123.fas.2.7.7.80.10.50.500.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: KX171639
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  264483

Tables:   1   2   

This is table  2  of  2  ( 226 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
133932--133984	23	2.3	23	96	0	97	20	26	39	13	1.89
134443--134480	18	2.1	18	100	0	76	42	36	5	15	1.70
139134--139171	16	2.4	16	95	0	67	31	15	44	7	1.75
140234--140275	5	8.4	5	100	0	84	0	80	0	19	0.70
142240--142305	5	13.2	5	90	0	105	56	0	43	0	0.99
143250--143293	5	8.8	5	94	0	79	22	0	59	18	1.38
143651--143698	18	2.7	18	86	0	69	12	45	8	33	1.72
146259--146309	21	2.4	22	93	3	86	29	27	25	17	1.98
148950--148993	4	11.0	4	100	0	88	50	25	25	0	1.50
149669--149725	5	11.4	5	96	0	105	1	78	0	19	0.83
149837--149877	5	8.2	5	100	0	82	0	41	0	58	0.98
157641--157726	4	20.0	4	76	13	73	4	26	2	66	1.23
157641--157726	17	5.0	16	73	14	73	4	26	2	66	1.23
157684--157726	21	2.0	21	100	0	86	0	23	0	76	0.78
160733--160759	5	5.4	5	100	0	54	0	81	0	18	0.69
160877--160918	18	2.3	18	87	4	57	16	52	11	19	1.74
162256--162280	12	2.1	12	100	0	50	0	60	0	40	0.97
164789--164879	4	22.8	4	100	0	182	25	24	50	0	1.49
165642--165720	30	2.6	30	89	0	113	21	20	44	13	1.86
165813--165867	25	2.2	25	93	0	92	14	32	20	32	1.92
165907--165978	26	2.7	27	80	8	85	18	33	23	25	1.97
165907--165988	27	3.1	26	75	10	76	19	31	24	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166065--166122	21	2.8	21	94	0	107	8	20	32	37	1.83
166398--166442	4	11.2	4	100	0	90	73	0	26	0	0.84
167498--167548	5	10.2	5	100	0	102	0	60	0	39	0.97
168892--168924	14	2.4	14	100	0	66	0	51	36	12	1.39
170483--170517	5	7.0	5	100	0	70	0	80	0	20	0.72
170843--170868	4	6.5	4	100	0	52	0	23	23	53	1.46
170883--170917	5	7.0	5	100	0	70	0	80	0	20	0.72
171202--171231	14	2.1	14	100	0	60	26	40	6	26	1.81
174989--175013	5	5.0	5	100	0	50	0	40	20	40	1.52
176603--176642	10	3.9	11	81	15	50	40	10	5	45	1.60
176599--176651	21	2.6	20	87	3	79	39	7	5	47	1.56
177689--177726	18	2.1	18	100	0	76	47	15	21	15	1.82
179569--179602	15	2.3	15	100	0	68	0	47	0	52	1.00
179941--180031	5	18.2	5	100	0	182	0	19	39	40	1.52
181277--181416	69	2.1	64	88	8	203	37	19	22	20	1.94
182306--182361	4	14.0	4	100	0	112	50	25	25	0	1.50
186961--186990	5	6.0	5	100	0	60	0	80	0	20	0.72
187162--187202	4	10.2	4	100	0	82	48	24	26	0	1.51
188898--188924	14	1.9	14	100	0	54	22	18	29	29	1.97
189412--189459	5	9.6	5	100	0	96	41	0	58	0	0.98
190763--190799	16	2.3	16	100	0	74	35	21	37	5	1.77
192475--192508	5	6.8	5	96	0	59	23	0	76	0	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
192959--193048	25	3.5	24	77	18	92	14	38	26	20	1.91
193844--193985	58	2.4	58	98	0	275	16	34	19	29	1.94
193870--193962	25	3.4	25	68	21	78	12	35	20	31	1.90
198640--198731	5	18.4	5	100	0	184	0	41	39	19	1.52
200901--200943	5	8.6	5	100	0	86	0	62	0	37	0.95
207329--207353	5	5.0	5	100	0	50	0	80	0	20	0.72
211122--211148	5	5.4	5	100	0	54	0	81	0	18	0.69
212637--212677	20	2.0	20	90	0	64	29	17	26	26	1.97
213379--213414	5	7.2	5	100	0	72	0	80	0	19	0.71
213472--213506	17	2.1	17	94	0	61	20	0	45	34	1.51
214625--214712	5	17.2	5	81	4	104	4	54	4	36	1.41
214630--214673	16	2.8	16	100	0	88	9	47	9	34	1.67
219607--219652	21	2.2	21	96	0	83	32	10	50	6	1.63
219839--219956	5	23.6	5	87	5	159	20	0	73	5	1.03
219839--219955	20	5.8	20	89	6	175	20	0	73	5	1.04
221634--221671	4	9.5	4	94	0	67	0	26	23	50	1.50
221892--221921	12	2.5	12	100	0	60	10	40	30	20	1.85
222402--222431	5	6.0	5	100	0	60	20	0	80	0	0.72
223295--223328	15	2.3	15	100	0	68	0	47	0	52	1.00
225054--225087	15	2.3	15	100	0	68	52	0	47	0	1.00
225060--225093	15	2.3	15	89	0	50	55	2	41	0	1.15
225445--225470	12	2.2	12	100	0	52	7	15	7	69	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
225517--225548	4	8.0	4	100	0	64	50	25	25	0	1.50
227513--227630	16	6.8	16	82	17	146	10	46	10	33	1.71
227495--227582	21	4.2	21	100	0	176	9	48	9	32	1.66
228261--228288	5	5.6	5	100	0	56	35	0	64	0	0.94
229736--229809	5	14.8	5	100	0	148	0	81	0	18	0.70
232353--232393	5	8.2	5	94	0	73	39	21	0	39	1.54
232714--232762	5	9.8	5	100	0	98	20	0	79	0	0.73
236485--236526	16	2.6	16	96	0	75	14	21	33	30	1.93
240784--240839	5	11.2	5	100	0	112	0	60	39	0	0.97
241065--241292	76	3.0	76	100	0	456	31	25	25	18	1.97
241393--241418	5	5.2	5	100	0	52	19	0	80	0	0.71
245238--245271	15	2.3	15	100	0	68	52	0	47	0	1.00
245244--245277	15	2.3	15	89	0	50	55	2	41	0	1.15
245503--245533	15	2.1	15	100	0	62	16	19	45	19	1.86
245724--245829	51	2.1	51	100	0	212	20	31	33	14	1.92
249338--249373	5	7.2	5	100	0	72	0	80	0	19	0.71
250145--250252	4	27.0	4	100	0	216	50	25	25	0	1.50
252513--252605	25	3.4	25	68	21	78	31	20	35	12	1.90
252490--252631	58	2.4	58	98	0	275	29	19	34	16	1.94
252540--252631	33	3.0	33	64	23	92	30	18	34	16	1.93
253427--253516	25	3.5	25	76	18	94	20	26	38	14	1.91
253967--253992	5	5.2	5	100	0	52	0	80	0	19	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
256973--257003	5	6.2	5	92	0	53	0	77	0	22	0.77
258212--258300	40	2.2	40	97	0	169	30	16	38	14	1.89
258909--258965	5	11.4	5	100	0	114	0	80	0	19	0.71
258996--259036	12	3.4	12	87	9	57	56	43	0	0	0.99
258988--259032	16	2.8	16	93	3	72	57	42	0	0	0.98
259917--260063	16	8.8	16	70	15	91	6	51	6	35	1.53
259933--260082	5	29.4	5	77	6	149	5	53	4	36	1.45
259917--260037	21	5.6	21	78	13	102	5	52	6	35	1.52
259933--260032	36	2.8	36	93	1	164	6	53	5	36	1.48
259974--260072	26	3.8	26	77	6	121	6	52	5	36	1.48
259917--260016	31	3.1	31	83	13	137	5	53	7	35	1.50
259917--259990	31	2.4	31	97	0	139	4	52	6	36	1.47
261803--261844	5	8.4	5	100	0	84	21	0	78	0	0.75
262369--262436	4	17.0	4	100	0	136	0	25	25	50	1.50
262764--262825	20	3.4	20	66	25	64	37	25	17	19	1.94
263465--263495	13	2.4	13	94	0	53	32	12	45	9	1.75
264001--264041	12	3.4	12	87	9	57	56	43	0	0	0.99
263993--264037	16	2.8	16	93	3	72	57	42	0	0	0.98

Tables:   1   2

The End!