123.fas.2.7.7.80.10.50.500.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NC_060361
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  335042

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 286 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1271--1297	13	2.1	13	100	0	54	18	7	22	51	1.70
1801--1847	22	2.1	22	92	0	76	53	4	27	14	1.60
1859--1914	29	1.9	29	100	0	112	32	17	16	33	1.92
7171--7220	17	2.7	18	84	12	66	36	38	16	10	1.82
7206--7316	56	1.9	57	82	8	136	35	25	20	18	1.96
7283--7362	41	2.0	41	94	0	142	26	25	26	22	2.00
7412--7444	5	6.6	5	92	0	57	18	24	36	21	1.95
7713--7787	26	2.8	26	84	6	71	32	26	17	24	1.97
7991--8021	16	1.9	16	100	0	62	32	25	3	38	1.72
13268--13356	35	2.5	35	92	0	160	22	25	28	23	1.99
13325--13434	49	2.3	46	78	21	127	23	20	28	27	1.99
13533--13624	20	4.8	20	89	8	154	10	17	36	34	1.85
13520--13624	37	2.8	37	94	4	174	11	16	37	35	1.84
13471--13624	57	2.7	57	82	10	190	12	16	36	34	1.87
15839--16013	49	3.8	47	86	13	265	24	22	26	25	2.00
15839--16015	90	2.0	89	95	3	320	24	23	26	25	2.00
16082--16146	17	3.6	17	78	11	67	18	12	35	33	1.88
16099--16188	20	4.7	19	87	8	121	13	17	34	34	1.89
16082--16166	37	2.3	37	87	4	118	16	14	35	34	1.89
18235--18273	19	2.1	19	100	0	78	30	30	28	10	1.90
18272--18337	25	2.6	25	92	4	107	36	21	34	7	1.82
22953--23018	20	3.5	20	78	16	77	36	34	15	13	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22965--23088	16	7.3	16	69	18	81	34	33	15	16	1.90
22965--23084	33	3.5	33	90	6	170	34	34	15	16	1.90
23165--23248	19	4.3	19	75	11	89	8	28	26	36	1.85
23303--23392	40	2.2	40	100	0	180	28	24	32	14	1.94
25329--25357	14	2.1	14	100	0	58	6	6	31	55	1.53
29902--29927	12	2.2	12	100	0	52	42	15	15	26	1.87
31228--31408	49	3.7	49	94	2	319	22	22	28	27	1.99
31386--31551	20	8.8	20	82	12	192	12	16	35	34	1.87
31388--31551	37	4.4	37	78	16	185	12	16	35	35	1.87
31386--31551	74	2.2	75	86	9	248	12	16	35	34	1.87
34570--34612	22	2.0	22	90	0	68	34	18	32	13	1.90
36130--36440	43	7.3	45	87	11	341	27	27	22	21	1.99
36207--36308	35	2.9	35	97	0	186	23	29	25	21	1.99
36443--36486	19	2.3	19	100	0	88	9	27	31	31	1.88
39136--39166	5	6.2	5	92	0	53	22	35	19	22	1.96
39240--39407	49	3.2	49	79	18	194	22	21	27	27	1.99
39493--39631	37	3.8	37	89	3	217	17	12	36	33	1.88
39444--39674	74	3.1	71	85	9	291	17	13	35	32	1.89
39476--39675	54	3.6	56	77	12	161	18	13	36	32	1.89
39476--39668	91	2.1	89	90	5	298	18	12	36	32	1.88
46241--46281	20	2.0	20	95	0	73	26	26	19	26	1.99
46390--46524	41	3.0	42	83	16	182	22	23	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46437--46566	54	2.5	50	92	6	208	22	22	26	28	1.99
46345--46524	90	1.9	91	93	5	308	23	23	26	26	2.00
46590--46705	17	6.5	18	76	14	107	19	11	36	32	1.87
46585--46685	20	5.3	20	73	17	99	18	13	34	32	1.91
46585--46694	37	3.0	36	89	6	152	18	13	34	33	1.90
46663--46694	16	2.0	16	100	0	64	12	18	37	31	1.88
48203--48328	40	3.2	40	95	2	227	14	28	26	30	1.95
52103--52136	17	2.0	17	100	0	68	11	29	23	35	1.90
52788--52869	30	2.8	29	90	3	128	25	25	31	17	1.97
53815--53848	5	6.8	5	96	0	59	20	35	20	23	1.96
53871--53948	25	3.4	24	75	23	78	35	23	33	7	1.83
53871--53992	44	2.7	44	82	11	149	36	23	31	8	1.85
53892--53967	19	3.7	19	76	21	73	34	22	34	9	1.86
56635--56773	54	2.7	52	94	5	239	27	25	21	25	1.99
56801--56876	19	3.7	19	76	21	73	9	34	22	34	1.86
56820--56896	25	3.3	24	74	23	76	7	33	22	36	1.83
62762--62985	49	4.8	48	84	8	275	23	22	26	27	2.00
63064--63202	20	7.0	21	72	19	93	13	15	37	33	1.86
63084--63282	20	10.8	20	77	14	189	14	16	36	33	1.88
63084--63282	37	5.4	37	82	8	255	14	16	36	33	1.88
63087--63281	70	2.7	72	89	7	288	14	15	36	33	1.88
67046--67114	17	3.9	17	85	10	102	11	14	39	34	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67041--67163	37	3.2	37	90	6	174	12	16	35	35	1.86
67053--67175	43	3.0	42	90	6	184	13	14	34	37	1.86
67092--67160	23	3.1	23	75	12	90	14	14	31	39	1.86
67067--67175	20	5.5	19	73	20	89	14	14	33	36	1.87
73087--73134	19	2.5	19	90	6	71	10	31	27	31	1.90
73969--74024	27	2.1	27	100	0	112	17	21	19	41	1.91
77660--77802	35	3.9	35	77	18	164	20	24	29	25	1.99
77727--77913	48	4.3	45	76	20	184	20	21	29	28	1.98
77727--77850	48	2.8	44	91	6	187	20	21	29	28	1.98
77818--77885	35	1.9	34	88	11	102	19	25	29	26	1.98
77944--78002	19	3.1	19	92	2	100	30	27	30	11	1.92
77944--78025	19	4.5	19	76	16	75	32	26	29	10	1.91
78060--78299	54	4.4	54	87	7	310	19	22	27	31	1.97
78223--78256	16	2.1	16	88	0	50	11	23	26	38	1.89
78060--78271	113	1.9	113	89	0	334	20	22	26	31	1.98
78377--78424	16	3.1	16	82	17	73	12	18	35	33	1.89
78358--78418	15	3.9	15	76	19	70	16	16	36	31	1.91
78356--78424	33	2.2	32	92	5	113	14	17	34	33	1.90
80247--80282	15	2.5	15	95	4	65	55	8	27	8	1.58
82314--82435	20	6.6	19	77	14	107	33	35	16	14	1.89
82357--82456	17	5.8	17	76	13	60	34	35	12	19	1.88
82315--82458	70	2.0	72	91	5	238	33	35	14	16	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82335--82452	37	3.3	36	75	17	138	33	35	13	16	1.88
82491--82592	43	2.4	43	91	3	161	27	30	22	19	1.98
82558--82733	35	4.9	35	89	8	273	23	28	25	21	1.99
82736--82821	19	4.5	19	100	0	172	10	27	31	30	1.90
85275--85334	18	3.0	20	75	15	63	33	15	38	13	1.86
91768--91995	20	12.1	20	74	15	193	34	35	15	14	1.88
91809--91906	17	5.6	17	74	13	83	33	35	12	18	1.88
91789--91995	37	5.5	37	81	13	239	34	35	14	14	1.87
91765--91994	90	2.5	91	77	13	227	34	36	15	13	1.87
91921--91990	23	3.2	23	78	12	83	34	38	14	12	1.84
92137--92244	35	3.1	35	100	0	216	24	27	25	22	2.00
92263--92367	19	5.5	19	98	0	201	10	28	30	30	1.90
96626--96834	49	4.2	49	91	5	330	24	21	27	26	1.99
96858--96926	17	3.9	17	78	17	86	14	13	37	34	1.85
96853--96944	37	2.5	37	89	7	159	11	16	35	35	1.85
101191--101272	17	4.7	17	80	11	87	32	35	18	13	1.90
101385--101543	43	3.3	49	82	15	206	27	26	21	24	1.99
101454--101599	43	3.6	43	83	12	218	28	30	21	19	1.98
101525--101591	35	1.9	35	93	0	116	23	29	25	20	1.99
101482--101677	89	2.3	84	90	9	305	26	29	23	20	1.99
103580--103655	19	3.7	19	76	21	73	34	22	34	9	1.86
103577--103680	44	2.3	46	85	11	135	34	23	33	8	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103664--103895	41	5.4	41	77	11	216	24	24	27	24	2.00
103683--103895	90	2.5	84	93	6	347	23	23	27	25	2.00
106388--106459	20	3.8	20	74	10	87	34	36	15	13	1.87
106384--106472	37	2.4	37	90	0	151	35	37	13	13	1.84
106385--106492	17	5.9	18	72	13	87	34	37	13	14	1.86
106497--106802	49	6.8	43	76	19	270	28	28	22	20	1.99
106497--106736	133	1.8	133	94	1	428	27	28	23	20	1.99
106563--106889	84	4.0	78	81	16	321	26	28	23	20	1.99
106770--106894	35	3.6	35	100	0	250	23	27	25	24	2.00
106913--107096	19	9.3	19	79	8	172	10	28	28	32	1.91

Tables:   1   2   3