123.fas.2.7.7.80.10.50.500.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NC_071216
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  1174803

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7656--7681	11	2.4	11	100	0	52	0	46	7	46	1.31
13371--13469	35	2.8	36	80	9	105	13	16	35	35	1.87
13930--13965	12	3.1	12	92	4	56	5	2	55	36	1.38
18801--18834	17	2.0	17	88	0	50	44	8	29	17	1.79
34307--34365	32	1.9	31	93	6	102	32	13	20	33	1.91
42523--42564	21	2.0	20	86	4	57	33	21	11	33	1.90
42938--42975	14	2.7	15	84	12	53	28	23	34	13	1.92
46884--46916	15	2.2	15	94	0	57	33	24	18	24	1.97
46935--46980	15	3.1	15	96	0	83	19	10	39	30	1.86
62197--62243	24	2.0	24	83	8	60	31	8	31	27	1.87
64431--64468	15	2.5	15	91	0	58	31	5	42	21	1.75
68471--68511	14	2.9	14	89	7	57	29	9	36	24	1.87
69619--69652	13	2.6	13	90	0	50	26	44	26	2	1.69
70188--70223	20	1.9	20	88	11	58	33	13	33	19	1.91
70661--70713	27	2.0	27	92	0	88	26	30	24	18	1.98
76688--76718	15	2.0	16	93	6	55	32	6	22	38	1.80
78148--78193	15	3.1	15	100	0	92	28	26	6	39	1.81
88476--88514	19	2.1	19	100	0	78	41	38	5	15	1.69
90132--90234	47	2.1	49	91	3	165	34	27	16	21	1.95
96514--96554	18	2.3	18	95	0	73	19	39	21	19	1.93
96560--96602	13	3.2	13	90	3	68	27	25	23	23	2.00
97322--97367	10	4.7	10	82	12	60	34	39	10	15	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97368--97404	14	2.5	15	91	8	67	21	21	24	32	1.98
97707--97751	19	2.3	20	92	3	74	33	22	15	28	1.95
97917--97946	14	2.1	14	100	0	60	20	56	6	16	1.62
103605--103656	25	2.1	24	82	3	59	38	23	21	17	1.93
105225--105255	12	2.6	12	94	0	53	35	9	29	25	1.88
105601--105634	13	2.6	13	80	0	50	35	17	17	29	1.93
112093--112132	20	2.0	20	100	0	80	30	25	30	15	1.95
115253--115281	14	2.1	14	100	0	58	20	20	24	34	1.97
116794--116848	17	3.1	18	82	12	60	7	36	18	38	1.78
122545--122606	21	2.7	23	73	14	65	8	27	20	43	1.80
133417--133463	23	2.1	22	88	4	67	14	29	10	44	1.79
135545--135578	15	2.3	15	89	0	50	38	32	14	14	1.87
136195--136227	15	2.2	15	100	0	66	33	15	33	18	1.92
136366--136402	18	2.1	18	100	0	74	29	21	32	16	1.95
138550--138579	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
142141--142177	18	2.1	18	89	0	56	18	24	32	24	1.97
142702--142727	13	2.0	13	100	0	52	15	7	30	46	1.74
148505--148529	12	2.1	12	100	0	50	48	8	36	8	1.62
154346--154384	20	2.1	18	86	13	53	48	7	17	25	1.74
154400--154434	14	2.5	14	90	0	52	40	25	14	20	1.90
159339--159365	10	2.7	10	100	0	54	18	0	29	51	1.46
162484--162540	18	3.2	18	79	0	78	21	15	35	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
162800--162830	12	2.6	12	94	0	53	19	48	0	32	1.49
162842--162879	14	2.7	14	91	0	58	21	42	7	28	1.81
162918--162953	15	2.4	15	100	0	72	38	13	27	19	1.90
162962--163090	51	2.5	51	80	14	158	42	13	16	27	1.86
163129--163211	20	4.3	19	73	14	71	33	22	3	39	1.72
163658--163696	19	2.1	19	100	0	78	20	35	5	38	1.75
168631--168664	16	2.1	17	88	5	52	23	26	20	29	1.99
168806--168847	15	2.8	15	92	0	66	30	35	7	26	1.83
171458--171550	45	2.1	45	97	0	177	26	19	19	34	1.96
172668--172700	16	1.9	18	88	11	52	15	24	30	30	1.95
172810--172841	10	2.8	12	81	18	50	6	50	6	37	1.53
180196--180244	15	2.9	16	85	14	64	14	36	16	32	1.89
180228--180263	17	2.1	18	89	5	56	19	30	19	30	1.96
182973--182997	13	1.9	13	100	0	50	16	48	12	24	1.79
185046--185070	13	1.9	13	100	0	50	28	32	8	32	1.86
186566--186614	25	2.0	25	95	0	89	38	4	26	30	1.75
186694--186728	13	2.7	13	90	0	52	25	34	0	40	1.56
187026--187054	14	2.1	14	100	0	58	34	0	20	44	1.52
192828--192866	20	2.0	20	85	10	53	38	15	10	35	1.81
196955--196989	17	2.1	17	100	0	70	22	22	11	42	1.85
199604--199648	23	2.0	23	95	0	81	42	22	17	17	1.89
200098--200133	18	2.0	18	100	0	72	27	33	16	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
214928--215022	43	2.2	43	88	3	138	45	8	30	15	1.76
214936--215008	21	3.4	21	70	20	62	43	8	32	15	1.76
216666--216741	22	3.5	22	80	7	82	32	28	5	32	1.80
216680--216753	22	3.4	22	81	7	87	31	32	5	31	1.80
217590--217624	15	2.3	15	95	0	61	0	22	42	34	1.54
221239--221267	14	2.1	14	100	0	58	31	27	20	20	1.98
221886--221912	14	1.9	14	100	0	54	48	22	0	29	1.51
222243--222267	11	2.3	11	100	0	50	24	8	40	28	1.83
223073--223136	18	3.6	18	73	0	56	32	14	28	25	1.94
229693--229799	52	2.0	54	87	3	155	33	12	10	43	1.76
230729--230861	21	6.0	21	68	16	97	34	13	27	24	1.93
230895--230951	9	6.3	9	95	0	96	29	14	33	22	1.93
230996--231032	19	1.9	19	88	0	56	59	0	24	16	1.37
234578--234622	14	3.2	14	90	6	65	31	24	13	31	1.93
234585--234633	14	3.5	14	82	0	53	34	22	18	24	1.96
235211--235245	18	1.9	18	88	0	52	57	14	20	8	1.63
235301--235365	29	2.3	28	87	12	105	35	18	20	26	1.95
241217--241242	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
241449--241525	33	2.3	33	85	10	104	22	37	15	24	1.93
247364--247401	15	2.5	15	91	0	58	21	42	5	31	1.75
249589--249635	24	2.0	24	83	8	60	27	31	8	31	1.87
253809--253836	13	2.2	13	100	0	56	0	39	35	25	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
254638--254721	31	2.7	31	90	0	132	32	26	21	20	1.98
255540--255631	38	2.3	38	80	14	98	35	10	30	22	1.89
268752--268794	21	2.0	21	100	0	86	37	23	9	30	1.86
277170--277199	15	1.9	16	93	6	53	13	26	13	46	1.80
277681--277715	16	2.2	16	100	0	70	31	20	25	22	1.98
277716--277807	41	2.2	41	100	0	184	17	31	31	19	1.95
277810--277872	10	6.2	10	75	10	65	17	12	26	42	1.85
277820--277886	31	2.2	31	94	0	116	16	17	22	43	1.88
280266--280294	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
283508--283550	22	2.0	22	95	4	79	27	23	4	44	1.73
294503--294532	16	1.9	16	93	6	53	26	46	16	10	1.78
295749--295778	15	2.0	15	93	0	51	36	13	10	40	1.78
297460--297541	27	3.0	27	98	0	155	29	26	21	21	1.99
302600--302624	13	1.9	13	100	0	50	20	0	32	48	1.50
305720--305771	2	26.0	2	80	0	50	46	7	0	46	1.31
306961--307023	33	1.9	33	93	3	110	26	26	12	33	1.93
308839--308897	30	2.0	30	86	0	82	27	22	15	35	1.94
310901--310925	12	2.1	12	100	0	50	40	16	16	28	1.89
315696--315772	42	1.9	38	82	10	91	6	25	15	51	1.67
321813--321845	17	1.9	17	100	0	66	33	42	6	18	1.75
321917--321965	22	2.2	22	82	7	55	51	26	14	8	1.70
322062--322093	13	2.5	13	94	0	55	28	9	18	43	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
322361--322448	32	2.8	32	98	0	167	26	31	20	21	1.98
322759--322806	24	2.0	24	95	0	87	18	25	31	25	1.98
324683--324748	32	2.1	32	91	0	105	24	36	22	16	1.94
324687--324766	32	2.7	28	80	14	97	27	36	17	18	1.94
324880--324962	35	2.4	35	100	0	166	30	15	43	10	1.81
325617--325650	11	3.1	11	91	0	50	0	38	11	50	1.39
335389--335469	40	2.0	40	83	4	101	35	9	40	13	1.78
340550--340588	19	2.1	19	95	0	69	23	33	5	38	1.77
340579--340612	16	2.1	16	94	0	59	44	2	20	32	1.67
348739--348899	87	1.9	87	83	10	213	39	14	27	18	1.90

Tables:   1   2   3   4