123.fas.2.7.7.80.10.50.500.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NC_060361
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  335042

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 286 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107022--107095	20	3.7	20	96	0	130	12	25	28	33	1.92
107144--107276	68	2.0	68	98	0	257	25	20	24	30	1.99
108411--108683	49	6.2	47	79	17	236	26	27	23	22	1.99
108499--108615	35	3.0	41	85	14	192	23	27	24	23	2.00
108600--108698	43	2.3	43	94	3	173	28	31	23	17	1.97
110240--110413	43	3.6	48	82	13	223	21	23	27	27	1.99
110428--110478	17	2.8	18	88	8	68	9	15	39	35	1.81
115511--115536	13	2.0	13	100	0	52	46	23	7	23	1.78
122546--122616	29	2.4	29	88	6	99	16	35	18	29	1.93
127813--127872	25	2.8	19	74	25	66	8	35	20	36	1.82
129546--129576	16	1.9	16	100	0	62	38	3	25	32	1.72
130584--130619	15	2.4	15	90	0	54	13	41	19	25	1.88
130624--130663	20	2.0	20	95	0	71	20	42	15	22	1.88
134301--134360	25	2.8	19	74	25	66	8	35	20	36	1.82
134345--134397	20	2.7	19	80	5	70	7	32	24	35	1.84
138255--138385	54	2.4	54	83	7	147	32	28	20	18	1.96
138460--138513	19	2.8	20	91	5	85	11	29	27	31	1.91
142313--142370	19	3.1	19	87	9	91	34	25	29	10	1.89
143925--144013	20	4.6	20	88	8	148	35	35	17	10	1.84
143925--144013	37	2.3	39	92	5	146	35	35	17	10	1.84
143994--144095	48	2.1	48	100	0	204	31	29	21	17	1.96
144114--144194	25	3.2	25	91	1	126	6	34	23	35	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
146355--146381	13	2.1	13	100	0	54	37	11	22	29	1.89
151495--151752	49	5.3	49	90	0	410	21	22	27	28	1.99
151781--151843	17	3.5	17	73	12	63	17	11	36	34	1.85
155476--155555	41	2.0	41	100	0	160	25	26	25	23	2.00
155660--155702	18	2.4	18	96	0	77	23	32	13	30	1.93
161146--161187	21	2.0	21	90	0	66	11	35	23	28	1.91
169026--169126	17	5.8	17	73	16	91	33	35	14	15	1.89
169008--169123	37	3.2	37	88	9	170	34	34	14	16	1.89
169019--169128	33	3.2	33	89	7	150	33	34	16	15	1.90
169204--169358	49	3.3	49	93	5	259	25	27	21	25	1.99
169226--169373	43	3.3	43	93	5	233	27	29	21	21	1.99
169376--169461	19	4.5	19	98	0	154	10	31	27	30	1.90
174283--174355	20	3.8	20	77	17	82	34	34	16	15	1.90
174376--174580	49	4.6	49	82	16	236	25	28	22	22	1.99
174392--174542	43	3.4	43	86	9	196	27	29	22	20	1.98
174583--174630	19	2.5	19	90	6	71	10	31	27	31	1.90
177064--177130	19	3.5	19	97	0	125	29	26	32	10	1.90
177133--177261	41	3.0	41	86	9	168	23	24	24	27	2.00
177228--177338	58	1.9	57	80	8	127	20	19	25	34	1.96
177376--177444	34	2.0	34	100	0	138	15	26	28	28	1.96
185347--185476	41	3.0	42	85	10	172	27	24	24	23	2.00
185479--185545	19	3.5	19	97	0	125	10	32	26	29	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
185558--185603	5	9.2	5	95	0	74	23	19	34	21	1.96
188273--188377	19	5.5	19	98	0	192	30	29	29	10	1.90
188380--188509	49	2.8	44	88	9	154	20	24	28	26	1.99
188395--188509	49	2.3	49	96	0	212	21	24	27	26	1.99
188607--188691	17	4.8	17	80	12	100	14	14	37	34	1.86
188640--188697	20	3.0	20	80	14	86	10	17	37	34	1.84
188607--188709	37	2.9	37	87	9	160	14	14	35	34	1.87
195907--195933	13	2.1	13	100	0	54	18	7	22	51	1.70
196437--196483	22	2.1	22	92	0	76	53	4	27	14	1.60
196495--196550	29	1.9	29	100	0	112	32	17	16	33	1.92
201807--201856	17	2.7	18	84	12	66	36	38	16	10	1.82
201842--201952	56	1.9	57	82	8	136	35	25	20	18	1.96
201919--201998	41	2.0	41	94	0	142	26	25	26	22	2.00
202048--202080	5	6.6	5	92	0	57	18	24	36	21	1.95
202349--202423	26	2.8	26	84	6	71	32	26	17	24	1.97
202627--202657	16	1.9	16	100	0	62	32	25	3	38	1.72
207904--207992	35	2.5	35	92	0	160	22	25	28	23	1.99
207961--208070	49	2.3	46	78	21	127	23	20	28	27	1.99
208169--208260	20	4.8	20	89	8	154	10	17	36	34	1.85
208156--208260	37	2.8	37	94	4	174	11	16	37	35	1.84
208107--208260	57	2.7	57	82	10	190	12	16	36	34	1.87
210475--210649	49	3.8	47	86	13	265	24	22	26	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
210475--210651	90	2.0	89	95	3	320	24	23	26	25	2.00
210718--210782	17	3.6	17	78	11	67	18	12	35	33	1.88
210735--210824	20	4.7	19	87	8	121	13	17	34	34	1.89
210718--210802	37	2.3	37	87	4	118	16	14	35	34	1.89
212871--212909	19	2.1	19	100	0	78	30	30	28	10	1.90
212908--212973	25	2.6	25	92	4	107	36	21	34	7	1.82
217589--217654	20	3.5	20	78	16	77	36	34	15	13	1.87
217601--217724	16	7.3	16	69	18	81	34	33	15	16	1.90
217601--217720	33	3.5	33	90	6	170	34	34	15	16	1.90
217801--217884	19	4.3	19	75	11	89	8	28	26	36	1.85
217939--218028	40	2.2	40	100	0	180	28	24	32	14	1.94
227735--227866	54	2.6	51	90	6	196	23	23	24	28	1.99
227885--227939	17	2.9	20	70	25	64	16	14	32	36	1.89
232500--232557	20	3.0	20	70	14	68	34	34	17	13	1.89
232575--232696	54	2.3	54	95	0	217	29	23	22	23	1.99
232640--232673	16	2.1	16	88	0	50	38	26	23	11	1.89
232677--232941	35	6.9	35	83	15	278	25	27	24	22	2.00
232623--232923	165	1.8	165	97	0	575	25	26	24	23	2.00
232944--233029	19	4.5	19	100	0	172	10	27	31	30	1.90
233029--233091	20	3.2	20	95	0	117	4	33	17	44	1.70
232954--233091	19	6.8	20	87	8	120	7	28	25	37	1.84
235928--236013	19	4.5	19	100	0	172	30	31	27	10	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
236016--236150	35	3.9	35	93	3	227	20	25	28	25	1.99
245832--246000	21	7.7	21	83	15	209	13	21	44	19	1.85
245846--245965	26	5.0	26	88	12	163	12	22	45	19	1.83
245832--246000	67	2.5	67	98	0	320	13	21	44	19	1.85
247807--247854	19	2.5	19	90	6	71	31	27	31	10	1.90
247997--248051	20	2.8	20	91	5	85	18	14	32	34	1.91
250443--250522	17	4.5	17	77	14	90	35	35	11	18	1.87
250455--250525	37	2.0	35	91	8	117	33	36	12	16	1.87
250582--250693	49	2.3	49	90	3	181	28	26	23	21	1.99
250714--250771	19	3.1	19	82	9	73	10	31	24	34	1.89
257008--257062	19	2.9	19	100	0	110	9	27	30	32	1.88
260038--260379	49	7.6	49	86	12	358	22	23	26	28	1.99
260084--260185	35	2.9	35	97	0	186	21	25	29	23	1.99
260410--260571	20	8.9	17	80	11	130	14	15	37	32	1.88
260434--260531	17	5.6	17	76	11	92	18	12	37	31	1.88
260414--260551	37	3.8	37	81	14	198	15	14	36	32	1.88
260410--260514	53	1.9	54	88	7	158	15	15	37	32	1.88
260434--260571	70	1.9	71	94	5	242	15	14	36	32	1.88
264408--264474	19	3.5	19	95	0	125	10	28	29	31	1.90
264455--264545	25	3.6	25	95	1	155	6	35	24	34	1.81
266434--266514	25	3.0	27	85	8	112	28	24	35	11	1.90
268597--268704	44	2.4	45	81	12	123	35	20	36	8	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
274679--274764	20	4.4	20	88	8	142	36	36	17	10	1.84
274679--274764	37	2.2	39	91	6	140	36	36	17	10	1.84
274889--274927	5	7.8	5	91	0	60	25	20	33	20	1.97
276828--276934	19	5.5	20	92	3	139	30	28	28	12	1.93
276828--276934	38	2.7	39	86	2	153	30	28	28	12	1.93
276937--277221	43	6.9	39	86	7	173	22	23	28	26	1.99
276953--277195	43	6.1	37	85	12	174	21	23	28	26	1.99
277010--277154	43	3.4	43	100	0	290	20	21	30	28	1.98
277284--277402	17	6.6	18	75	12	102	16	12	37	32	1.87
277280--277442	37	4.4	38	82	9	194	14	14	37	33	1.87

Tables:   1   2   3