123.fas.2.7.7.80.10.50.500.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NC_037468
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  617195

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
245866--245950	24	3.8	23	80	15	106	28	16	24	30	1.96
245725--245950	43	5.3	43	79	8	214	31	18	22	27	1.97
245962--246138	28	6.3	28	98	1	322	38	24	10	25	1.88
246143--246230	32	2.9	32	80	15	107	39	17	10	32	1.83
246272--246302	16	1.9	16	93	0	53	35	16	29	19	1.93
246442--246611	43	4.2	42	67	18	117	32	22	17	26	1.96
246759--246876	19	5.7	19	75	18	101	29	16	26	27	1.97
246773--246858	24	3.8	24	79	14	119	26	17	25	30	1.97
246674--246880	43	4.9	43	85	5	208	32	18	22	26	1.97
247023--247434	76	5.0	78	70	20	277	32	21	20	26	1.97
247001--247156	43	3.9	43	69	19	145	32	24	16	26	1.96
247394--247468	19	3.7	19	78	16	87	30	16	26	26	1.96
247234--247468	43	5.7	42	75	14	206	32	20	20	26	1.97
247408--247481	24	3.3	24	76	18	95	27	17	22	32	1.97
247354--247481	43	3.0	43	89	2	177	28	19	23	28	1.98
247500--247564	28	2.3	28	100	0	130	38	24	10	26	1.88
247613--247667	24	2.6	20	77	22	67	29	14	27	29	1.95
247624--247669	24	2.0	23	95	4	83	26	17	21	34	1.95
247721--247800	41	2.0	41	89	0	124	40	18	11	30	1.86
247822--247916	19	4.7	19	78	16	111	29	16	25	28	1.97
247798--247915	62	1.9	62	89	3	184	30	16	23	29	1.96
247834--247919	43	2.0	42	88	6	129	27	16	23	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
248053--248101	16	2.8	17	90	9	73	30	16	30	22	1.96
248122--248203	43	1.9	43	89	0	128	36	24	14	24	1.93
248273--248424	28	5.4	28	87	5	191	38	22	11	27	1.88
248437--248506	26	2.7	26	95	0	131	40	21	7	31	1.80
260262--260308	16	2.8	16	83	9	58	31	17	27	23	1.96
260376--260529	43	3.8	43	68	20	134	33	22	19	24	1.97
260593--260784	43	4.7	43	71	17	151	34	21	19	25	1.96
260376--260869	255	1.9	255	99	0	970	34	20	20	24	1.97
260862--260946	24	3.8	23	89	9	124	25	17	24	31	1.97
260862--260950	43	2.0	45	89	10	137	25	17	23	32	1.97
260847--260947	24	4.8	20	82	15	98	27	17	25	28	1.98
261013--261088	20	3.4	20	71	25	71	28	25	11	34	1.91
264828--264858	5	6.2	5	92	0	53	22	22	35	19	1.96
268545--268607	32	2.0	32	87	12	94	28	14	23	33	1.94
268689--268828	28	5.0	28	94	1	228	25	10	24	40	1.86
268836--268881	24	1.9	24	100	0	92	32	21	19	26	1.97
268864--268933	19	3.7	19	72	14	72	27	27	17	28	1.97
268855--268990	38	3.4	38	80	13	166	30	22	21	25	1.99
268900--269093	43	4.8	42	73	15	167	25	20	20	34	1.97
268864--268973	19	5.5	19	67	18	53	26	25	20	28	1.99
268864--269049	76	2.4	76	90	4	273	26	22	20	30	1.98
269157--269326	43	4.2	42	67	18	117	25	18	22	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
269437--269467	16	1.9	16	93	0	53	19	29	16	35	1.93
269453--269537	24	3.8	24	80	15	117	30	24	16	28	1.96
269437--269551	19	5.7	19	74	21	92	26	26	16	30	1.97
269437--269551	43	2.7	43	96	4	209	26	26	16	30	1.97
269437--269647	43	5.0	43	90	4	202	26	21	20	32	1.98
269563--269633	19	3.5	19	70	17	61	26	19	23	29	1.98
269831--269988	43	3.8	42	69	11	128	26	16	22	34	1.95
270066--270141	19	3.7	19	79	16	89	25	28	15	30	1.96
270065--270279	43	5.2	42	71	15	146	26	20	20	32	1.97
270099--270257	76	2.0	78	86	6	223	27	20	21	30	1.98
270229--270429	64	3.1	62	83	7	233	27	15	23	33	1.95
270474--270593	28	4.3	29	94	5	212	25	10	25	38	1.88
270663--270744	43	1.9	43	87	0	119	23	15	24	36	1.94
270765--270795	16	1.9	16	100	0	62	19	32	16	32	1.94
270746--270887	75	1.9	77	91	7	236	22	30	11	34	1.90
270840--270884	19	2.4	19	88	0	63	24	28	17	28	1.97
271090--271190	28	3.6	28	93	5	177	25	11	25	36	1.90
271212--271330	24	5.4	24	70	25	118	34	23	14	27	1.94
271232--271347	19	5.6	19	71	25	92	33	23	13	29	1.93
271212--271387	86	2.0	86	88	6	259	32	22	14	29	1.94
271212--271364	43	3.6	43	95	3	265	33	23	15	27	1.94
271453--271500	16	2.8	16	84	9	60	20	29	16	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
271373--271599	113	2.0	113	97	0	427	25	21	18	35	1.95
271566--271596	16	1.9	16	93	0	53	19	29	16	35	1.93
271566--271690	43	3.0	43	83	8	134	24	21	20	32	1.98
271762--271836	19	3.7	19	78	16	87	26	26	16	30	1.96
271737--272039	43	7.3	43	74	12	242	27	22	18	31	1.97
271734--271822	24	3.9	24	80	14	116	30	25	16	26	1.97
271762--271952	76	2.4	78	84	8	233	26	21	19	31	1.98
271975--272039	19	3.2	19	76	19	76	29	24	13	32	1.94
271900--272177	43	6.7	43	73	12	242	26	17	20	34	1.95
271772--272178	203	2.0	203	98	0	787	27	19	20	33	1.96
271943--272478	76	6.7	76	73	13	339	27	18	22	31	1.97
272293--272362	19	3.7	19	72	14	72	27	27	17	28	1.97
272284--272359	38	2.0	38	97	0	143	31	25	19	23	1.98
272345--272522	43	4.4	41	71	17	149	26	17	21	34	1.96
272586--272755	43	4.2	43	68	18	139	26	18	21	33	1.96
272705--272839	64	2.1	64	88	2	200	28	16	20	34	1.94
272897--273016	28	4.3	29	94	5	212	25	10	25	38	1.88
273086--273169	43	2.0	43	87	0	123	22	15	22	39	1.92
273188--273218	16	1.9	16	100	0	62	19	32	16	32	1.94
273134--273362	73	3.2	70	76	14	273	20	26	15	37	1.92
273550--273580	16	1.9	16	100	0	62	32	16	32	19	1.94
273599--273696	43	2.3	42	83	3	124	40	21	16	21	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
273752--273871	28	4.3	28	95	4	208	38	25	10	25	1.88
273929--274063	64	2.1	64	88	2	200	34	20	16	28	1.94
274013--274439	43	10.2	42	64	20	166	34	21	19	25	1.96
274035--274475	76	5.4	78	72	15	329	32	20	20	26	1.97
274406--274475	19	3.7	19	72	14	72	28	17	27	27	1.97
274409--274484	38	2.0	38	97	0	143	23	19	25	31	1.98
274575--274640	21	3.2	21	64	23	59	28	25	10	34	1.89
274631--274800	43	4.2	42	67	18	126	34	21	18	25	1.96
274652--275044	76	4.8	78	69	17	260	34	20	19	25	1.96
274864--275055	43	4.7	43	69	17	142	34	20	19	25	1.96
274630--275140	255	2.0	255	99	0	1004	34	20	19	25	1.96
275024--275217	99	2.0	99	85	7	263	33	19	21	25	1.97
275133--275178	24	1.9	24	100	0	92	26	19	21	32	1.97
275186--275288	28	3.7	28	100	0	206	37	25	10	26	1.88
278663--278790	43	3.0	43	90	2	186	35	21	18	24	1.95
278677--278747	19	3.5	19	70	17	52	32	21	19	26	1.97
278759--278868	19	5.7	19	69	21	77	29	17	27	26	1.97
278762--278839	38	2.1	38	100	0	156	23	17	28	30	1.97
278915--279774	43	20.2	42	70	15	346	33	19	20	26	1.96
278924--278990	19	3.0	24	67	26	65	38	19	16	25	1.92
279020--279084	19	3.2	19	76	19	76	32	13	24	29	1.94
278914--279245	170	2.0	170	87	2	479	33	19	19	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
279147--279221	19	3.7	19	78	16	87	30	16	28	25	1.96
279161--279249	24	3.9	24	75	14	107	26	17	24	30	1.98
279280--279310	16	1.9	16	93	0	53	35	16	29	19	1.93
279378--279610	76	2.9	80	81	10	244	33	19	19	27	1.96
279495--279559	19	3.2	19	76	19	76	32	13	24	29	1.94
279582--279740	76	2.0	79	89	6	243	31	21	20	27	1.98
279356--279762	203	2.0	203	97	0	760	33	20	18	27	1.96
279698--279773	19	3.7	19	79	16	89	30	15	28	25	1.96
279712--279912	24	8.8	24	72	19	160	28	16	25	28	1.97
279455--279781	119	2.6	122	80	9	326	32	19	20	27	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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