123.fas.2.7.7.80.10.50.500.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NC_037468
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  617195

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65871--65934	24	3.0	21	78	19	78	28	17	23	31	1.97
65852--65933	43	1.9	43	89	0	128	29	17	25	28	1.97
65943--66117	43	4.2	42	69	14	137	34	21	17	26	1.96
65592--66202	326	1.9	328	97	1	1163	34	19	19	26	1.96
66181--66376	43	4.7	42	75	14	201	36	19	18	25	1.95
66225--66414	80	2.3	80	91	2	301	32	20	21	26	1.97
66345--66414	19	3.7	19	72	14	72	28	17	27	27	1.97
66270--66423	38	3.9	38	74	15	152	29	20	20	29	1.98
66397--66442	24	1.9	24	100	0	92	26	19	21	32	1.97
66450--66542	28	3.3	28	100	0	186	38	24	10	25	1.88
66736--66905	43	4.2	42	67	18	117	33	22	18	25	1.96
67013--67169	76	2.0	79	86	6	221	31	21	19	28	1.97
66969--67205	43	5.8	43	73	13	142	33	19	20	26	1.97
67129--67204	19	3.7	19	79	16	89	30	15	27	26	1.96
67143--67227	24	3.8	24	81	15	126	27	16	25	30	1.97
67129--67227	43	2.3	43	98	0	189	29	16	26	28	1.97
67239--67331	28	3.3	28	94	5	170	38	24	10	25	1.88
67649--67679	16	1.9	16	100	0	62	32	16	32	19	1.94
67698--67795	43	2.3	42	85	3	133	40	21	15	22	1.90
67851--67970	28	4.3	28	95	4	224	38	25	10	25	1.88
68005--68160	19	7.6	19	78	9	116	28	17	25	28	1.98
68055--68124	24	2.9	24	100	0	140	25	20	21	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68172--68357	28	7.0	28	77	15	171	36	24	11	27	1.90
68172--68351	54	3.4	56	76	19	199	34	25	11	28	1.91
68387--68434	16	2.8	17	81	12	62	33	16	29	20	1.95
68481--68693	43	5.2	43	74	14	207	33	22	17	25	1.96
68580--68650	19	3.5	19	71	17	61	30	22	19	26	1.98
68599--68675	24	3.4	24	65	17	65	35	23	19	22	1.96
68825--68879	28	2.0	28	92	0	92	38	27	9	25	1.86
68857--68896	21	1.9	21	94	0	71	35	32	5	27	1.79
77148--77268	28	4.3	28	97	2	226	25	10	24	38	1.88
77276--77321	24	1.9	24	100	0	92	32	21	19	26	1.97
77416--77568	43	3.8	42	68	19	119	26	16	22	33	1.96
77646--77721	19	3.7	19	75	16	80	26	26	17	30	1.97
77645--77881	43	5.8	42	73	13	183	26	20	20	32	1.97
77962--78114	43	3.8	42	68	19	119	26	16	22	33	1.96
77434--78047	291	2.1	284	84	8	713	26	19	21	32	1.97
78122--78202	19	4.0	19	77	14	72	29	24	16	29	1.96
78128--78264	43	3.2	43	79	6	152	28	22	19	29	1.98
78147--78326	81	2.2	83	89	5	274	26	20	20	32	1.97
78169--78345	43	4.2	42	72	11	157	25	18	22	33	1.96
77945--78366	231	1.8	226	96	2	790	27	18	21	32	1.97
78392--78460	19	3.9	17	74	10	59	23	30	13	33	1.92
83936--83984	24	2.1	23	88	3	71	24	10	26	38	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84007--84107	28	3.6	28	93	5	177	25	11	25	36	1.90
84091--84270	95	1.9	98	84	6	251	27	22	17	32	1.96
84253--84451	43	4.9	43	75	14	204	26	17	24	32	1.96
84282--84352	19	3.5	19	70	17	61	26	19	23	29	1.98
84498--84528	16	1.9	16	93	0	53	19	29	16	35	1.93
84498--84622	43	3.0	43	85	8	143	24	21	20	33	1.97
84354--84684	180	1.9	168	82	11	391	26	20	19	33	1.96
85036--85106	19	3.7	19	73	14	74	26	28	16	28	1.97
85033--85163	38	3.3	38	79	14	156	29	24	19	27	1.98
84789--85358	286	2.0	290	91	4	929	26	20	20	32	1.97
85073--85266	43	4.8	42	72	15	158	25	20	20	34	1.96
85035--85222	76	2.4	78	86	6	265	26	22	20	30	1.98
85330--85499	43	4.2	42	70	18	135	25	18	22	32	1.97
85638--85767	28	4.6	28	97	1	235	25	11	25	37	1.89
85779--85863	24	3.8	24	78	15	108	29	25	17	27	1.98
85803--85877	19	3.7	19	78	16	87	25	28	16	30	1.96
85779--85917	43	3.2	43	87	2	172	26	25	18	29	1.98
85803--85993	76	2.4	78	84	8	233	26	22	19	31	1.98
85941--86037	43	2.3	41	87	3	131	23	16	20	39	1.92
86101--86270	43	4.2	42	70	18	135	25	18	22	32	1.97
86278--86401	19	6.0	19	73	17	86	29	24	16	29	1.97
86280--86387	24	4.9	24	78	17	110	31	23	17	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86284--86695	43	9.7	43	77	9	366	28	21	18	32	1.97
86327--86695	86	4.4	85	82	5	480	27	21	18	32	1.96
86502--86566	19	3.2	19	76	19	76	29	24	13	32	1.94
86728--86803	19	3.7	19	75	16	71	25	27	17	30	1.97
86883--87035	43	3.8	43	67	19	121	26	16	23	33	1.95
87113--87183	19	3.7	19	73	14	74	26	28	16	28	1.97
87110--87240	38	3.3	38	80	14	165	29	24	19	26	1.99
86866--87435	286	2.0	290	91	4	929	26	20	20	32	1.97
87150--87343	43	4.8	42	73	15	167	25	20	20	34	1.97
87112--87299	76	2.4	76	90	4	277	26	22	20	30	1.98
87113--87223	19	5.6	19	67	17	55	26	26	19	27	1.99
87424--87581	43	3.8	43	71	17	152	26	17	22	34	1.95
87407--87559	81	1.9	81	94	0	270	26	20	20	32	1.97
87777--87982	113	1.8	113	94	2	369	27	22	18	31	1.97
87965--88134	43	4.2	42	67	18	117	26	17	22	33	1.96
88212--88287	19	3.7	19	79	16	89	26	27	15	30	1.96
88209--88273	24	2.9	24	80	15	86	30	26	15	27	1.96
88211--88468	43	6.2	42	75	12	187	26	19	20	33	1.97
88299--88369	19	3.5	19	67	23	54	26	19	21	32	1.97
88579--88624	16	2.7	16	83	10	56	19	32	17	30	1.95
88636--88762	28	4.6	28	82	12	156	28	11	25	35	1.90
88835--88865	16	1.9	16	100	0	62	19	32	16	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88835--88926	19	4.7	19	75	16	73	26	27	16	30	1.97
88849--88911	24	2.9	22	79	11	69	31	23	17	26	1.97
88989--89163	43	4.2	43	70	16	134	25	17	21	34	1.95
88989--89141	81	1.9	81	93	0	261	25	19	20	33	1.96
89241--89316	19	3.7	19	79	16	89	25	28	15	30	1.96
89240--89454	43	5.2	42	73	15	164	26	20	21	32	1.98
89274--89432	76	2.0	78	89	6	241	27	20	22	30	1.98
89551--89748	28	7.4	28	76	20	185	28	11	23	36	1.89
89625--89748	54	2.3	55	88	8	182	28	11	24	36	1.90
89669--89758	28	3.2	28	90	0	126	27	12	23	36	1.90
89920--90015	19	4.9	19	80	15	99	29	26	16	28	1.97
89934--89996	24	2.9	22	88	11	87	31	23	19	25	1.98
89935--90016	43	1.9	43	89	0	128	31	24	17	26	1.97
90042--90161	28	4.3	28	100	0	240	25	10	25	38	1.88
90231--90314	43	2.0	43	90	0	132	23	14	22	39	1.91
90333--90363	16	1.9	16	100	0	62	19	32	16	32	1.94
90408--90485	19	3.8	19	79	15	84	26	26	17	28	1.98
89936--90912	472	2.1	472	99	0	1927	25	19	19	35	1.95
90514--90633	28	4.3	28	100	0	240	25	10	25	38	1.88
90703--90786	43	2.0	43	90	0	132	23	14	22	39	1.91
90805--90835	16	1.9	16	100	0	62	19	32	16	32	1.94
91163--91193	16	1.9	16	100	0	62	32	16	32	19	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91212--91309	43	2.3	42	85	3	133	40	21	15	22	1.90
91365--91484	28	4.3	28	100	0	240	38	25	10	25	1.88
94627--94717	32	2.5	37	75	23	104	36	19	15	28	1.92
95094--95471	43	9.2	42	71	13	189	31	20	20	27	1.97
95232--95472	19	11.7	19	67	22	87	30	17	23	28	1.97
95192--95473	43	6.7	42	75	11	231	30	19	22	27	1.98
95232--95475	43	5.8	43	76	13	249	30	17	22	28	1.97
95550--95705	43	3.9	43	69	19	145	32	24	16	26	1.96
95800--95878	19	3.8	20	80	10	79	27	20	26	25	1.99
95799--95878	24	3.8	20	80	9	90	27	20	26	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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