123.fas.2.7.7.80.10.50.500.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: KX171638
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  364070

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 257 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26--64	5	7.8	5	94	0	69	2	76	0	20	0.90
109--170	4	15.5	4	100	0	124	51	24	24	0	1.48
2565--2593	5	5.8	5	100	0	58	0	79	0	20	0.74
4631--4727	47	2.1	47	94	0	167	20	32	32	13	1.91
4882--4934	25	2.1	25	82	6	63	11	43	26	18	1.84
6338--6383	24	1.9	24	82	8	58	28	30	23	17	1.97
6642--6674	16	2.1	16	94	0	57	57	42	0	0	0.98
7504--7547	4	11.0	4	100	0	88	75	0	25	0	0.81
13019--13062	18	2.4	18	96	0	79	15	15	38	29	1.89
17292--17332	5	8.2	5	94	0	64	34	0	65	0	0.93
21753--21840	4	22.0	4	100	0	176	0	25	25	50	1.50
22286--22345	4	15.0	4	100	0	120	50	25	25	0	1.50
22680--22714	18	1.9	18	88	0	52	14	25	28	31	1.95
25881--25962	41	1.9	43	90	9	132	28	15	36	19	1.93
26346--26379	5	6.8	5	100	0	68	20	0	79	0	0.73
29816--29843	14	2.0	14	100	0	56	21	35	28	14	1.92
33423--33596	8	21.8	8	77	9	158	47	2	9	39	1.51
33412--33798	12	32.2	12	73	8	169	43	7	7	41	1.62
33412--33777	20	18.3	20	74	7	163	43	7	7	41	1.62
33412--33798	16	24.2	16	74	3	206	43	7	7	41	1.62
33517--33735	8	27.4	8	73	10	108	40	10	5	43	1.62
42618--42650	17	1.9	17	93	0	57	36	21	24	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52478--52511	17	2.0	17	100	0	68	11	29	17	41	1.85
60722--60761	5	8.0	5	94	0	71	2	77	0	20	0.88
61289--61360	5	14.4	5	88	0	90	20	26	0	52	1.47
61289--61356	15	4.5	15	86	0	100	20	26	0	52	1.46
61780--61811	5	6.4	5	100	0	64	0	81	0	18	0.70
65630--65687	4	15.0	4	89	7	93	74	0	25	0	0.82
66066--66222	57	2.7	57	94	5	260	27	26	26	19	1.99
67094--67165	5	14.4	5	88	0	90	20	26	0	52	1.47
67094--67161	15	4.5	15	86	0	100	20	26	0	52	1.46
67585--67616	5	6.4	5	100	0	64	0	81	0	18	0.70
71274--71339	12	5.3	12	87	7	60	50	0	15	34	1.44
71282--71339	6	9.3	6	88	7	89	48	0	17	34	1.47
71266--71338	20	3.8	19	85	8	94	49	1	15	34	1.53
71266--71328	26	2.4	26	91	0	99	50	1	12	34	1.50
71423--71490	10	6.6	10	73	18	50	39	5	13	41	1.68
71421--71463	12	3.6	12	80	0	59	41	2	16	39	1.61
71545--71686	16	8.6	16	71	6	77	41	8	6	43	1.60
71721--71762	19	2.3	18	95	4	75	52	0	0	47	1.00
71581--71853	2	138.5	2	68	2	122	41	5	7	46	1.55
72932--72979	6	7.5	6	77	13	51	52	0	14	33	1.42
72911--73056	4	37.0	4	73	5	64	43	8	6	41	1.63
73108--73156	12	3.9	12	76	10	53	34	16	4	44	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73115--73145	14	2.2	14	100	0	62	35	19	0	45	1.51
73109--73151	20	2.2	20	86	0	59	34	16	2	46	1.60
73160--73257	6	16.5	6	69	17	53	44	4	11	39	1.59
73147--73194	12	3.8	12	81	10	60	41	2	16	39	1.60
73147--73266	14	8.4	14	74	13	84	44	4	10	40	1.59
73153--73251	8	12.5	8	71	6	58	44	4	11	40	1.59
73167--73262	10	9.3	10	78	4	84	44	5	9	40	1.59
74064--74132	4	17.2	4	100	0	138	0	24	50	24	1.49
74630--74654	4	6.2	4	100	0	50	0	24	0	76	0.80
76144--76187	17	2.6	17	100	0	88	34	25	22	18	1.96
80149--80194	23	2.0	23	87	8	67	43	10	32	13	1.78
81026--81055	14	2.1	14	100	0	60	26	36	10	26	1.88
82862--82926	4	16.2	4	100	0	130	0	26	24	49	1.51
83205--83370	90	1.8	90	100	0	332	16	15	30	37	1.90
84798--84859	5	12.4	5	89	0	97	0	79	4	16	0.90
87736--87790	5	11.0	5	100	0	110	0	20	80	0	0.72
87998--88132	5	27.0	5	100	0	270	0	40	40	20	1.52
93369--93400	17	1.9	17	93	6	57	40	34	0	25	1.56
94438--94467	12	2.5	12	100	0	60	20	20	13	46	1.83
95324--95348	5	5.0	5	100	0	50	0	80	0	20	0.72
98299--98371	5	14.6	5	94	5	130	38	0	61	0	0.96
100457--100496	12	3.2	12	89	3	53	0	0	40	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100519--100560	5	8.4	5	100	0	84	19	0	80	0	0.70
103575--103621	18	2.3	21	79	20	64	31	17	8	42	1.79
103565--103621	24	2.4	24	81	0	69	31	19	7	42	1.78
103543--103605	4	16.2	4	72	18	53	30	23	1	44	1.63
103585--103629	20	2.4	18	85	7	54	33	13	15	37	1.86
105501--105559	6	9.8	6	73	0	55	45	3	16	33	1.64
105509--105558	18	2.8	18	96	0	91	44	4	18	34	1.68
108143--108273	5	25.6	5	81	4	154	35	4	54	4	1.41
108198--108226	11	2.6	11	100	0	58	31	13	41	13	1.84
108152--108261	57	1.9	57	100	0	220	36	5	52	5	1.48
110474--110504	5	6.2	5	100	0	62	19	0	80	0	0.71
111809--111848	5	8.0	5	100	0	80	20	0	80	0	0.72
112179--112216	19	2.0	19	100	0	76	26	21	15	36	1.93
113193--113233	20	2.0	20	100	0	82	34	21	19	24	1.97
114184--114246	12	5.6	12	85	14	98	66	7	17	7	1.41
114184--114245	32	1.9	32	100	0	124	67	8	16	8	1.39
114188--114233	20	2.3	20	100	0	92	67	8	15	8	1.41
117608--117639	5	6.4	5	100	0	64	21	0	78	0	0.76
119032--119065	17	2.0	17	100	0	68	47	11	17	23	1.81
122775--122808	15	2.3	15	100	0	68	52	0	47	0	1.00
122781--122814	15	2.3	15	89	0	50	55	2	41	0	1.15
125462--125495	5	6.8	5	100	0	68	0	82	0	17	0.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127069--127230	79	2.1	79	100	0	324	16	25	23	33	1.96
130744--130821	41	1.9	41	100	0	156	19	25	26	28	1.99
131001--131035	5	7.0	5	100	0	70	20	0	80	0	0.72
133072--133114	22	2.0	22	100	0	86	37	13	32	16	1.88
133405--133463	5	11.8	5	100	0	118	18	0	81	0	0.69
134760--134784	5	5.0	5	100	0	50	0	80	0	20	0.72
134837--134868	5	6.4	5	100	0	64	0	81	0	18	0.70
136001--136034	5	6.8	5	96	0	59	0	35	0	64	0.94
136273--136302	14	2.1	14	100	0	60	13	13	63	10	1.52
136538--136567	15	2.0	15	93	0	51	26	13	23	36	1.92
139553--139616	4	16.0	4	100	0	128	0	25	25	50	1.50
140419--140452	5	6.8	5	100	0	68	38	0	61	0	0.96
141000--141029	5	6.0	5	100	0	60	0	80	0	20	0.72
142020--142113	4	23.5	4	100	0	188	51	24	24	0	1.49
142528--142557	15	2.0	15	93	0	51	26	36	20	16	1.93
142643--142681	5	7.8	5	100	0	78	0	79	0	20	0.73
143906--143932	5	5.4	5	100	0	54	0	0	62	37	0.95
144560--144588	12	2.4	12	100	0	58	13	27	6	51	1.66
145605--145645	19	2.2	19	90	0	64	46	7	12	34	1.69
146290--146314	6	4.2	6	100	0	50	32	36	0	32	1.58
148453--148595	5	27.8	5	77	5	142	5	53	5	35	1.48
148455--148600	26	6.0	26	83	16	215	6	51	6	34	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
149029--149083	5	11.0	5	100	0	110	80	20	0	0	0.72
149903--149938	12	3.0	12	83	0	54	63	11	13	11	1.51
149964--149990	13	2.1	13	100	0	54	0	85	0	14	0.61
150063--150092	14	2.1	14	100	0	60	26	40	6	26	1.81
150660--150702	21	2.0	22	90	4	70	44	30	13	11	1.80
152603--152642	12	3.2	12	89	3	53	0	0	40	60	0.97
152665--152691	5	5.4	5	100	0	54	18	0	81	0	0.69
155763--155792	5	6.0	5	100	0	60	0	80	0	20	0.72
160424--160483	16	3.8	16	95	0	111	10	48	10	31	1.70
160407--160465	16	3.1	20	79	20	81	10	49	10	30	1.70

Tables:   1   2   3