123.fas.2.7.7.80.10.50.500.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: KX171639
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  264483

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 226 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
352--376	5	5.0	5	100	0	50	20	0	80	0	0.72
1116--1192	33	2.3	33	100	0	154	48	19	20	11	1.80
1394--1432	20	1.9	21	89	5	62	12	53	10	23	1.69
2170--2325	75	2.1	75	96	1	296	27	18	28	25	1.98
2765--2824	4	15.0	4	100	0	120	25	25	50	0	1.50
7631--7661	5	6.2	5	100	0	62	22	0	77	0	0.77
8128--8155	12	2.3	12	100	0	56	53	7	25	14	1.66
9244--9276	16	2.1	16	100	0	66	36	30	12	21	1.90
10161--10239	37	2.1	37	100	0	158	35	12	31	20	1.90
12055--12088	5	6.8	5	100	0	68	17	0	82	0	0.67
12259--12299	20	2.0	20	100	0	82	14	29	21	34	1.93
13472--13505	4	9.0	4	87	12	54	0	26	23	50	1.50
13475--13502	14	2.0	14	100	0	56	0	28	21	50	1.49
13922--14076	79	2.0	79	100	0	310	15	24	25	34	1.94
14084--14123	12	3.3	12	92	0	71	7	20	7	65	1.43
14444--14680	79	3.0	79	100	0	474	16	24	25	34	1.95
15107--15146	12	3.3	12	92	0	71	7	20	7	65	1.43
17177--17274	36	2.7	36	100	0	196	21	16	27	34	1.95
18144--18205	5	12.4	5	100	0	124	19	0	80	0	0.71
22206--22235	14	2.1	14	93	0	51	33	30	20	16	1.94
22439--22465	5	5.4	5	100	0	54	18	0	81	0	0.69
24581--24689	34	3.0	34	78	12	128	20	33	24	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26062--26224	47	3.4	47	90	7	267	18	34	28	18	1.95
26664--26725	5	12.4	5	100	0	124	19	0	80	0	0.71
28088--28130	21	2.0	22	90	4	70	11	13	30	44	1.80
28364--28520	87	1.9	85	85	6	221	32	26	17	22	1.97
29578--29615	20	2.0	19	85	10	51	18	26	31	23	1.97
31928--31993	9	7.4	9	78	16	59	22	10	66	0	1.22
31928--31994	5	15.0	5	87	12	60	22	11	65	0	1.25
31933--31994	18	3.6	18	85	12	67	22	12	64	0	1.27
33069--33111	8	5.4	8	100	0	86	11	11	11	65	1.49
33352--33377	5	5.2	5	100	0	52	0	80	0	19	0.71
38855--38908	16	3.8	16	72	27	66	7	50	7	35	1.59
38850--38909	26	2.3	26	100	0	120	6	50	6	36	1.55
38850--38892	5	8.4	5	79	5	50	4	53	4	37	1.43
39060--39151	5	18.2	5	90	2	148	2	57	2	38	1.23
39291--39341	5	10.2	5	100	0	102	0	60	0	39	0.97
39100--39490	190	2.0	192	91	4	612	18	31	15	34	1.92
39497--39528	12	2.7	12	100	0	64	9	15	9	65	1.46
40345--40392	22	2.1	24	88	7	73	31	31	6	31	1.82
40706--40786	4	20.2	4	100	0	162	49	0	50	0	1.00
41418--41459	18	2.3	18	87	4	57	19	11	52	16	1.74
41577--41603	5	5.4	5	100	0	54	18	0	81	0	0.69
41809--41840	4	8.0	4	100	0	64	50	25	25	0	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42087--42119	5	6.6	5	100	0	66	0	78	0	21	0.75
43066--43107	21	2.0	21	95	0	75	42	4	30	21	1.73
43193--43240	20	2.4	20	92	0	78	41	27	10	20	1.85
43315--43357	21	2.0	21	95	0	77	44	18	20	16	1.87
43847--43903	18	3.2	18	76	14	64	22	24	26	26	2.00
45327--45359	17	1.9	17	100	0	66	36	18	18	27	1.94
45499--45527	13	2.2	13	100	0	58	6	51	13	27	1.66
47900--47947	17	2.8	17	84	6	62	52	0	8	39	1.32
47910--47949	12	3.3	12	83	10	55	55	0	5	40	1.22
49236--49272	5	7.4	5	93	0	65	18	0	78	2	0.87
49521--49581	18	3.7	18	66	20	51	6	32	3	57	1.41
49591--49642	12	4.7	12	81	18	76	7	17	7	67	1.39
49593--49638	20	2.3	20	100	0	92	8	15	8	67	1.41
50614--50642	5	5.8	5	100	0	58	0	79	0	20	0.74
51087--51131	4	11.2	4	85	0	63	4	26	2	66	1.22
51085--51156	16	4.6	16	84	3	94	8	26	4	61	1.43
51146--51173	14	2.0	14	100	0	56	14	28	7	50	1.69
51135--51331	109	1.8	109	100	0	394	18	25	13	42	1.87
51255--51282	14	2.0	14	100	0	56	14	28	7	50	1.69
51526--51617	4	23.0	4	100	0	184	0	25	25	50	1.50
51778--51802	5	5.0	5	100	0	50	20	0	80	0	0.72
52685--52721	5	7.4	5	100	0	74	0	59	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53805--53843	16	2.5	16	87	4	62	38	12	38	10	1.78
55719--55773	23	2.5	22	78	3	56	18	21	43	16	1.88
60720--60749	5	6.0	5	100	0	60	20	0	80	0	0.72
71093--71189	47	2.1	47	96	0	176	20	35	29	14	1.92
72101--72129	5	5.8	5	100	0	58	0	79	0	20	0.74
73286--73383	5	19.6	5	100	0	196	0	40	0	59	0.98
75211--75249	20	2.1	18	86	13	53	12	28	43	15	1.83
76234--76313	4	20.0	4	100	0	160	0	25	25	50	1.50
76970--77003	5	6.8	5	100	0	68	0	79	0	20	0.73
77219--77330	45	2.5	45	91	2	174	19	22	40	17	1.92
79887--79931	21	2.1	21	87	0	63	40	44	8	6	1.62
80361--80421	5	12.2	5	100	0	122	0	60	0	39	0.97
80772--80822	26	2.0	26	84	7	68	19	37	15	27	1.92
80956--80994	20	2.0	19	85	5	51	17	43	12	25	1.85
80951--80998	25	2.0	24	83	4	60	18	43	12	25	1.85
81095--81154	5	12.0	5	100	0	120	20	0	80	0	0.72
82130--82187	5	11.4	5	85	3	80	3	56	3	36	1.33
86920--86976	16	3.6	16	100	0	114	31	10	47	10	1.72
88464--88543	32	2.5	32	95	0	142	27	25	25	22	2.00
88552--88593	20	2.1	20	100	0	84	38	9	33	19	1.84
89669--89705	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
89890--89915	13	2.0	13	100	0	52	53	0	46	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90895--90990	4	24.0	4	100	0	192	25	25	0	50	1.50
92430--92480	8	6.4	8	100	0	102	11	13	11	62	1.54
93440--93542	40	2.6	40	100	0	206	27	26	30	16	1.97
97440--97491	27	2.0	26	92	3	86	11	34	21	32	1.89
97782--97869	38	2.3	38	86	0	113	20	23	21	34	1.97
100063--100094	5	6.4	5	100	0	64	18	0	81	0	0.70
101620--101647	5	5.6	5	100	0	56	21	0	78	0	0.75
102153--102630	79	6.1	79	98	0	920	15	24	24	34	1.95
102811--102867	23	2.5	23	85	0	78	28	21	40	10	1.86
103996--104079	44	1.9	44	92	0	141	46	20	30	2	1.63
104123--104189	25	2.8	24	90	2	98	35	17	17	28	1.93
104123--104195	24	3.0	24	84	9	94	36	16	19	27	1.93
104191--104253	33	1.9	33	90	3	101	14	15	36	33	1.88
104816--104880	27	2.4	28	80	12	66	13	40	21	24	1.90
105155--105317	53	3.0	53	94	3	272	25	38	20	15	1.92
105190--105283	30	3.4	30	64	19	85	27	39	18	14	1.90
110121--110153	15	2.2	15	94	0	57	6	54	18	21	1.64
111763--111810	22	2.2	22	100	0	96	8	25	8	58	1.55
112416--112444	5	5.8	5	100	0	58	0	79	0	20	0.74
116265--116293	5	5.8	5	100	0	58	17	0	82	0	0.66
116638--116866	25	9.4	25	76	8	193	20	15	52	11	1.74
116663--116802	46	3.0	46	85	4	163	22	17	50	9	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116638--116866	50	4.7	50	82	6	274	20	15	52	11	1.74
116638--116866	96	2.3	98	85	5	286	20	15	52	11	1.74
117900--118081	31	5.9	31	95	0	283	28	23	31	17	1.96
118279--118379	37	2.8	37	93	1	168	34	0	49	15	1.45
118523--118569	17	2.8	16	87	6	58	0	44	17	38	1.48
118528--118566	11	3.5	11	89	3	60	0	41	17	41	1.50
123449--123509	24	2.5	24	100	0	122	18	24	39	18	1.92
123672--123716	22	2.0	22	100	0	90	31	33	13	22	1.92
126945--126978	5	6.8	5	100	0	68	20	0	79	0	0.73
131219--131261	21	2.0	22	90	4	70	44	30	13	11	1.80

Tables:   1   2