123.fas.2.7.7.80.10.50.500.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NC_037468
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  617195

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

This is table  1  of  20  ( 2376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13787--13946	37	4.3	37	100	0	320	25	25	26	23	2.00
14272--14326	28	2.0	28	92	0	92	25	9	27	38	1.86
14310--14489	95	1.9	98	84	6	251	27	22	17	32	1.96
14475--14675	43	4.8	43	77	8	216	25	17	22	34	1.95
14501--14571	19	3.5	19	67	23	54	26	19	21	32	1.97
14890--15042	43	3.8	42	65	19	101	26	15	22	34	1.94
15067--15118	19	2.7	19	87	0	77	25	32	13	28	1.93
15165--15312	28	5.3	28	98	1	280	25	10	25	38	1.88
15382--15463	43	1.9	43	89	0	128	24	14	24	36	1.93
15484--15514	16	1.9	16	100	0	62	19	32	16	32	1.94
15500--15584	24	3.8	24	78	15	108	29	25	17	27	1.98
15484--15598	24	5.7	19	74	21	83	26	26	17	29	1.97
15484--16143	43	15.7	43	69	15	248	26	21	19	32	1.97
15556--15714	76	2.0	78	86	8	225	27	20	20	30	1.98
15737--15801	19	3.2	19	76	19	76	29	24	13	32	1.94
15534--15940	203	2.0	203	96	0	744	27	19	20	33	1.96
15986--16016	16	1.9	16	93	0	53	19	29	16	35	1.93
16002--16086	24	3.8	24	78	15	108	29	25	16	28	1.97
15986--16100	19	5.7	19	74	21	92	26	26	16	30	1.97
15637--16215	203	2.7	211	79	11	521	26	20	19	32	1.97
16337--16489	43	3.8	42	67	19	110	26	16	22	34	1.95
16567--16850	19	13.7	19	68	20	126	29	23	16	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16564--16628	24	2.9	24	80	15	86	30	26	15	27	1.96
16564--16893	43	7.8	43	80	9	351	28	22	17	31	1.97
16751--16836	24	3.8	23	77	14	99	30	26	15	27	1.96
16862--16932	19	3.5	19	71	17	61	26	19	19	33	1.96
16566--17031	43	11.2	42	77	11	286	28	20	19	31	1.97
16837--16913	24	3.4	24	68	17	74	22	19	22	36	1.95
17040--17099	19	2.9	21	70	12	61	28	26	13	31	1.94
24586--24668	28	3.0	28	92	0	139	24	10	26	38	1.88
24652--24831	95	1.9	98	84	6	251	27	22	17	32	1.96
24814--25012	43	4.9	43	74	14	204	26	17	23	32	1.97
24843--24913	19	3.5	19	68	17	52	26	19	22	30	1.98
25059--25131	19	3.7	19	74	20	62	23	28	16	31	1.96
25208--25321	43	2.7	43	95	0	201	24	17	23	34	1.96
25237--25307	19	3.5	19	70	17	61	26	19	23	29	1.98
25255--25321	19	3.0	24	66	20	72	23	17	22	35	1.95
25505--25657	43	3.8	42	68	19	119	26	16	22	33	1.96
25735--25810	19	3.7	19	79	16	89	26	27	15	30	1.96
25732--25796	24	2.9	24	80	15	86	30	26	15	27	1.96
25732--25850	43	2.8	44	88	2	161	26	25	17	30	1.97
25488--26148	291	2.2	295	91	4	1075	26	20	20	32	1.97
25770--25926	76	2.0	78	86	8	221	27	20	21	30	1.98
25874--25970	43	2.3	41	85	3	122	23	16	21	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26034--26108	19	3.7	19	78	16	87	25	28	16	30	1.96
26034--26289	43	6.2	43	74	12	173	25	19	21	32	1.97
26120--26190	19	3.5	19	68	17	52	26	19	22	30	1.98
25732--26757	341	3.0	336	79	12	1172	26	21	19	33	1.97
25488--26270	298	2.6	294	85	8	870	26	20	20	32	1.97
26566--26662	43	2.3	43	87	3	135	23	16	20	39	1.92
26724--26895	43	4.2	43	68	18	134	26	18	21	34	1.96
26386--26896	255	2.0	255	95	0	925	25	18	20	34	1.96
26962--27041	41	2.0	41	89	0	124	27	13	18	40	1.89
27056--27179	28	4.3	29	85	14	184	25	12	24	37	1.90
27061--27179	60	2.0	61	93	5	206	25	12	23	38	1.90
27249--27330	43	1.9	43	89	0	128	24	14	24	36	1.93
27351--27381	16	1.9	16	100	0	62	19	32	16	32	1.94
27838--27920	20	3.8	20	74	22	85	34	12	24	28	1.91
27810--27919	48	2.3	48	95	0	193	32	11	24	30	1.91
27932--27981	19	2.6	19	87	0	73	26	28	16	30	1.96
27932--28095	43	3.7	44	73	15	124	25	25	17	31	1.97
28015--28171	76	2.0	78	90	6	246	27	19	21	31	1.98
28252--28297	24	1.9	24	100	0	92	32	21	19	26	1.97
28470--28566	43	2.3	43	83	3	126	24	15	20	39	1.91
28647--28799	43	3.8	42	68	19	119	26	16	22	33	1.96
28290--28800	255	2.0	255	97	0	968	25	19	20	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29115--30260	43	27.2	43	69	14	377	33	19	19	27	1.96
29136--29368	76	2.9	79	81	11	233	32	20	19	27	1.97
29253--29317	19	3.2	19	76	19	76	32	13	24	29	1.94
29340--29496	81	1.9	81	92	0	260	33	20	20	25	1.97
29554--29624	19	3.5	19	70	17	52	32	21	19	26	1.97
29636--29734	24	4.7	20	75	17	85	30	16	24	29	1.96
29650--29734	24	3.8	24	77	20	110	28	16	23	31	1.96
29720--29751	16	2.0	16	93	0	55	40	12	28	18	1.87
29978--30085	19	5.2	19	75	20	108	30	14	25	29	1.95
29978--30077	24	4.6	23	77	17	108	30	15	26	29	1.95
30186--30260	19	3.7	19	77	16	78	30	16	28	25	1.96
30204--30284	24	3.6	24	79	16	109	28	17	25	28	1.97
30296--30453	28	5.6	28	97	1	291	37	25	11	25	1.89
30611--30658	16	2.8	17	78	12	53	35	14	29	20	1.93
30520--30727	113	1.8	113	100	0	416	36	18	21	23	1.95
30749--30849	28	3.6	28	98	0	193	36	25	11	25	1.90
30872--30920	24	2.1	24	88	3	73	38	26	10	24	1.87
31180--31210	16	1.9	16	100	0	62	32	16	32	19	1.94
31229--31326	43	2.3	42	83	3	124	40	21	16	21	1.91
31382--31501	28	4.3	28	95	4	208	38	25	10	25	1.88
31516--31597	41	2.0	41	92	0	137	40	18	14	26	1.89
31795--32040	19	11.7	19	69	21	118	31	16	23	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31755--32586	43	19.7	42	75	11	455	31	18	22	28	1.97
31809--32063	24	11.8	23	69	23	153	30	16	22	30	1.96
32225--32295	19	3.5	19	71	17	61	30	22	19	26	1.98
32244--32320	24	3.4	24	68	17	74	36	22	19	22	1.95
32307--32414	19	5.2	19	75	20	108	30	14	25	28	1.95
32307--32406	24	4.6	23	76	17	99	30	15	27	28	1.96
32510--32585	19	3.7	19	79	16	89	30	15	28	25	1.96
32663--32818	43	3.9	43	68	19	136	32	23	16	26	1.96
33013--33083	19	3.5	19	71	17	61	30	22	19	26	1.98
32999--33126	43	3.0	43	93	2	204	35	21	18	24	1.96
32820--33065	119	2.1	116	83	8	297	33	19	22	25	1.97
33095--33188	19	4.7	20	73	16	79	28	17	26	27	1.97
33098--33175	38	2.1	38	100	0	156	23	17	28	30	1.97
33175--33205	16	1.9	16	93	0	53	41	12	29	16	1.85
33251--33420	43	4.2	42	68	18	126	32	22	18	25	1.97
33484--33580	43	2.3	43	87	3	135	39	20	16	23	1.92
33604--33765	43	3.8	43	94	3	265	27	16	25	30	1.96
33621--33765	19	6.7	22	71	20	110	28	15	26	29	1.96
33641--33762	19	5.9	19	77	17	127	28	15	27	28	1.96
33840--34009	43	4.2	42	67	18	117	33	22	17	25	1.96
33273--34009	334	2.2	339	85	6	1037	32	20	20	27	1.97
33978--34171	99	2.0	99	84	7	254	34	19	21	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34087--34132	24	1.9	24	100	0	92	26	19	21	32	1.97
34140--34242	28	3.7	28	92	6	165	37	23	10	28	1.88
36054--36128	30	2.5	31	87	6	102	29	20	33	17	1.95
38378--38460	28	3.0	28	92	0	139	24	10	26	38	1.88
38444--38623	95	1.9	98	84	6	251	27	22	17	32	1.96
38606--38804	43	4.9	43	73	14	186	26	17	23	33	1.96
38635--38705	19	3.5	19	68	17	52	26	19	22	30	1.98
43075--43202	43	3.0	43	91	2	195	35	21	19	23	1.96
43075--43184	19	5.0	24	64	20	78	36	22	18	22	1.95
43307--43337	16	1.9	16	93	0	53	35	16	29	19	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20