123.fas.2.7.7.80.10.50.500.20.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NC_037468
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  617195

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
584579--584857	19	13.7	19	68	20	120	29	17	24	29	1.97
584579--584678	24	4.6	23	76	17	99	30	15	27	28	1.96
584935--585104	43	4.2	42	70	18	135	32	22	18	25	1.97
585182--585244	24	2.9	22	75	15	69	26	17	23	31	1.97
585167--585258	19	4.7	19	75	16	73	30	16	27	26	1.97
585228--585258	16	1.9	16	100	0	62	32	16	32	19	1.94
585312--585438	28	4.6	28	83	12	165	36	24	11	28	1.89
585603--585658	19	2.6	23	81	13	66	32	16	26	25	1.96
585550--585636	43	2.0	43	88	4	131	34	21	20	22	1.97
585645--585675	16	1.9	16	93	0	53	41	12	29	16	1.85
585721--585933	43	5.2	43	73	14	198	34	22	17	25	1.96
585839--585915	24	3.4	24	68	17	74	36	22	19	22	1.95
585820--585890	19	3.5	19	70	17	52	32	21	19	26	1.97
594190--594251	22	3.0	22	72	13	67	30	14	25	29	1.95
594359--594429	19	3.5	19	71	17	61	30	22	19	26	1.98
594378--594454	24	3.4	24	68	17	74	36	22	19	22	1.95
594260--594758	119	4.1	122	78	13	433	32	20	20	27	1.97
594441--594543	19	5.2	19	72	19	93	29	15	25	30	1.96
594682--594757	19	3.7	19	79	16	89	30	15	27	26	1.96
594276--594760	43	11.9	43	74	15	324	32	20	20	27	1.97
594835--595004	43	4.2	42	67	18	117	33	22	17	25	1.96
594233--595004	284	2.7	287	86	6	1080	32	20	19	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
595171--595298	43	3.0	43	93	2	204	35	21	19	23	1.95
595171--595280	19	5.0	24	66	20	87	37	21	18	22	1.94
594992--595237	119	2.1	116	83	8	306	33	18	22	25	1.97
595361--595433	19	3.7	19	72	22	62	31	16	28	23	1.96
595480--595678	43	4.9	43	75	14	204	32	23	17	26	1.97
595579--595649	19	3.5	19	68	17	52	30	22	19	26	1.98
595578--595692	43	2.7	43	89	2	151	33	21	21	23	1.98
595824--595924	28	3.6	28	95	2	177	36	25	11	25	1.90
599521--599560	21	1.9	21	89	0	62	42	17	27	12	1.85
599990--600054	22	3.1	22	69	13	64	30	12	26	30	1.92
600144--600274	38	3.3	38	78	15	149	26	20	23	29	1.99
600085--600270	76	2.4	79	88	6	272	30	21	21	26	1.98
600201--600271	19	3.7	19	73	14	74	28	16	28	26	1.97
600063--600272	43	5.2	41	72	17	133	31	21	20	26	1.98
600349--600518	43	4.2	42	67	18	117	34	22	17	25	1.96
600699--600769	19	3.5	19	71	17	61	30	22	19	26	1.98
600685--601671	43	23.0	42	73	13	427	32	18	21	27	1.97
600685--600751	19	3.0	24	70	20	81	37	20	17	23	1.94
600506--600751	119	2.1	116	83	8	306	33	18	22	25	1.97
600781--600879	19	4.5	24	77	17	110	30	16	27	26	1.96
600866--600896	16	1.9	16	93	0	53	41	12	29	16	1.85
601004--601244	19	11.7	19	67	20	94	30	17	23	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
600741--601518	388	2.0	387	86	6	1092	31	18	22	27	1.97
601186--601267	24	3.7	23	79	17	109	28	15	28	28	1.96
600698--601955	431	3.0	420	76	13	1171	31	19	21	27	1.97
601372--601448	24	3.4	24	68	17	74	36	22	19	22	1.95
601435--601542	19	5.2	19	75	20	108	30	14	25	29	1.95
601435--601534	24	4.6	23	77	17	108	30	15	26	29	1.95
601581--601711	38	3.3	38	79	14	156	27	19	24	29	1.98
601638--601708	19	3.7	19	73	14	74	28	16	28	26	1.97
601786--601955	43	4.2	42	68	18	126	33	22	18	25	1.96
602136--602206	19	3.5	19	68	17	52	30	22	19	26	1.98
602122--602235	43	2.7	43	95	0	201	35	22	16	25	1.95
602218--602316	19	4.7	20	77	17	94	30	16	26	27	1.96
602122--602292	43	4.0	42	87	4	173	33	20	20	25	1.97
602232--602316	24	3.8	24	78	15	108	28	16	25	29	1.97
602122--602292	86	2.0	86	81	6	204	33	20	20	25	1.97
602218--602332	43	2.7	43	93	4	191	31	15	26	26	1.96
602303--602333	16	1.9	16	93	0	53	41	12	29	16	1.85
602307--602537	127	1.8	127	96	0	426	35	18	21	24	1.95
602506--602661	43	3.9	43	68	19	136	32	23	16	26	1.96
602856--602926	19	3.5	19	71	17	61	30	22	19	26	1.98
602842--603473	43	15.0	44	73	14	314	31	19	21	27	1.97
602663--602908	119	2.1	116	83	8	297	33	19	22	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
602938--603047	19	5.7	19	69	21	77	29	17	26	27	1.97
602941--603016	38	2.0	38	100	0	152	23	18	26	31	1.97
603017--603047	16	1.9	16	93	0	53	35	16	29	19	1.93
602823--603297	261	1.8	262	95	2	871	32	19	20	27	1.97
603117--603187	19	3.5	19	70	17	52	32	21	19	26	1.97
603199--603306	19	5.2	19	75	20	108	30	14	25	28	1.95
603199--603298	24	4.6	23	76	17	99	30	15	27	28	1.96
603345--603475	38	3.3	38	79	14	156	27	19	24	29	1.98
603402--603472	19	3.7	19	73	14	74	28	16	28	26	1.97
603824--603854	16	1.9	16	100	0	62	32	16	32	19	1.94
604032--604213	28	6.5	28	96	3	332	37	24	11	25	1.89
608441--608582	75	1.9	74	89	10	223	34	11	31	21	1.90
608533--608563	16	1.9	16	100	0	62	32	16	32	19	1.94
608584--608665	43	1.9	43	85	5	112	35	25	15	23	1.94
608735--608854	28	4.3	28	95	4	208	38	25	10	25	1.88
608869--608950	41	2.0	41	92	0	137	40	18	14	26	1.89
609029--609076	16	2.8	17	81	12	62	33	16	29	20	1.95
609167--609267	28	3.6	28	93	5	177	36	25	11	25	1.90
609406--609485	29	2.8	29	88	1	117	25	10	28	36	1.88
609571--609637	19	3.3	19	81	18	89	31	23	19	25	1.98
609574--609718	73	2.0	71	90	2	227	27	26	15	30	1.96
609568--609703	24	5.9	23	72	17	113	29	25	16	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
609783--609952	43	4.2	42	70	18	135	25	18	22	32	1.97
610030--610105	19	3.7	19	79	16	89	26	27	15	30	1.96
610027--610091	24	2.9	24	80	15	86	30	26	15	27	1.96
610117--610187	19	3.5	19	71	17	61	26	19	22	30	1.98
610029--610201	43	4.0	43	87	4	217	25	20	20	33	1.97
610223--610342	28	4.3	29	94	5	212	25	10	25	38	1.88
610412--610493	43	1.9	43	85	5	112	23	15	25	35	1.94
610514--610544	16	1.9	16	100	0	62	19	32	16	32	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20

The End!