123.fas.2.7.7.80.10.50.500.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NC_027000
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  737091

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1683--1728	15	3.1	15	100	0	92	39	6	32	21	1.79
1978--2033	29	1.9	29	100	0	112	19	26	17	35	1.94
2955--2979	12	2.1	12	100	0	50	16	32	0	52	1.44
3003--3058	16	3.0	20	75	20	75	17	14	17	50	1.79
3947--3979	16	2.1	16	100	0	66	48	21	12	18	1.80
5612--5671	21	2.9	21	65	9	59	31	23	15	30	1.95
5674--5713	21	1.9	21	94	0	71	32	27	7	32	1.85
9331--9465	29	4.7	29	99	0	252	30	25	6	37	1.82
14357--14408	18	2.9	18	100	0	104	28	0	30	40	1.57
14767--14850	40	2.3	35	81	16	107	38	9	28	23	1.86
25774--25849	32	2.6	27	79	18	98	27	39	10	22	1.87
29549--29584	18	2.0	18	94	0	63	52	16	19	11	1.73
29733--29774	19	2.2	19	86	0	57	23	16	23	35	1.95
29980--30013	17	2.0	17	100	0	68	35	17	17	29	1.93
30170--30226	19	2.8	21	78	10	64	45	17	10	26	1.81
31041--31086	22	2.1	22	95	0	83	32	30	13	23	1.93
31041--31095	22	2.6	21	88	5	67	29	34	10	25	1.90
31143--31167	12	2.1	12	100	0	50	52	8	24	16	1.70
40241--40365	31	4.1	31	85	4	191	21	27	20	30	1.98
53646--53713	28	2.4	28	95	0	118	27	36	11	23	1.90
61631--61705	35	2.1	34	86	11	107	57	6	10	25	1.57
61644--61712	35	2.0	35	100	0	138	53	5	11	28	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68650--68694	21	2.1	21	88	8	65	28	31	8	31	1.88
68717--68741	13	1.9	13	100	0	50	60	16	16	8	1.58
70283--70358	30	2.5	30	93	0	125	47	14	9	28	1.75
70540--70570	15	2.1	15	93	0	53	54	29	6	9	1.57
70848--70905	19	3.1	19	97	0	107	32	22	10	34	1.88
71429--71472	16	2.8	16	96	0	79	20	25	18	36	1.95
71690--71776	39	2.3	37	82	7	95	34	16	18	31	1.93
71804--71904	24	4.4	24	69	9	84	50	18	17	12	1.78
71784--71875	44	2.1	44	100	0	184	48	16	18	16	1.81
72341--72388	21	2.3	21	92	0	78	22	35	6	35	1.80
72791--72832	22	2.0	22	90	4	68	42	21	16	19	1.89
72795--72843	22	2.2	22	85	7	64	42	22	16	18	1.88
72826--72893	26	2.6	26	100	0	136	38	26	13	22	1.91
73608--73651	14	3.2	14	87	6	72	47	9	43	0	1.35
83979--84062	38	2.2	38	95	0	150	26	15	23	34	1.95
110058--110100	20	2.2	20	95	0	77	51	9	2	37	1.47
113620--113669	25	2.0	25	100	0	100	44	32	0	24	1.54
114383--114413	14	2.2	14	100	0	62	25	29	0	45	1.54
115012--115045	17	2.0	17	100	0	68	23	23	17	35	1.95
116791--116824	17	2.0	17	94	0	59	20	20	23	35	1.96
118520--118559	20	2.0	20	85	4	55	47	12	25	15	1.80
120669--120716	18	2.7	18	96	0	87	20	22	6	50	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121860--121900	20	2.0	20	85	0	55	31	12	29	26	1.92
122282--122314	15	2.2	15	89	10	50	21	33	18	27	1.96
124725--124758	17	2.0	17	100	0	68	41	23	11	23	1.87
125230--125266	19	1.9	19	100	0	74	27	13	21	37	1.91
125677--125703	14	1.9	14	100	0	54	44	29	11	14	1.80
126611--126674	34	2.0	32	88	11	96	32	21	15	29	1.95
127741--127802	31	2.0	31	96	0	115	20	29	11	38	1.88
128041--128083	14	3.1	14	100	0	86	27	13	20	37	1.91
128959--128987	14	2.1	14	100	0	58	41	17	20	20	1.90
129190--129229	13	3.1	13	100	0	80	52	0	22	25	1.47
130919--130951	13	2.5	13	95	0	57	9	21	6	63	1.45
132475--132514	18	2.2	18	100	0	80	27	35	15	22	1.94
135513--135574	31	2.0	31	96	0	115	19	4	37	38	1.73
135898--135938	17	2.4	17	88	8	57	7	39	12	41	1.70
136186--136242	28	2.1	28	90	6	91	28	7	22	42	1.80
136676--136738	31	2.0	31	96	0	117	20	22	7	49	1.75
136730--136758	14	2.1	14	100	0	58	0	20	6	72	1.07
137360--137401	17	2.6	16	84	3	57	35	11	23	28	1.91
140370--140426	30	1.9	30	96	0	105	31	3	24	40	1.72
140427--140473	23	2.0	23	100	0	94	48	8	17	25	1.74
140460--140503	20	2.2	20	95	0	79	54	4	18	22	1.61
140480--140510	16	2.0	16	93	6	55	51	6	16	25	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
144050--144124	28	2.6	29	89	6	109	28	8	33	30	1.86
144663--144690	14	2.0	14	100	0	56	57	7	21	14	1.61
145493--145575	42	2.0	42	97	0	157	38	22	21	16	1.93
147746--147815	29	2.4	28	81	6	95	31	12	28	27	1.93
149004--149070	30	2.3	30	75	12	77	34	14	28	22	1.94
149179--149239	20	3.0	20	85	0	77	6	26	21	45	1.76
150230--150332	28	3.7	28	100	0	206	35	11	31	21	1.89
151805--151845	20	2.0	20	90	0	64	7	26	24	41	1.81
162759--162832	26	2.8	26	100	0	148	31	12	39	17	1.86
163155--163200	23	2.0	23	100	0	92	34	17	26	21	1.95
166961--166989	11	2.6	11	100	0	58	6	41	6	44	1.58
166995--167032	18	2.1	18	100	0	76	42	18	10	28	1.83
167178--167239	32	1.9	32	100	0	124	32	25	14	27	1.95
167857--167896	18	2.2	18	91	8	64	37	22	17	22	1.94
169801--169857	19	3.0	19	97	0	105	19	28	10	42	1.84
169850--169879	13	2.3	13	100	0	60	36	16	20	26	1.93
169888--169980	27	3.4	27	75	11	107	54	15	17	12	1.70
169893--169987	31	3.3	31	70	11	85	52	14	16	15	1.75
170629--170654	11	2.4	11	100	0	52	7	42	7	42	1.62
170870--170931	28	2.2	28	100	0	124	11	40	16	32	1.83
171127--171165	13	3.0	13	100	0	78	30	0	23	46	1.53
175253--175292	15	2.7	15	92	0	71	40	0	37	22	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
183739--183846	56	1.9	56	92	0	180	31	18	25	24	1.97
190619--190653	18	1.9	18	100	0	70	57	11	8	22	1.61
190622--190661	18	2.3	18	87	8	57	57	12	10	20	1.63
193400--193447	24	2.0	24	100	0	96	33	4	33	29	1.77
195167--195210	22	2.0	22	86	4	63	27	20	36	15	1.93
196049--196091	14	3.0	14	80	6	59	18	18	13	48	1.80
197326--197362	14	2.6	14	100	0	74	13	16	5	64	1.45
199235--199277	21	2.0	21	95	0	77	20	32	18	27	1.96
203843--203960	27	4.4	27	77	8	141	38	7	27	26	1.83
204528--204554	11	2.5	11	100	0	54	0	29	14	55	1.40
214398--214471	32	2.3	32	100	0	148	17	27	13	41	1.87
215058--215101	16	2.8	16	100	0	88	13	29	13	43	1.83
215455--215502	24	2.0	24	100	0	96	41	16	16	25	1.89
221611--221658	17	2.8	17	100	0	96	56	16	6	20	1.62
222051--222084	17	2.0	17	100	0	68	52	5	29	11	1.61
223161--223189	15	1.9	15	100	0	58	48	10	20	20	1.79
226811--226883	37	1.9	39	94	5	132	27	26	8	38	1.84
227098--227128	10	3.1	10	100	0	62	0	19	19	61	1.35
227216--227271	28	2.0	28	100	0	112	32	25	10	32	1.90
227650--227689	16	2.4	17	91	8	73	5	22	7	65	1.38
229045--229125	22	3.7	22	94	0	144	25	29	3	40	1.73
231154--231218	33	2.0	32	93	3	112	46	12	24	16	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
232034--232096	32	2.0	32	90	0	99	33	22	22	22	1.97
235228--235258	15	2.1	15	100	0	62	22	32	6	38	1.80
235696--235722	14	1.9	14	100	0	54	22	33	14	29	1.94
236496--236544	20	2.5	20	100	0	98	30	16	42	10	1.81
238746--238770	13	1.9	13	100	0	50	40	32	12	16	1.84
239331--239384	13	4.2	13	97	0	99	22	22	0	55	1.44
253551--253586	18	2.0	18	100	0	72	33	0	27	38	1.57
260717--260787	29	2.4	29	97	0	133	36	18	22	22	1.95
261853--261919	23	2.9	23	90	0	98	31	23	14	29	1.95
272589--272624	8	4.9	8	80	19	51	0	13	13	72	1.13

Tables:   1   2   3   4