123.fas.2.7.7.80.10.50.500.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NC_037468
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  617195

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
196675--196793	43	2.8	44	88	2	161	26	26	17	30	1.97
196711--196869	76	2.0	78	86	8	225	27	21	21	30	1.98
196817--196913	43	2.3	41	85	3	122	23	16	21	38	1.93
196977--197146	43	4.2	42	70	18	135	25	18	22	32	1.97
196466--197079	291	2.1	284	85	8	749	26	20	21	31	1.97
197193--197223	16	1.9	16	93	0	53	19	29	16	35	1.93
197193--197317	43	3.0	43	82	8	125	24	21	20	33	1.97
197484--197658	43	4.2	43	70	16	134	26	17	21	34	1.96
197484--197885	81	4.9	82	70	13	299	26	18	21	33	1.97
197735--197906	43	4.2	42	69	18	121	25	18	22	33	1.96
197984--198267	19	13.7	19	69	20	135	29	23	16	30	1.97
197981--198045	24	2.9	24	80	15	86	30	26	15	27	1.96
196718--198016	248	5.1	248	71	18	1025	26	20	20	33	1.97
197981--198267	43	6.8	43	82	10	369	29	23	16	30	1.96
198168--198253	24	3.8	23	80	14	108	31	25	15	27	1.95
198164--198448	43	6.9	43	74	12	186	27	19	20	31	1.97
198279--198349	19	3.5	19	68	17	52	26	19	22	30	1.98
203199--203239	16	2.3	18	80	20	59	29	19	29	21	1.98
203209--203239	16	1.9	16	100	0	62	32	16	32	19	1.94
203258--203355	43	2.3	42	85	3	133	40	21	15	22	1.90
203411--203483	28	2.6	28	93	4	121	35	26	12	26	1.91
203605--203774	43	4.2	42	70	18	144	32	22	18	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
203627--204067	76	5.4	78	71	19	319	32	20	21	26	1.98
203941--204076	38	3.4	38	79	13	157	26	20	22	30	1.98
203998--204067	19	3.7	19	72	14	72	28	17	27	27	1.97
203838--204067	43	5.8	41	72	16	166	32	20	20	26	1.97
204050--204095	24	1.9	24	100	0	92	26	19	21	32	1.97
204080--204138	28	2.0	28	83	6	73	33	11	32	22	1.90
204126--204156	16	1.9	16	100	0	62	32	16	32	19	1.94
204184--204249	19	3.4	19	79	4	87	28	19	27	24	1.99
204261--204443	28	6.6	28	87	7	218	36	24	10	27	1.89
204375--204460	28	3.1	28	78	9	70	38	25	10	25	1.88
204455--204500	16	2.6	17	80	13	58	30	17	30	21	1.96
204569--204725	76	2.0	79	90	6	248	32	21	19	27	1.97
204685--204759	19	3.7	19	73	16	69	33	13	25	28	1.93
204547--204718	43	4.2	42	69	18	130	34	21	18	25	1.96
204725--204765	19	2.2	19	86	0	55	31	9	26	31	1.89
204789--205202	43	9.9	43	77	11	335	31	17	21	29	1.96
204858--204934	24	3.4	24	68	17	74	36	22	19	22	1.95
204921--205028	19	5.2	19	75	20	108	30	14	25	29	1.95
204921--205020	24	4.6	23	77	17	108	30	15	26	29	1.95
205124--205199	19	3.7	19	79	16	89	30	15	28	25	1.96
205277--205446	43	4.2	42	70	18	135	32	22	18	25	1.97
205613--205740	43	3.0	43	90	2	186	35	21	18	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
205627--205697	19	3.5	19	70	17	52	32	21	19	26	1.97
205613--205783	86	2.0	86	82	6	213	33	19	20	25	1.96
205709--205823	24	5.7	19	73	22	92	30	16	26	26	1.97
205723--205807	24	3.8	24	80	15	117	28	16	24	30	1.96
205666--205823	43	3.7	43	89	5	209	32	18	23	25	1.97
205793--205823	16	1.9	16	93	0	53	35	16	29	19	1.93
205870--206039	43	4.2	42	67	18	117	33	22	18	25	1.96
205892--206332	76	5.4	78	70	16	295	32	20	20	26	1.97
206103--206294	43	4.7	43	69	17	142	34	20	19	25	1.96
206206--206336	38	3.3	38	79	14	156	27	19	24	29	1.98
206263--206333	19	3.7	19	73	14	74	28	16	28	26	1.97
206411--206566	43	3.9	43	65	19	118	33	23	16	26	1.95
206747--207302	43	13.0	43	71	14	244	33	19	20	26	1.96
206761--206831	19	3.5	19	68	17	52	30	22	19	26	1.98
206843--206957	24	5.7	19	73	22	92	30	16	26	26	1.97
206857--206941	24	3.8	24	80	15	117	28	16	24	30	1.96
206927--206957	16	1.9	16	93	0	53	35	16	29	19	1.93
207102--207333	127	1.8	127	96	1	430	32	18	21	27	1.97
207283--207367	24	3.8	24	78	15	108	27	17	25	29	1.98
206843--207386	43	12.7	43	72	14	297	32	18	21	27	1.97
207285--207390	24	4.9	22	76	18	98	28	16	24	30	1.97
207250--207526	150	1.8	150	86	3	396	31	19	21	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
207102--207710	320	1.9	320	88	2	918	31	18	21	28	1.97
207476--207730	24	11.8	23	67	23	126	30	17	21	29	1.97
207419--207706	86	3.4	85	85	2	416	32	18	21	27	1.97
207419--207730	43	7.3	43	81	8	343	31	18	21	28	1.97
207742--207899	28	5.6	28	94	4	275	37	25	11	25	1.89
207946--208051	55	1.9	55	86	7	153	31	21	16	31	1.95
209892--209997	55	1.9	55	86	7	153	31	16	21	31	1.95
210132--210306	43	4.2	42	73	14	164	33	22	18	25	1.96
210154--210572	81	5.0	81	70	19	324	32	20	20	26	1.97
210370--210606	43	5.8	43	73	13	142	33	19	21	26	1.97
210414--210572	76	2.0	79	86	6	225	30	20	20	27	1.98
210530--210605	19	3.7	19	79	16	89	30	15	28	25	1.96
210683--210852	43	4.2	42	68	18	126	33	22	18	25	1.96
210275--211549	291	4.3	292	72	14	1009	33	20	20	26	1.97
211033--211103	19	3.5	19	71	17	61	30	22	19	26	1.98
211019--211493	43	11.0	43	75	12	293	33	20	20	25	1.97
210840--211085	119	2.1	116	83	8	297	33	19	22	25	1.97
211115--211229	24	5.7	19	73	22	92	30	16	26	26	1.97
211115--211213	24	4.6	23	77	17	106	30	16	26	27	1.96
211199--211229	16	1.9	16	93	0	53	35	16	29	19	1.93
211380--211450	19	3.5	19	71	17	61	30	22	19	26	1.98
211399--211475	24	3.4	24	67	17	65	36	22	20	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
211298--211450	81	1.9	81	91	2	254	31	22	19	26	1.98
211625--211725	28	3.6	28	95	0	184	36	24	11	26	1.90
218291--218321	16	1.9	16	93	0	53	35	16	29	19	1.93
218421--218451	16	1.9	16	93	0	53	35	16	29	19	1.93
218498--218667	43	4.2	42	68	18	126	32	22	18	25	1.97
218520--218933	76	5.0	78	70	20	290	32	21	20	26	1.97
218891--218966	19	3.7	19	79	16	89	30	15	28	25	1.96
218731--218967	43	5.8	42	75	14	210	32	19	21	25	1.97
218908--218989	24	3.7	23	79	17	109	28	15	28	28	1.96
218734--218974	119	2.0	120	81	8	285	31	20	21	27	1.98
218952--219026	27	2.9	26	80	5	73	34	13	22	29	1.92
219028--219186	28	5.7	28	94	5	286	38	25	10	25	1.88
226417--226458	21	2.0	21	90	0	66	11	35	23	28	1.91
228022--228144	55	2.2	55	88	5	187	26	13	25	34	1.93
228309--228433	43	3.0	43	83	8	134	32	20	21	24	1.98
228403--228433	16	1.9	16	93	0	53	35	16	29	19	1.93
228480--228649	43	4.2	42	67	18	117	33	22	18	25	1.96
228322--229175	255	3.3	263	82	10	1033	32	20	20	26	1.97
228756--228949	76	2.4	81	85	9	254	31	20	22	26	1.98
228873--228948	19	3.7	19	79	16	89	30	15	27	26	1.96
228713--228949	43	5.8	42	75	14	210	32	19	21	26	1.97
228887--228971	24	3.8	24	81	15	126	27	16	25	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
228833--228971	43	3.2	43	90	2	199	28	18	25	27	1.98
229028--229184	76	2.0	79	87	6	230	31	21	19	27	1.98
229006--229177	43	4.2	42	69	18	130	33	22	18	25	1.96
229218--229264	16	2.8	16	83	9	58	31	17	27	23	1.96
229327--229666	43	8.2	42	75	10	272	32	20	19	27	1.97
229348--229580	76	2.9	80	82	11	253	32	20	19	27	1.97
229465--229666	19	9.7	19	67	24	88	32	17	22	27	1.96
229425--229656	127	1.8	127	97	0	437	32	19	21	27	1.97
229606--229690	24	3.8	24	80	15	117	27	17	24	30	1.97
229465--229690	43	5.3	43	83	7	264	31	18	22	27	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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