123.fas.2.7.7.80.10.50.500.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NC_053625
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  527575

Tables:   1   

This is table  1  of  1  ( 103 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7636--7889	127	2.0	127	100	0	508	28	22	21	28	1.99
11097--11121	11	2.3	11	100	0	50	56	0	8	36	1.29
11093--11129	15	2.4	16	86	13	51	54	0	10	35	1.36
20072--20453	127	3.0	127	91	4	587	20	19	25	34	1.96
32410--32665	127	2.0	127	100	0	512	42	17	17	21	1.89
46146--46399	127	2.0	127	100	0	508	28	21	22	28	1.99
53908--54162	127	2.0	127	100	0	510	19	25	24	30	1.98
54116--54369	127	2.0	127	100	0	508	22	28	17	32	1.96
57555--57809	127	2.0	127	100	0	510	24	27	18	30	1.97
57760--58013	127	2.0	127	100	0	508	23	23	27	25	2.00
79403--79656	127	2.0	127	100	0	508	22	18	28	29	1.98
79884--80139	127	2.0	127	100	0	512	27	28	25	19	1.99
80733--80986	127	2.0	127	100	0	508	34	15	33	15	1.90
81643--81897	127	2.0	127	100	0	510	21	22	34	21	1.97
82592--82846	127	2.0	127	100	0	510	33	26	25	14	1.95
84113--84366	127	2.0	127	100	0	508	29	27	14	27	1.96
84814--85067	127	2.0	127	100	0	508	19	26	32	21	1.97
85526--85779	127	2.0	127	100	0	508	37	19	24	18	1.94
89049--89086	19	2.0	19	94	0	67	26	21	2	50	1.62
105854--105890	14	2.6	14	82	0	56	21	16	18	43	1.88
109412--109665	127	2.0	127	100	0	508	31	22	21	24	1.98
109718--109971	127	2.0	127	100	0	508	30	20	21	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122768--122795	14	2.0	14	100	0	56	35	14	14	35	1.86
132272--132526	127	2.0	127	100	0	510	32	18	21	27	1.97
132486--132741	127	2.0	127	100	0	512	37	11	23	26	1.90
133378--133631	127	2.0	127	100	0	508	38	22	16	22	1.93
134568--134823	127	2.0	127	100	0	512	35	19	26	18	1.95
143077--143458	127	3.0	127	91	4	587	20	19	25	34	1.96
155415--155669	127	2.0	127	100	0	510	42	18	18	21	1.89
165919--166172	127	2.0	127	100	0	508	30	19	19	29	1.97
166160--166414	127	2.0	127	100	0	510	36	18	14	30	1.91
166494--166748	127	2.0	127	100	0	510	31	19	23	25	1.98
167029--167282	127	2.0	127	100	0	508	36	14	17	32	1.89
167657--167910	127	2.0	127	100	0	508	33	19	14	31	1.93
169361--169615	127	2.0	127	100	0	510	31	21	16	30	1.96
169625--170006	127	3.0	127	94	3	646	41	12	21	24	1.87
169990--170243	127	2.0	127	100	0	508	34	14	19	30	1.92
172147--172401	127	2.0	127	100	0	510	32	18	17	30	1.94
177980--178233	127	2.0	127	100	0	508	33	23	12	30	1.92
178203--178457	127	2.0	127	100	0	510	23	23	14	38	1.91
188467--188496	15	2.0	15	93	0	51	56	6	23	13	1.60
188773--189026	127	2.0	127	100	0	508	29	25	17	27	1.97
189075--189329	127	2.0	127	100	0	510	21	19	30	27	1.98
195002--195258	127	2.0	127	100	0	514	33	20	25	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
195219--195472	127	2.0	127	100	0	508	26	23	26	22	2.00
212169--212204	18	1.9	19	88	5	56	36	16	27	19	1.93
221425--221469	22	2.0	22	100	0	90	42	13	13	31	1.82
221796--221838	21	2.0	21	95	0	77	16	30	23	30	1.96
224491--224548	29	2.0	29	90	3	91	18	31	20	29	1.97
243065--243319	127	2.0	127	100	0	510	38	14	23	23	1.91
243289--243542	127	2.0	127	100	0	508	30	12	23	33	1.92
244412--244666	127	2.0	127	100	0	510	26	21	29	21	1.99
245189--245442	127	2.0	127	100	0	508	23	26	28	21	1.99
245893--245935	18	2.4	18	81	18	54	18	20	25	34	1.96
246052--246305	127	2.0	127	100	0	508	30	20	28	20	1.98
252306--252687	127	3.0	127	99	0	755	31	18	16	33	1.93
266194--266447	127	2.0	127	100	0	508	22	26	23	26	2.00
266408--266662	127	2.0	127	100	0	510	20	25	20	33	1.97
276759--276788	15	2.0	15	100	0	60	53	0	26	20	1.46
277351--277732	127	3.0	127	91	4	587	34	25	19	20	1.96
285986--286241	127	2.0	127	100	0	512	18	26	19	35	1.95
287178--287431	127	2.0	127	100	0	508	22	16	22	38	1.93
288068--288323	127	2.0	127	100	0	512	26	23	11	37	1.90
288283--288537	127	2.0	127	100	0	510	27	21	18	32	1.97
298014--298041	14	2.0	14	100	0	56	35	14	14	35	1.86
310838--311091	127	2.0	127	100	0	508	27	21	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
311144--311397	127	2.0	127	100	0	508	24	21	22	31	1.98
331723--331760	19	2.0	19	94	0	67	50	2	21	26	1.62
335030--335283	127	2.0	127	100	0	508	18	24	19	37	1.94
335742--335995	127	2.0	127	100	0	508	21	32	26	19	1.97
336443--336696	127	2.0	127	100	0	508	27	14	27	29	1.96
337963--338217	127	2.0	127	100	0	510	14	25	26	33	1.95
338912--339166	127	2.0	127	100	0	510	21	34	22	21	1.97
339823--340076	127	2.0	127	100	0	508	15	33	15	34	1.90
340670--340925	127	2.0	127	100	0	512	19	25	28	27	1.99
341153--341406	127	2.0	127	100	0	508	29	28	18	22	1.98
362796--363049	127	2.0	127	100	0	508	25	27	23	23	2.00
363000--363253	127	2.0	127	100	0	508	30	18	26	24	1.98
383048--383302	127	2.0	127	100	0	510	31	23	28	17	1.97
383833--383866	15	2.3	15	89	0	50	2	44	8	44	1.50
383843--384096	127	2.0	127	100	0	508	20	29	17	32	1.95
388666--388712	24	2.0	23	84	8	60	31	14	4	48	1.63
413083--413464	127	3.0	127	96	1	696	26	27	21	24	1.99
427855--428108	127	2.0	127	100	0	508	25	27	23	23	2.00
428059--428313	127	2.0	127	100	0	510	30	18	27	24	1.97
431499--431752	127	2.0	127	100	0	508	32	17	28	22	1.96
431706--431960	127	2.0	127	100	0	510	30	24	25	19	1.98
437163--437416	127	2.0	127	100	0	508	31	22	28	17	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
437947--437980	15	2.3	15	89	0	50	2	44	8	44	1.50
437957--438210	127	2.0	127	100	0	508	20	29	17	32	1.95
467638--467895	127	2.0	127	100	0	516	25	16	16	42	1.88
468303--468556	127	2.0	127	100	0	508	31	22	22	24	1.98
468869--469251	127	3.0	127	98	0	741	34	15	14	35	1.88
469524--469907	127	3.0	127	96	1	700	24	21	27	27	1.99
484835--485088	127	2.0	127	100	0	508	24	22	35	17	1.95
485235--485489	127	2.0	127	100	0	510	23	23	35	18	1.96
485723--486106	127	3.0	128	92	5	622	19	25	32	22	1.97
500724--500978	127	2.0	127	100	0	510	27	30	19	21	1.98
501027--501280	127	2.0	127	100	0	508	27	17	25	29	1.97
507257--507307	22	2.3	22	93	0	93	43	19	23	13	1.87
516940--517018	39	2.0	39	95	0	140	32	18	26	21	1.97
517676--517732	19	2.8	20	80	17	64	52	1	1	43	1.21
527241--527494	127	2.0	127	100	0	508	32	17	28	22	1.96

Tables:   1

The End!