123.fas.2.7.7.80.10.50.500.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NC_037468
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  617195

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43384--43596	43	5.2	43	72	14	180	34	22	17	25	1.96
43502--43578	24	3.4	24	67	17	65	36	22	20	20	1.95
43750--43780	16	1.9	16	100	0	62	32	16	32	19	1.94
43814--43859	20	2.4	19	81	3	56	32	17	28	21	1.96
43872--44027	28	5.6	28	85	8	198	37	24	10	27	1.89
44113--44143	16	1.9	16	100	0	62	32	16	32	19	1.94
44162--44259	43	2.3	42	83	3	124	40	21	16	21	1.91
44315--44434	28	4.3	28	95	4	208	38	25	10	25	1.88
44497--44527	16	1.9	16	100	0	62	32	16	32	19	1.94
44704--44901	28	7.4	28	75	15	161	35	24	11	28	1.90
44112--44821	389	1.8	382	96	2	1305	36	21	17	25	1.94
44704--44901	54	3.7	56	72	22	192	35	24	11	28	1.90
44834--44901	29	2.4	28	95	2	118	36	23	11	27	1.90
44946--45078	32	4.0	32	80	16	153	36	21	14	28	1.92
44934--45046	38	3.1	38	78	19	150	36	20	15	27	1.93
44934--45073	70	2.0	70	93	2	239	36	20	15	27	1.93
50661--50747	25	3.4	25	84	9	129	31	12	26	29	1.93
50759--50808	19	2.6	19	84	6	66	26	28	14	32	1.94
51206--51244	15	2.6	15	88	8	53	41	12	28	17	1.87
51323--51390	19	3.7	19	80	7	88	32	16	27	23	1.96
51493--51563	19	3.5	19	71	17	61	30	22	19	26	1.98
51512--51588	24	3.4	24	65	17	65	35	23	19	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51492--51881	43	9.2	43	81	8	340	30	18	22	28	1.97
51575--51858	19	13.7	19	69	20	135	30	16	23	29	1.97
51575--51907	19	15.8	23	68	25	134	30	16	23	29	1.96
52146--52265	28	4.3	28	95	4	224	38	25	10	25	1.88
52318--52535	43	5.2	42	75	11	180	33	20	19	27	1.96
52340--52501	81	2.0	81	95	0	288	32	20	19	27	1.96
52470--52535	19	3.2	19	76	19	78	27	16	27	28	1.97
52475--52583	24	4.8	24	83	11	156	27	17	23	31	1.97
52461--52587	43	2.8	43	89	5	173	29	17	22	29	1.97
52568--52711	64	2.2	65	88	2	211	33	20	17	29	1.95
52661--52873	43	5.2	42	70	15	124	32	21	20	26	1.97
52683--52841	76	2.0	79	87	6	234	30	21	20	27	1.98
52799--52874	19	3.7	19	79	16	89	30	15	28	25	1.96
52952--53121	43	4.2	42	67	18	117	33	22	17	25	1.96
53288--53415	43	3.0	43	90	2	186	35	21	18	24	1.95
53302--53372	19	3.5	19	70	17	52	32	21	19	26	1.97
53288--53457	43	4.0	43	84	7	163	35	20	20	24	1.96
53425--53455	16	1.9	16	93	0	53	35	16	29	19	1.93
53518--53783	43	6.2	42	79	5	221	34	19	18	27	1.95
53709--53784	19	3.7	19	79	16	89	30	15	27	26	1.96
53518--53766	129	1.9	129	92	0	417	35	19	17	27	1.95
53476--53940	172	2.7	169	74	10	485	34	21	16	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53862--54031	43	4.2	42	67	18	117	33	22	17	25	1.96
54198--54282	43	2.0	43	86	4	118	35	21	20	23	1.96
54421--54590	43	4.2	42	67	18	117	33	22	18	25	1.96
54697--54890	76	2.4	80	85	9	252	31	20	22	25	1.98
54814--54889	19	3.7	19	79	16	89	30	15	28	25	1.96
54654--54890	43	5.8	42	75	14	210	32	19	21	25	1.97
54967--55179	43	5.2	42	70	15	124	32	21	20	26	1.97
54559--55237	291	2.3	296	90	4	1052	32	20	20	26	1.97
54989--55147	76	2.0	79	87	6	234	30	21	20	27	1.98
55105--55179	19	3.7	19	78	16	87	30	16	28	25	1.96
55105--55203	43	2.3	43	94	0	171	29	17	26	27	1.97
55119--55207	24	3.9	24	75	14	107	26	17	24	30	1.98
55215--55391	28	6.3	28	98	1	322	38	24	10	25	1.88
55508--55538	16	1.9	16	93	0	53	35	16	29	19	1.93
55678--55847	43	4.2	42	67	18	126	34	21	18	25	1.96
55955--56116	81	2.0	81	86	0	225	29	19	20	30	1.97
56053--56154	19	4.7	22	71	20	81	28	15	26	29	1.96
55910--56154	43	5.9	43	77	12	208	31	18	21	28	1.97
56229--56398	43	4.2	42	67	18	117	34	22	17	25	1.96
56386--56631	119	2.1	116	83	8	306	33	19	22	24	1.97
56565--57085	43	12.0	43	72	10	355	33	19	20	26	1.97
56659--56689	16	1.9	16	93	0	53	35	16	29	19	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56755--57109	86	4.2	85	83	4	419	32	19	21	27	1.97
56884--57128	19	11.7	19	68	22	100	31	17	22	28	1.97
56779--57118	170	2.0	170	83	3	425	31	19	21	27	1.97
56841--57075	127	1.9	127	95	1	427	32	19	21	26	1.97
56798--57128	43	7.7	43	80	6	332	31	18	21	27	1.97
57025--57132	24	4.9	24	71	20	101	27	17	24	30	1.97
56731--57511	213	3.8	197	79	11	755	32	19	19	28	1.97
57142--57448	43	7.2	42	76	5	285	35	19	18	26	1.95
57161--57386	86	2.7	86	89	1	339	35	18	19	26	1.94
56715--57511	406	2.0	401	95	1	1434	32	19	19	28	1.97
57290--57354	19	3.2	19	76	19	76	32	13	24	29	1.94
57417--57486	19	3.7	19	72	14	72	28	17	27	27	1.97
57420--57495	38	2.0	38	97	0	143	23	19	25	31	1.98
57469--57514	24	1.9	24	100	0	92	26	19	21	32	1.97
57522--57642	28	4.3	28	97	2	226	38	24	10	25	1.88
62413--62510	32	3.2	32	84	12	125	30	9	21	38	1.85
62515--62719	28	7.3	28	96	3	362	25	10	24	39	1.88
62727--62772	24	1.9	24	100	0	92	32	21	19	26	1.97
62731--62875	43	3.4	42	71	7	130	28	20	19	31	1.97
63018--63098	24	3.6	24	79	16	109	25	28	16	29	1.96
63002--63116	19	5.7	19	74	21	92	25	27	16	30	1.97
63002--63159	43	3.7	43	89	5	209	24	24	18	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63040--63212	43	4.0	43	86	4	199	25	20	19	34	1.96
63103--63179	24	3.4	24	68	17	74	22	19	22	36	1.95
63256--63344	24	3.9	24	80	14	125	31	24	16	26	1.97
63060--63418	199	1.8	199	88	2	560	26	20	19	33	1.97
63284--63358	19	3.7	19	78	16	87	26	26	16	30	1.96
63259--63485	43	5.3	43	80	6	239	28	22	18	31	1.97
63421--63485	19	3.2	19	76	19	76	29	24	13	32	1.94
63259--63504	84	2.9	84	76	4	226	27	21	19	31	1.97
63284--63547	43	6.2	42	79	4	244	27	19	19	32	1.96
63294--63548	127	2.0	127	97	0	483	27	18	19	33	1.96
63561--63673	19	5.7	19	72	17	95	28	25	17	28	1.98
63561--63789	81	2.9	81	87	4	245	27	22	20	29	1.98
63640--63833	43	4.8	42	73	15	167	25	20	20	34	1.97
63604--63713	19	5.5	19	67	18	53	26	25	20	28	1.99
63604--63789	76	2.4	78	88	6	270	26	22	20	30	1.98
63911--64066	43	3.9	43	68	19	136	26	17	24	32	1.97
64076--64157	43	1.9	43	87	5	121	29	24	15	30	1.96
64119--64258	64	2.2	64	84	5	176	30	17	20	31	1.96
64284--64353	19	3.9	18	81	9	81	22	30	15	31	1.95
64305--64362	19	3.1	19	84	0	53	27	29	12	31	1.92
64701--64768	19	3.7	19	80	7	88	32	16	27	23	1.96
64837--65533	76	8.4	79	67	22	317	32	20	20	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64815--64986	43	4.2	42	70	18	139	33	22	18	25	1.97
64994--65024	16	1.9	16	93	0	53	35	16	29	19	1.93
64702--65495	256	3.1	252	88	6	1099	33	19	20	25	1.97
65071--65223	43	3.8	43	69	19	148	33	22	17	26	1.96
65304--65495	43	4.7	43	69	17	142	34	20	19	25	1.96
65407--65537	38	3.3	38	79	14	156	27	19	24	29	1.98
65464--65534	19	3.7	19	73	14	74	28	16	28	26	1.97
65612--65791	43	4.2	42	71	7	146	35	21	17	26	1.95
65631--65791	86	1.9	86	90	0	259	35	20	18	25	1.95
65854--65930	19	3.8	19	77	15	73	29	18	25	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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