123.fas.2.7.7.80.10.50.500.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NC_037468
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  617195

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
279020--279888	43	20.3	42	69	18	323	32	18	21	27	1.97
279979--280060	20	3.7	20	74	22	83	29	24	12	34	1.91
279999--280091	28	3.6	27	72	21	92	32	25	11	30	1.92
279977--280088	48	2.3	48	95	0	197	32	24	11	32	1.91
280232--280387	43	3.9	43	66	19	127	32	23	16	26	1.96
280254--280665	76	5.0	78	70	18	291	33	21	19	26	1.97
280465--280699	43	5.7	43	73	14	151	33	20	20	26	1.96
280639--280742	24	4.8	22	76	17	103	26	16	25	30	1.97
280625--280743	43	2.8	43	93	0	193	28	16	26	28	1.97
280625--280744	19	5.8	20	74	18	102	28	16	25	29	1.97
280706--280758	19	3.1	17	84	12	72	28	15	30	26	1.96
280831--280957	28	4.6	27	79	14	118	34	25	11	29	1.90
281012--281399	43	9.2	42	74	9	324	34	20	18	26	1.96
281034--281270	81	2.9	81	84	5	255	32	19	19	27	1.96
281155--281219	19	3.2	19	76	19	76	32	13	24	29	1.94
281368--281480	19	5.7	19	71	17	77	28	17	24	29	1.97
281011--281427	208	2.0	205	92	4	703	33	20	18	27	1.96
281371--281446	38	2.0	38	97	0	143	23	19	25	31	1.98
281420--281484	24	2.9	24	78	19	86	27	18	21	32	1.97
281155--281484	43	7.8	43	76	10	261	32	19	20	28	1.97
281445--281589	64	2.3	64	81	0	191	32	18	18	30	1.95
281445--281608	64	2.6	63	79	3	184	32	18	18	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
281677--281922	119	2.1	116	83	8	297	33	19	22	24	1.97
281856--282203	43	8.0	43	66	16	155	33	19	20	26	1.96
281950--281980	16	1.9	16	93	0	53	35	16	29	19	1.93
282049--282210	81	2.0	81	90	0	252	31	19	19	29	1.97
282238--282310	28	2.6	28	97	0	137	35	26	12	26	1.91
287132--287162	16	1.9	16	100	0	62	32	16	32	19	1.94
287183--287264	43	1.9	43	85	5	112	35	25	15	23	1.94
287334--287582	28	8.6	28	75	10	184	38	24	11	25	1.89
287334--287582	56	4.3	56	70	20	208	38	24	11	25	1.89
287482--287582	28	3.6	28	98	0	193	36	25	11	25	1.90
287731--288113	43	9.2	42	74	11	216	32	19	19	28	1.96
287869--288113	19	11.7	19	67	22	91	32	16	21	29	1.96
287883--288156	24	12.8	23	66	23	118	30	16	21	30	1.96
287869--288157	43	6.8	43	79	7	311	31	16	22	29	1.96
288039--288158	19	5.8	20	74	18	102	28	16	25	29	1.97
288120--288172	19	3.1	17	84	12	72	28	15	30	26	1.96
288245--288371	28	4.6	28	82	12	147	35	24	11	29	1.90
288303--288388	28	3.1	28	78	9	70	38	25	10	25	1.88
288426--288803	43	9.2	42	70	13	162	32	19	19	28	1.96
288564--288628	19	3.2	19	76	19	76	32	13	24	29	1.94
288729--288862	19	6.7	19	75	18	103	29	17	26	26	1.97
288743--288827	24	3.8	24	80	15	117	27	17	24	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
288564--288847	43	6.8	43	75	11	257	30	17	21	29	1.97
288813--288862	16	2.9	16	82	11	64	32	16	30	22	1.95
289115--289187	28	2.6	28	97	0	137	35	26	12	26	1.91
293777--293933	76	2.0	78	85	6	210	28	19	20	31	1.97
293999--294083	24	3.8	24	78	15	108	29	25	17	27	1.98
294023--294097	19	3.7	19	78	16	87	25	28	16	30	1.96
293999--294137	43	3.2	43	88	2	181	26	25	19	28	1.99
294023--294213	76	2.4	78	86	8	242	26	22	20	30	1.98
294161--294257	43	2.3	41	87	3	131	23	16	20	39	1.92
294335--294490	43	3.9	43	69	19	145	26	16	24	32	1.96
294612--294713	28	3.6	28	96	2	179	25	11	25	37	1.90
294721--294830	24	4.9	24	76	17	110	29	24	18	28	1.98
294770--294844	19	3.7	19	78	16	87	25	28	16	30	1.96
294770--294960	76	2.4	78	83	8	224	25	23	19	31	1.98
294983--295047	19	3.2	19	76	19	76	29	24	13	32	1.94
294770--295185	43	10.2	42	70	13	255	26	19	20	32	1.97
294780--295186	203	2.0	203	96	0	753	27	19	20	33	1.97
295296--295341	16	2.7	16	83	10	56	21	30	17	30	1.96
295353--295535	28	6.6	28	85	10	243	27	10	24	36	1.89
295605--295688	43	2.0	43	87	0	123	22	15	22	39	1.92
295707--295737	16	1.9	16	100	0	62	19	32	16	32	1.94
295688--295816	69	1.9	69	100	0	258	23	28	13	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
295776--295825	16	2.9	16	81	16	64	24	32	14	30	1.94
295776--295909	19	6.7	19	73	17	94	27	26	16	29	1.97
295790--295895	24	4.9	23	78	16	102	31	25	16	26	1.97
295791--295909	43	2.8	43	93	0	193	28	26	16	28	1.97
295835--296173	43	8.2	43	70	15	198	26	19	21	32	1.97
295979--296035	19	3.0	19	86	0	78	28	24	15	31	1.96
296475--296895	43	10.2	42	72	11	264	33	20	19	27	1.97
296496--296728	76	2.9	80	82	11	253	32	20	19	27	1.97
296613--296677	19	3.2	19	76	19	76	32	13	24	29	1.94
296821--296895	19	3.7	19	78	16	87	30	16	28	25	1.96
296613--297504	43	20.7	43	68	17	335	32	17	21	27	1.96
296835--296923	24	3.9	24	75	14	107	26	17	24	30	1.98
297338--297412	19	3.7	19	78	16	87	30	16	26	26	1.96
297352--297436	24	3.8	24	80	15	117	27	17	24	30	1.97
297455--297505	19	2.7	20	84	9	79	29	17	25	27	1.98
297516--297598	20	3.8	20	74	22	85	28	24	12	34	1.91
297537--297629	28	3.6	27	72	21	92	32	25	11	30	1.92
297517--297626	48	2.3	48	95	0	193	30	24	11	32	1.91
298055--298085	16	1.9	16	100	0	62	32	16	32	19	1.94
298104--298201	43	2.3	42	83	3	124	40	21	16	21	1.91
298257--298376	28	4.3	28	95	4	208	38	25	10	25	1.88
298398--298525	43	3.0	43	89	2	177	35	21	17	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
298431--298507	24	3.4	24	68	17	74	36	22	19	22	1.95
298494--298569	19	3.7	19	79	16	89	30	15	28	25	1.96
298400--298572	43	4.0	44	86	5	176	33	19	20	26	1.96
298647--298816	43	4.2	42	67	18	117	34	22	17	25	1.96
298799--299048	119	2.2	113	90	5	385	32	18	24	25	1.97
298993--299064	19	3.7	19	72	22	60	31	16	27	23	1.96
299165--299195	16	1.9	16	93	0	53	35	16	29	19	1.93
299242--299464	43	5.2	43	80	5	245	35	20	17	26	1.95
299357--299421	19	3.2	19	67	26	51	33	20	18	27	1.96
299596--299669	28	2.6	28	100	0	148	36	25	10	27	1.89
301770--301800	16	1.9	16	100	0	62	32	16	32	19	1.94
301819--301916	43	2.3	42	82	7	117	39	22	16	21	1.92
301972--302091	28	4.3	28	95	4	208	38	25	10	25	1.88
302127--302197	19	3.5	19	71	17	61	30	22	19	26	1.98
302113--302242	43	3.0	43	89	2	199	35	21	20	23	1.96
302113--302179	19	3.0	24	70	20	81	37	20	17	23	1.94
302209--302279	19	3.7	19	73	14	74	28	16	28	26	1.97
302357--302526	43	4.2	42	67	18	117	33	22	17	25	1.96
302495--302688	99	2.0	99	84	7	254	34	19	21	25	1.96
302604--302649	24	1.9	24	100	0	92	26	19	21	32	1.97
302657--302839	28	6.5	28	96	3	318	38	24	11	25	1.89
302798--302894	48	2.0	48	87	0	140	32	23	14	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
303998--304072	31	2.4	31	93	0	123	25	14	45	14	1.83
311028--311092	22	3.1	22	71	13	73	30	12	26	30	1.92
311120--311167	16	2.8	17	81	12	62	33	16	29	20	1.95
311300--311713	76	5.0	78	71	19	306	32	21	20	26	1.97
311278--311433	43	3.9	43	69	19	145	32	24	16	26	1.96
311511--311745	43	5.7	42	74	14	170	33	20	20	25	1.97
311671--311804	19	6.7	19	76	18	112	29	17	26	26	1.97
311689--311769	24	3.6	24	79	16	109	28	17	28	25	1.97
311671--311789	43	2.8	43	94	0	202	29	17	26	26	1.98
311774--311804	16	1.9	16	93	0	53	35	16	29	19	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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