123.fas.2.7.7.80.10.50.500.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NC_037468
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  617195

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
165141--165323	43	4.2	43	73	6	154	27	22	19	30	1.98
165416--165535	28	4.3	29	94	5	212	25	10	25	38	1.88
165605--165688	43	2.0	43	88	4	125	23	14	23	38	1.92
165707--165737	16	1.9	16	100	0	62	19	32	16	32	1.94
170053--170135	28	3.0	28	89	7	132	25	9	26	38	1.86
170119--170298	95	1.9	98	84	6	251	27	22	17	32	1.96
170281--170479	43	4.9	43	74	14	195	26	17	23	33	1.96
170310--170380	19	3.5	19	71	17	61	26	19	22	30	1.98
170609--170764	43	3.9	43	69	19	145	26	16	24	32	1.96
170823--170868	24	1.9	24	100	0	92	32	21	19	26	1.97
170946--171137	43	4.7	42	71	17	163	25	19	20	34	1.96
171201--171370	43	4.2	42	71	18	153	25	18	22	32	1.97
170861--171371	255	2.0	255	98	0	986	25	19	20	34	1.96
171419--171472	28	2.0	25	82	10	63	16	35	14	33	1.90
171711--172135	43	10.2	42	64	21	155	33	21	19	25	1.97
171733--172124	76	4.8	77	70	20	269	33	20	19	25	1.97
171944--172135	43	4.7	43	71	17	160	34	20	19	25	1.96
171710--172220	255	2.0	255	98	0	986	34	20	19	25	1.96
172213--172275	24	2.9	22	79	15	78	25	17	25	31	1.97
172198--172275	19	3.8	20	78	15	79	28	16	26	28	1.97
172237--172289	19	3.1	17	84	12	72	28	15	30	26	1.96
172362--172488	28	4.6	27	81	14	136	36	23	11	29	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
172362--172488	56	2.3	54	84	12	154	36	23	11	29	1.89
172500--172545	16	2.6	17	80	13	58	30	17	32	19	1.95
172656--172811	43	3.9	43	70	19	154	31	24	17	26	1.97
172571--173134	285	2.0	285	93	1	979	31	22	17	27	1.97
172941--173313	43	9.2	42	69	15	239	33	21	18	26	1.96
173079--173143	19	3.2	19	76	19	76	32	13	24	29	1.94
172960--173194	76	2.9	86	80	11	255	32	20	19	27	1.97
172940--173313	203	1.8	203	97	0	703	33	21	18	26	1.96
173039--173299	127	2.1	119	85	8	337	32	21	19	27	1.97
173301--173546	119	2.1	116	83	8	297	33	19	22	24	1.97
173533--173604	19	3.7	19	72	22	60	31	16	27	23	1.96
173480--173604	43	3.0	43	83	8	134	32	20	22	24	1.98
173635--173700	21	3.2	21	64	23	59	28	25	12	33	1.92
173624--173703	40	2.0	39	97	2	151	28	27	12	31	1.93
173691--173860	43	4.2	43	67	18	121	34	22	17	25	1.96
173829--174022	99	2.0	99	84	7	254	34	19	21	25	1.96
173938--173983	24	1.9	24	100	0	92	26	19	21	32	1.97
173991--174120	28	4.6	28	99	0	251	37	25	11	25	1.89
174167--174272	55	1.9	55	86	7	153	31	21	16	31	1.95
177617--177699	28	3.0	28	92	0	139	24	10	26	38	1.88
177683--177862	95	1.9	98	84	6	251	27	22	17	32	1.96
177845--178043	43	4.9	43	73	14	195	26	17	23	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
177874--177944	19	3.5	19	68	17	52	26	19	22	30	1.98
182972--183095	54	2.3	55	84	12	166	28	11	23	37	1.89
182972--183095	28	4.5	28	82	13	168	28	11	23	37	1.89
183165--183248	43	2.0	43	90	0	132	23	14	22	39	1.91
183267--183297	16	1.9	16	100	0	62	19	32	16	32	1.94
183355--183434	41	2.0	41	89	0	124	30	11	18	40	1.86
183449--183568	28	4.3	28	95	4	224	25	10	25	38	1.88
183638--183719	43	1.9	43	89	0	128	24	14	24	36	1.93
183740--183770	16	1.9	16	100	0	62	19	32	16	32	1.94
186448--186474	13	2.1	13	100	0	54	25	0	37	37	1.57
189616--189707	28	3.3	28	98	0	175	26	10	26	36	1.89
189691--189870	95	1.9	98	84	6	251	27	22	17	32	1.96
189839--190051	43	5.2	43	74	14	198	25	18	22	33	1.96
189882--189952	19	3.5	19	71	17	61	26	19	22	30	1.98
189857--189933	24	3.4	24	67	17	65	20	20	22	36	1.95
190098--190164	19	3.7	19	86	5	86	20	29	16	32	1.95
189977--190321	175	2.0	168	80	12	383	24	21	19	34	1.97
190205--190415	119	1.8	118	87	7	315	25	23	18	33	1.96
190384--190553	43	4.2	42	68	18	126	25	18	22	32	1.97
190631--190706	19	3.7	19	79	16	89	26	27	15	30	1.96
190628--190692	24	2.9	24	80	15	86	30	26	15	27	1.96
190855--190919	19	3.2	19	74	19	67	26	24	15	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
190804--191040	81	2.9	80	88	5	316	26	20	20	32	1.97
190630--191062	43	10.2	42	76	9	382	26	19	19	34	1.96
191173--191218	16	2.7	16	83	10	56	21	30	17	30	1.96
191257--191424	88	1.9	88	96	2	311	28	11	23	36	1.89
191230--191418	28	6.6	28	89	8	267	27	11	24	37	1.89
191430--191495	19	3.4	19	79	4	87	24	27	19	28	1.99
191530--191560	16	1.9	16	100	0	62	19	32	16	32	1.94
191530--191621	19	4.7	19	75	16	73	26	27	16	30	1.97
191544--191606	24	2.9	22	79	11	69	31	23	17	26	1.97
191701--191853	43	3.8	42	68	19	119	26	16	22	33	1.96
191931--192001	19	3.7	19	73	14	74	26	28	16	28	1.97
191928--192058	38	3.3	38	79	14	156	29	24	19	27	1.98
191968--192161	43	4.8	42	72	15	158	25	20	20	34	1.96
191930--192117	76	2.4	78	86	6	265	26	22	20	30	1.98
192242--192394	43	3.8	42	68	19	119	26	16	22	33	1.96
192419--192475	21	2.8	21	89	5	82	24	29	15	29	1.96
193592--193674	28	3.0	28	89	7	132	25	9	26	38	1.86
193658--193837	95	1.9	98	84	6	251	27	22	17	32	1.96
193806--194018	43	5.2	43	74	14	198	25	18	21	34	1.96
193849--193919	19	3.5	19	71	17	61	26	19	19	33	1.96
193824--193900	24	3.4	24	67	17	65	20	20	22	36	1.95
194058--194179	43	2.8	43	91	2	165	27	25	16	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
194076--194161	24	3.8	24	77	16	110	27	27	16	27	1.97
194105--194179	19	3.7	19	77	16	78	25	26	16	32	1.96
194105--194317	43	5.2	42	71	15	142	26	20	21	31	1.98
194137--194295	76	2.0	78	91	6	259	27	20	22	30	1.98
194395--194465	19	3.7	19	73	14	74	26	28	16	28	1.97
194392--194522	38	3.3	38	79	14	156	29	24	19	27	1.98
194432--194625	43	4.8	42	70	15	140	25	19	19	35	1.96
194394--194581	76	2.4	76	88	4	259	27	21	19	31	1.98
194706--194858	43	3.8	42	68	19	128	26	17	22	33	1.96
194890--194975	24	3.8	24	77	14	110	29	26	17	26	1.98
194868--194989	43	2.8	43	92	0	190	27	25	17	30	1.97
194872--194989	19	5.7	19	74	18	92	26	26	16	30	1.97
194915--195127	43	5.2	42	71	15	142	26	19	21	32	1.97
194947--195105	76	2.0	78	89	6	241	27	19	22	30	1.98
195205--195280	19	3.7	19	79	16	89	25	28	15	30	1.96
195204--195396	76	2.4	78	84	8	237	25	22	19	31	1.98
195419--195483	19	3.2	19	76	19	76	29	24	13	32	1.94
195216--195622	203	2.0	203	97	0	762	27	19	20	33	1.96
195204--195621	43	10.2	42	71	13	268	27	19	20	32	1.97
195667--195698	16	2.0	16	93	0	55	18	28	12	40	1.87
195684--195739	19	2.6	22	81	13	64	26	25	16	32	1.96
195836--195924	24	3.9	24	80	14	125	31	24	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
195524--195854	180	1.9	168	81	11	382	26	20	19	34	1.96
195864--195938	19	3.7	19	78	16	87	26	26	16	30	1.96
195864--196054	76	2.4	78	84	8	233	26	21	19	31	1.98
196077--196141	19	3.2	19	76	19	76	29	24	13	32	1.94
195864--196279	43	10.2	42	71	13	273	27	19	20	32	1.97
195874--196914	203	5.1	203	70	17	848	26	20	20	32	1.97
196293--196370	19	3.8	19	75	15	75	24	29	16	29	1.97
196289--196370	43	1.9	43	92	0	137	25	28	17	29	1.97
196448--196600	43	3.8	43	67	19	121	26	16	23	33	1.95
196678--196753	19	3.7	19	79	16	89	25	28	15	30	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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