123.fas.2.7.7.80.10.50.500.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NC_037468
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  617195

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
129360--129430	19	3.7	19	73	14	74	26	28	16	28	1.97
129357--129487	38	3.3	38	80	14	165	29	24	19	26	1.99
129397--129590	43	4.8	42	73	15	167	25	20	21	33	1.97
129360--129470	19	5.6	19	67	17	55	26	26	19	27	1.99
129359--129546	76	2.4	78	89	6	274	26	22	21	29	1.99
129654--129823	43	4.2	42	70	18	135	25	18	22	32	1.97
129870--129914	16	2.6	16	82	10	54	22	31	17	28	1.97
130107--130137	16	1.9	16	100	0	62	32	16	32	19	1.94
130156--130253	43	2.3	42	83	3	124	40	21	16	21	1.91
130309--130428	28	4.3	28	95	4	208	38	25	10	25	1.88
130443--130522	41	2.0	41	89	0	124	40	18	11	30	1.86
130589--130758	43	4.2	42	68	18	126	32	22	18	25	1.97
130611--131037	76	5.2	78	71	19	307	31	21	20	26	1.98
130822--131013	43	4.7	41	68	18	132	33	21	19	25	1.97
130942--131052	19	5.6	19	68	17	64	27	19	26	26	1.99
130925--131055	38	3.3	38	80	14	165	26	19	24	29	1.99
130730--131299	286	2.0	291	91	4	931	32	21	20	26	1.97
131377--131422	24	1.9	24	100	0	92	26	19	21	32	1.97
131450--131635	28	6.6	28	96	2	315	38	25	11	25	1.89
131682--131787	55	1.9	55	84	7	144	31	20	16	31	1.95
132690--132754	30	2.1	32	94	5	116	30	27	26	15	1.96
132809--132903	28	3.4	28	94	5	174	26	11	24	37	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
132887--133066	95	1.9	98	84	6	251	27	22	17	32	1.96
133049--133252	43	4.9	43	77	10	215	25	17	22	33	1.96
133078--133148	19	3.5	19	68	17	52	26	19	22	30	1.98
133381--133453	28	2.6	28	97	0	137	26	12	26	35	1.91
133402--133463	28	2.2	28	88	0	88	29	12	22	35	1.91
133523--133606	43	2.0	43	90	0	132	23	14	22	39	1.91
133625--133655	16	1.9	16	100	0	62	19	32	16	32	1.94
142352--142415	28	2.3	29	94	5	114	26	10	25	37	1.89
142364--142425	28	2.2	28	88	0	88	29	12	22	35	1.91
142791--142821	16	1.9	16	100	0	62	32	16	32	19	1.94
142867--142897	16	1.9	16	100	0	62	32	16	32	19	1.94
142918--142999	43	1.9	43	89	0	128	36	24	14	24	1.93
143069--143220	28	5.3	28	88	10	227	37	23	11	27	1.89
143069--143220	60	2.6	56	87	11	227	37	23	11	27	1.89
143536--143949	76	5.0	78	70	20	281	32	21	20	26	1.98
143514--143669	43	3.9	43	69	19	145	32	24	16	26	1.96
143907--143981	19	3.7	19	78	16	87	30	16	28	25	1.96
143747--143981	43	5.7	42	73	14	188	32	20	21	25	1.97
143925--144005	24	3.6	24	77	16	100	28	16	29	25	1.96
143907--144025	43	2.8	43	93	0	193	28	16	27	26	1.97
143925--144025	19	4.6	24	75	17	96	27	16	28	26	1.97
144010--144040	16	1.9	16	100	0	62	32	16	32	19	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
144100--144193	32	3.1	32	91	8	144	37	22	11	28	1.89
144106--144202	28	3.3	28	90	8	133	37	22	11	28	1.89
144331--144410	32	2.6	32	92	7	132	35	21	12	31	1.90
144502--144572	28	2.5	28	95	4	126	38	23	11	26	1.89
144706--144736	16	1.9	16	100	0	62	32	16	32	19	1.94
144803--144896	32	3.1	32	93	6	160	37	22	11	28	1.89
144809--144907	28	3.4	28	94	5	162	36	23	12	28	1.90
144949--145003	19	2.8	20	80	5	67	38	10	29	21	1.88
144973--145061	30	3.0	30	93	3	146	34	13	30	21	1.92
145033--145079	16	2.7	17	90	9	69	29	17	29	23	1.97
145139--145218	32	2.6	32	92	7	132	35	21	12	31	1.90
145310--145380	28	2.5	28	95	4	126	38	23	11	26	1.89
145518--145613	32	3.1	32	70	27	105	31	21	16	30	1.96
146433--146540	32	3.4	32	67	32	88	27	15	22	34	1.94
146438--146590	64	2.6	58	86	11	197	26	13	23	35	1.92
146651--146776	28	4.4	28	89	9	191	27	11	23	38	1.88
146660--146775	60	1.9	60	96	3	216	26	11	24	37	1.89
146868--146947	32	2.6	32	92	7	132	31	12	21	35	1.90
147076--147168	28	3.2	28	85	10	116	29	10	22	37	1.88
147085--147178	32	3.1	32	91	8	144	28	11	22	37	1.89
147238--147268	16	1.9	16	100	0	62	19	32	16	32	1.94
147238--147371	19	6.7	19	75	17	85	26	28	16	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
147252--147371	19	5.7	21	76	18	90	27	27	16	28	1.97
147254--147574	43	7.7	43	78	12	339	29	24	17	29	1.97
147297--147674	81	4.6	81	73	13	297	28	22	19	29	1.98
147472--147574	19	5.2	19	72	19	93	30	25	15	29	1.96
147557--147657	43	2.3	43	94	0	175	25	18	22	32	1.97
147586--147656	19	3.5	19	71	17	61	26	19	22	30	1.98
147561--147637	24	3.4	24	65	17	65	22	19	23	35	1.96
148006--148157	28	5.3	28	88	10	227	27	11	23	37	1.89
148006--148157	60	2.6	57	86	12	229	27	11	23	37	1.89
148227--148310	43	2.0	43	87	0	123	22	15	22	39	1.92
148329--148359	16	1.9	16	100	0	62	19	32	16	32	1.94
148405--148435	16	1.9	16	100	0	62	19	32	16	32	1.94
156904--156959	28	2.0	28	96	0	103	25	10	26	37	1.88
157021--157111	32	2.6	38	72	26	99	34	21	16	27	1.95
160420--160499	41	2.0	41	89	0	124	30	11	18	40	1.86
160514--160637	28	4.3	29	85	14	184	25	12	24	37	1.90
160519--160637	60	2.0	61	93	5	206	25	12	23	38	1.90
160707--160790	43	2.0	43	87	0	123	22	15	22	39	1.92
160809--160839	16	1.9	16	100	0	62	19	32	16	32	1.94
161127--161209	28	3.0	28	96	0	148	25	9	26	38	1.86
161193--161372	95	1.9	98	84	6	251	27	22	17	32	1.96
161355--161553	43	4.9	43	73	14	186	25	17	23	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
161384--161454	19	3.5	19	70	17	61	26	19	23	29	1.98
161600--161630	16	1.9	16	93	0	53	19	29	16	35	1.93
161735--161862	43	3.0	43	91	2	195	23	19	21	35	1.96
161753--161862	19	5.0	24	64	20	78	22	18	22	36	1.95
162029--162198	43	4.2	42	69	18	126	25	17	22	33	1.96
162276--162351	19	3.7	19	79	16	89	26	27	15	30	1.96
162273--162337	24	2.9	24	80	15	86	30	26	15	27	1.96
162275--162532	43	6.2	43	75	12	186	26	19	20	33	1.96
162363--162427	19	3.2	19	70	19	58	27	18	20	33	1.96
162338--162414	24	3.4	24	67	17	65	20	20	22	36	1.95
162579--162609	16	1.9	16	93	0	53	19	29	16	35	1.93
162659--162778	28	4.3	29	94	5	212	25	10	25	38	1.88
162848--162929	43	1.9	43	87	5	121	24	14	25	35	1.94
162950--162980	16	1.9	16	100	0	62	19	32	16	32	1.94
163270--163336	19	3.0	23	77	20	88	26	16	22	34	1.95
163345--163471	28	4.6	27	81	14	145	36	24	11	28	1.89
163557--163587	16	1.9	16	100	0	62	32	16	32	19	1.94
163608--163689	43	1.9	43	87	5	121	35	25	14	24	1.94
163759--163878	28	4.3	28	95	4	208	38	25	10	25	1.88
163927--163981	19	2.9	19	100	0	110	27	16	27	29	1.97
164067--164134	29	2.4	29	95	2	120	38	22	11	27	1.89
164267--164297	16	1.9	16	100	0	62	32	16	32	19	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
164370--164496	28	4.6	27	81	14	136	36	23	11	29	1.89
164370--164496	56	2.3	54	84	12	154	36	23	11	29	1.89
164523--164553	16	1.9	16	93	0	53	35	16	29	19	1.93
164597--164770	59	2.8	60	86	5	251	34	22	16	27	1.95
164783--164855	28	2.6	28	97	0	137	35	26	12	26	1.91
165017--165128	29	3.8	29	84	8	120	25	11	26	36	1.90
165141--165215	19	3.7	19	78	16	87	26	26	17	29	1.97
165137--165303	43	3.8	43	74	9	167	28	22	18	29	1.97
165137--165201	24	2.9	24	80	15	86	30	24	18	26	1.98
165160--165322	88	1.9	88	92	0	272	27	21	20	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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