1	34	100	0	276	8	33	28	28	1.87
107276--107324	24	2.0	24	96	0	89	28	40	8	22	1.82
108073--108160	43	2.0	43	95	4	160	47	11	7	32	1.68
108299--108374	35	2.2	35	90	0	116	25	32	25	17	1.96
111651--111785	70	1.9	70	100	0	270	23	22	22	31	1.99
115656--115719	33	1.9	33	90	0	101	7	34	32	25	1.84
116081--116191	46	2.8	36	76	23	132	14	35	24	26	1.94

Tables:   1   2   3   4