123.fas.2.7.7.80.10.50.500.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NC_037468
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  617195

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
229702--229793	25	3.8	25	76	18	104	29	26	11	32	1.92
229703--229820	28	4.7	26	75	18	97	31	26	11	30	1.92
229724--229817	48	2.0	48	93	0	161	31	25	11	30	1.91
229836--229926	19	4.8	19	84	4	121	30	16	26	26	1.97
229836--229926	38	2.4	38	88	0	137	30	16	26	26	1.97
229937--230014	25	3.0	25	82	10	102	30	25	12	30	1.93
230078--230108	16	1.9	16	93	0	53	35	16	29	19	1.93
230192--230222	16	1.9	16	93	0	53	35	16	29	19	1.93
230061--230290	114	2.0	114	97	0	433	37	16	20	24	1.93
230269--230532	43	6.2	43	84	3	320	32	19	21	26	1.97
230331--230532	19	9.7	19	69	23	122	32	17	24	26	1.97
230268--230522	127	2.0	127	93	1	440	33	19	21	26	1.97
230401--230471	24	3.2	23	69	19	69	36	21	21	21	1.95
230475--230560	24	3.8	23	77	16	108	27	16	26	29	1.97
230398--230756	199	1.8	199	87	3	544	32	19	22	25	1.97
230604--231164	43	13.0	43	71	13	275	33	19	20	26	1.96
230618--230688	19	3.5	19	70	17	52	32	21	19	26	1.97
230700--230814	24	5.7	19	73	22	92	30	16	26	26	1.97
230700--230798	24	4.6	23	77	17	106	30	16	26	27	1.96
230784--230814	16	1.9	16	93	0	53	35	16	29	19	1.93
230882--231119	81	2.9	80	83	8	282	32	19	19	27	1.96
231004--231068	19	3.2	19	76	19	76	32	13	24	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
230964--231190	127	1.8	122	90	4	364	32	19	20	27	1.97
231131--231200	19	3.7	19	72	14	72	28	17	27	27	1.97
231134--231209	38	2.0	38	97	0	143	23	19	25	31	1.98
231183--231228	24	1.9	24	100	0	92	26	19	21	32	1.97
230614--231224	208	2.9	207	79	10	728	32	19	20	27	1.97
231186--231266	24	3.9	20	77	9	74	29	18	25	25	1.98
231276--231395	28	4.3	28	100	0	240	38	25	10	25	1.88
231840--231959	28	4.3	28	100	0	240	25	10	25	38	1.88
231969--232022	19	2.8	19	77	2	63	22	27	18	31	1.97
232007--232052	24	1.9	24	100	0	92	32	21	19	26	1.97
232035--232104	19	3.7	19	72	14	72	27	27	17	28	1.97
232026--232101	38	2.0	38	97	0	143	31	25	19	23	1.98
232071--232252	43	4.3	42	81	4	240	25	21	19	34	1.96
232167--232231	19	3.2	19	76	19	76	29	24	13	32	1.94
232011--232250	84	2.9	84	78	7	242	27	21	19	31	1.98
232045--232271	127	1.8	122	90	4	364	27	20	19	32	1.97
232116--232312	84	2.4	79	82	7	207	28	19	18	32	1.96
232340--232405	24	3.0	23	85	12	86	33	21	18	27	1.96
232345--232584	19	11.7	19	67	22	78	28	22	18	31	1.97
232379--232454	38	2.0	38	97	0	143	31	25	19	23	1.98
232424--232646	43	5.2	42	80	4	250	26	19	20	34	1.96
232355--232603	84	3.0	84	78	7	242	28	21	19	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
232398--232647	127	2.0	122	91	3	401	27	19	20	33	1.96
232064--232899	315	2.7	314	84	7	1000	29	20	19	31	1.97
232655--232720	24	3.0	23	85	12	86	33	21	18	27	1.96
232660--232900	43	5.8	43	78	9	232	28	22	17	30	1.97
232660--232772	19	5.7	19	72	17	77	29	24	17	28	1.97
232011--232900	353	2.5	348	87	6	1154	29	20	19	30	1.97
232694--232769	38	2.0	38	97	0	143	31	25	19	23	1.98
232963--233132	43	4.2	42	68	18	126	25	18	22	32	1.97
233195--233241	16	2.8	16	83	9	58	23	27	17	31	1.96
233282--233453	43	4.2	42	68	18	130	25	18	22	33	1.96
233275--233431	76	2.0	78	87	6	228	27	19	21	31	1.98
233488--233572	24	3.8	24	81	15	126	30	25	16	27	1.97
233488--233586	24	4.7	19	78	17	90	28	26	16	29	1.97
233488--233626	43	3.2	43	90	2	199	27	25	18	28	1.98
233511--233626	19	5.6	19	67	18	52	25	25	18	29	1.98
233510--233702	76	2.4	79	86	8	248	26	22	20	31	1.98
233650--233746	43	2.3	41	87	3	131	23	16	20	39	1.92
233827--233979	43	3.8	42	68	19	119	26	16	22	33	1.96
234026--234056	16	1.9	16	93	0	53	19	29	16	35	1.93
234026--234150	43	3.0	43	83	8	134	24	21	20	32	1.98
237124--237201	37	2.1	37	97	0	147	14	35	23	26	1.93
239949--240134	28	6.6	28	96	2	297	27	10	23	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
240204--240287	43	2.0	43	87	0	123	22	15	22	39	1.92
240306--240336	16	1.9	16	100	0	62	19	32	16	32	1.94
240379--240460	43	1.9	43	87	0	119	23	15	24	36	1.94
240146--240528	175	2.2	175	98	0	730	23	21	18	36	1.95
240481--240529	19	2.9	16	87	9	62	22	30	14	32	1.93
240944--241113	43	4.2	42	70	18	135	25	18	22	32	1.97
241160--241190	16	1.9	16	93	0	53	19	29	16	35	1.93
241552--241621	19	3.7	19	88	0	113	27	27	17	28	1.97
242025--242055	16	1.9	16	93	0	53	35	16	29	19	1.93
242102--242314	43	5.2	43	72	14	180	33	22	17	26	1.96
242495--242565	19	3.5	19	70	17	61	29	23	19	26	1.98
242481--242637	43	3.7	43	87	4	210	32	21	19	26	1.97
242302--242547	119	2.1	116	83	8	297	33	19	22	25	1.97
242577--242675	24	4.7	20	77	17	94	30	16	25	28	1.96
242591--242675	24	3.8	24	80	15	117	28	16	24	30	1.96
242577--242691	43	2.7	43	94	4	200	31	15	26	26	1.96
242481--242952	86	5.5	86	65	18	214	34	19	19	26	1.96
242661--242692	16	2.0	16	93	0	55	40	12	28	18	1.87
242738--242950	43	5.2	43	71	14	162	35	21	17	25	1.95
242738--242971	119	1.9	122	88	4	357	33	20	18	26	1.96
242494--243241	342	2.2	331	87	6	1058	33	20	19	26	1.97
242919--242989	19	3.7	19	73	14	74	28	16	28	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
243067--243241	43	4.2	42	71	14	146	34	22	17	25	1.96
243089--243241	81	1.9	81	94	0	270	33	21	19	25	1.97
243364--243507	64	2.2	65	90	2	220	34	19	17	29	1.95
243457--243866	43	10.2	42	66	17	174	33	20	19	27	1.96
243478--243685	76	2.7	75	83	8	231	34	20	19	26	1.96
243676--243832	76	2.0	79	86	6	221	31	21	19	28	1.97
243456--243856	197	2.0	200	94	3	711	33	20	18	27	1.96
243792--243867	19	3.7	19	79	16	89	30	15	27	26	1.96
243608--243870	43	6.4	43	71	15	198	32	18	20	28	1.97
244320--244390	24	3.2	24	67	19	71	38	22	16	22	1.93
244281--244408	43	3.0	43	89	2	177	35	21	17	25	1.95
244513--244543	16	1.9	16	93	0	53	35	16	29	19	1.93
244590--244764	43	4.2	43	72	16	152	34	21	18	26	1.96
244612--245028	81	5.0	81	70	16	296	33	20	19	26	1.97
244872--245028	76	2.0	79	87	6	230	30	21	19	28	1.98
244988--245062	19	3.7	19	78	16	87	30	16	26	26	1.96
244828--245062	43	5.7	42	74	14	197	32	20	20	26	1.97
245002--245090	24	3.9	24	78	14	116	26	16	25	30	1.97
244988--245087	43	2.3	43	94	0	173	29	17	27	27	1.97
245187--245242	19	2.6	23	81	13	66	32	16	26	25	1.96
245134--245220	43	2.0	43	88	4	131	34	21	20	22	1.97
245229--245259	16	1.9	16	93	0	53	41	12	29	16	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
245305--245568	43	6.2	42	80	6	246	32	19	20	26	1.97
245367--245611	19	11.7	19	67	23	93	31	17	23	26	1.97
245512--245592	24	3.6	24	79	16	109	28	17	28	25	1.97
245304--245558	127	2.0	127	93	0	438	33	19	20	26	1.96
245367--245611	43	5.7	43	82	6	257	31	17	23	26	1.97
245510--245615	24	4.9	22	74	20	98	28	16	25	29	1.97
245725--245789	19	3.2	19	76	19	76	32	13	24	29	1.94
245705--245926	43	5.2	43	80	4	254	31	19	22	26	1.97
245685--245916	127	1.8	127	95	0	419	32	19	21	27	1.97
245852--245926	19	3.7	19	78	16	87	30	16	26	26	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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