123.fas.2.7.7.80.10.50.500.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: KX171638
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  364070

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 257 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
160407--160451	21	2.1	21	100	0	90	8	48	8	33	1.65
162595--162633	16	2.4	16	91	0	69	35	15	33	15	1.89
168792--168821	15	2.0	15	100	0	60	13	13	33	40	1.83
170919--171120	96	2.1	96	95	0	359	21	30	12	35	1.91
171145--171194	21	2.4	21	82	0	64	10	20	26	44	1.82
173451--173501	26	2.0	25	85	11	68	17	11	49	21	1.79
175710--175801	50	1.9	46	100	0	148	26	36	17	19	1.94
179705--179740	5	7.2	5	100	0	72	0	80	0	19	0.71
180154--180243	24	3.8	24	85	8	130	35	18	32	13	1.90
180749--180782	15	2.3	15	100	0	68	0	47	0	52	1.00
180822--180855	5	6.8	5	93	0	59	20	55	20	2	1.56
180822--180858	15	2.5	15	95	0	65	18	56	18	5	1.60
181055--181094	21	1.9	21	89	0	62	17	40	27	15	1.89
181453--181494	5	8.4	5	100	0	84	0	61	0	38	0.96
183079--183144	5	13.2	5	96	0	123	19	0	78	1	0.82
184152--184181	15	2.0	15	100	0	60	33	33	33	0	1.58
184375--184399	5	5.0	5	100	0	50	0	80	0	20	0.72
186732--186777	24	1.9	24	100	0	92	21	26	30	21	1.99
186901--186968	4	17.0	4	100	0	136	0	25	25	50	1.50
195670--195717	14	3.4	14	73	21	55	4	31	4	60	1.35
195670--195723	28	1.9	28	100	0	108	7	29	3	59	1.42
195681--195749	14	4.9	14	73	3	59	11	27	4	56	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
195670--195731	28	2.2	28	94	0	106	6	30	4	58	1.44
196140--196201	5	12.0	5	84	5	79	1	24	54	19	1.53
196136--196201	26	2.6	26	85	4	91	3	22	56	18	1.55
197892--197953	4	14.0	4	75	18	52	3	29	3	64	1.25
197892--197953	28	2.3	26	89	10	106	3	29	3	64	1.25
197914--197953	18	2.2	18	86	0	53	5	27	2	65	1.27
200057--200098	18	2.3	19	88	8	61	19	45	16	19	1.86
201961--201991	5	6.2	5	100	0	62	0	80	0	19	0.71
203345--203383	13	3.2	12	86	10	53	56	43	0	0	0.99
203349--203385	17	2.3	15	90	9	56	51	48	0	0	1.00
203399--203486	4	22.0	4	100	0	176	50	25	25	0	1.50
208222--208271	5	10.0	5	91	0	73	14	20	46	20	1.84
208222--208271	15	3.3	15	91	0	82	14	20	46	20	1.84
209811--209835	5	5.0	5	100	0	50	20	0	80	0	0.72
212404--212482	5	15.6	5	89	2	122	36	2	58	2	1.25
213595--213624	5	6.0	5	100	0	60	0	80	0	20	0.72
218119--218546	32	13.4	32	100	0	856	18	27	28	24	1.98
219985--220058	26	2.8	26	91	0	112	20	27	33	18	1.96
221768--221844	37	2.1	38	85	7	104	20	24	27	27	1.99
222629--222742	5	22.8	5	100	0	228	20	0	60	19	1.36
227052--227077	5	5.2	5	100	0	52	0	80	0	19	0.71
232762--232858	47	2.0	48	94	2	169	18	26	32	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
232844--232973	40	3.1	40	87	12	206	22	20	33	23	1.97
232844--232974	46	3.0	45	93	6	218	22	20	32	24	1.98
233554--233647	4	23.5	4	100	0	188	48	25	25	0	1.51
237168--237206	5	7.8	5	100	0	78	20	0	79	0	0.73
239447--239492	4	11.5	4	100	0	92	76	0	23	0	0.79
240448--240480	3	11.0	3	100	0	66	33	0	66	0	0.92
240963--241022	4	15.0	4	100	0	120	50	25	25	0	1.50
244231--244266	5	7.2	5	100	0	72	0	80	0	19	0.71
245005--245039	14	2.4	14	90	4	52	45	17	17	20	1.85
245666--245711	24	1.9	24	90	0	74	23	19	39	17	1.92
245962--246289	133	2.5	128	71	11	333	28	29	17	24	1.97
249133--249173	14	2.9	14	92	3	64	34	14	7	43	1.73
249143--249198	20	2.8	20	86	0	76	39	8	10	41	1.71
249161--249346	20	9.2	20	70	16	80	41	4	9	43	1.59
249168--249266	30	3.2	32	78	5	89	43	5	11	40	1.62
249201--249528	2	169.0	2	68	5	154	43	6	7	42	1.59
249180--249528	16	21.9	16	69	12	173	43	6	8	41	1.61
251393--251427	5	7.0	5	100	0	70	20	0	80	0	0.72
256609--256655	4	11.8	4	77	8	51	72	0	21	6	1.07
259261--259287	14	1.9	14	100	0	54	29	29	7	33	1.85
259329--259380	5	10.4	5	95	0	86	36	0	63	0	0.95
259522--259550	12	2.4	12	100	0	58	13	27	6	51	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
260080--260104	5	5.0	5	100	0	50	20	0	80	0	0.72
260308--260405	41	2.4	41	98	0	187	17	30	31	20	1.95
262903--263017	50	2.3	50	98	0	221	22	24	28	24	1.99
263972--264039	4	17.0	4	100	0	136	0	25	25	50	1.50
264367--264428	20	3.4	20	66	25	64	37	25	17	19	1.94
265068--265098	13	2.4	13	94	0	53	32	12	45	9	1.75
265604--265644	12	3.4	12	87	9	57	56	43	0	0	0.99
265596--265640	16	2.8	16	93	3	72	57	42	0	0	0.98
267526--267558	14	2.4	14	100	0	66	12	36	51	0	1.39
268902--268954	5	10.6	5	100	0	106	37	0	62	0	0.96
271359--271392	15	2.3	15	100	0	68	52	0	47	0	1.00
271365--271398	15	2.3	15	89	0	50	55	2	41	0	1.15
271972--272013	4	10.2	4	94	5	75	0	26	0	73	0.83
272327--272381	5	11.0	5	100	0	110	0	60	0	40	0.97
275346--275396	25	2.0	26	92	3	86	39	33	19	7	1.81
279256--279334	34	2.5	30	77	15	86	18	27	12	40	1.87
281755--281783	14	2.1	14	100	0	58	27	37	6	27	1.82
286512--286585	33	2.2	33	87	0	112	18	21	25	33	1.96
287562--287595	15	2.2	16	94	5	61	20	23	29	26	1.99
288906--288973	22	3.1	22	97	0	127	35	13	27	23	1.92
290187--290228	18	2.3	18	87	4	57	16	52	11	19	1.74
291877--291906	5	6.0	5	92	0	51	0	63	0	36	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
291878--291906	15	1.9	15	100	0	58	0	65	0	34	0.93
292642--292715	4	18.5	4	100	0	148	0	25	25	48	1.51
298812--298845	16	2.1	16	94	0	59	8	32	17	41	1.80
299106--299197	5	18.4	5	100	0	184	19	39	41	0	1.52
301203--301260	5	11.6	5	100	0	116	37	62	0	0	0.96
301961--302073	44	2.6	44	97	0	208	34	17	29	18	1.94
303243--303272	13	2.3	13	100	0	60	13	40	30	16	1.87
303376--303414	4	10.0	4	84	15	55	0	51	28	20	1.48
303376--303414	15	2.5	16	95	4	71	0	51	28	20	1.48
311169--311255	5	17.2	5	87	2	129	3	55	2	39	1.30
311213--311270	16	3.7	16	79	4	73	6	53	6	32	1.54
311203--311270	31	2.4	26	76	21	82	5	54	5	33	1.49
311306--311339	14	2.4	14	100	0	68	20	5	35	38	1.77
312544--312630	42	2.1	42	100	0	174	18	43	13	24	1.86
312824--312865	5	8.4	5	100	0	84	40	0	59	0	0.97
313406--313454	5	10.0	5	93	2	82	0	16	40	42	1.48
316119--316147	12	2.4	12	100	0	58	10	17	0	72	1.11
316392--316503	26	4.5	26	86	13	182	35	5	53	5	1.47
316378--316485	5	21.2	5	84	3	144	37	3	55	3	1.35
316655--316679	5	5.0	5	100	0	50	0	80	0	20	0.72
318934--318967	15	2.3	15	100	0	68	52	0	47	0	1.00
318940--318973	15	2.3	15	89	0	50	55	2	41	0	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
321621--321654	5	6.8	5	100	0	68	0	82	0	17	0.67
323228--323389	79	2.1	79	100	0	324	16	25	23	33	1.96
326903--326980	41	1.9	41	100	0	156	19	25	26	28	1.99
327160--327194	5	7.0	5	100	0	70	20	0	80	0	0.72
329230--329272	22	2.0	22	100	0	86	37	13	32	16	1.88
329563--329621	5	11.8	5	100	0	118	18	0	81	0	0.69
330918--330942	5	5.0	5	100	0	50	0	80	0	20	0.72
330995--331026	5	6.4	5	100	0	64	0	81	0	18	0.70
332158--332191	5	6.8	5	96	0	59	0	35	0	64	0.94
332430--332459	14	2.1	14	100	0	60	13	13	63	10	1.52

Tables:   1   2   3