123.fas.2.7.7.80.10.50.500.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NC_065260
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  369673

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
803--929	35	3.6	35	96	0	227	11	29	33	25	1.90
1484--1610	35	3.6	35	96	0	227	25	33	29	11	1.90
3385--3409	5	5.0	5	100	0	50	60	0	20	20	1.37
5567--5731	64	2.6	64	98	0	312	24	32	28	14	1.95
5736--5764	9	3.2	9	100	0	58	20	0	58	20	1.39
6407--6442	17	2.1	17	94	0	63	44	19	11	25	1.83
7774--7830	23	2.5	22	82	5	69	45	12	19	22	1.83
7864--7948	35	2.4	35	94	0	143	10	28	34	27	1.90
8616--8644	9	3.2	9	100	0	58	20	0	58	20	1.39
9623--9878	43	6.0	43	96	0	458	21	23	43	11	1.85
11986--12118	35	3.8	35	94	1	223	25	33	30	10	1.90
12116--12169	9	6.0	9	91	0	90	18	0	70	11	1.16
12120--12169	18	2.8	18	100	0	100	18	0	70	12	1.17
13098--13267	79	2.2	79	90	2	270	24	22	40	12	1.88
14418--14527	40	2.8	40	97	0	211	16	36	22	24	1.94
16212--16260	24	2.0	24	88	0	71	26	24	14	34	1.94
20123--20281	70	2.3	71	92	1	257	16	34	38	10	1.82
20624--20670	9	5.2	9	94	0	85	21	0	59	19	1.38
20680--20736	31	2.0	30	86	13	84	26	22	35	15	1.94
23782--23819	9	4.2	9	100	0	76	21	57	0	21	1.40
23818--24030	34	6.2	34	99	0	417	8	32	29	29	1.88
27249--27302	21	2.6	21	93	0	90	33	16	11	38	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27440--27520	37	2.2	37	100	0	162	29	28	28	13	1.94
28320--28384	34	1.9	34	100	0	130	9	32	30	27	1.88
29993--30061	35	2.0	35	100	0	138	34	8	8	47	1.65
30299--30343	9	5.0	9	86	0	63	11	68	0	20	1.19
30347--30550	35	5.9	35	96	1	358	10	30	32	26	1.90
30341--30563	104	2.1	103	89	4	358	10	30	31	27	1.90
30722--30769	23	2.1	23	96	0	87	27	14	29	29	1.95
31923--31991	35	2.0	35	100	0	138	47	8	8	34	1.65
32758--32899	35	4.1	35	94	1	259	10	30	32	26	1.90
32765--32904	69	2.0	69	100	0	280	10	30	32	27	1.89
33836--33943	48	2.3	47	98	0	189	18	29	39	12	1.87
34383--34420	9	4.2	9	100	0	76	21	57	0	21	1.40
34544--34590	9	5.2	9	94	0	85	19	59	0	21	1.38
34383--34695	171	1.8	169	95	1	563	15	36	23	24	1.93
34596--34952	64	5.6	64	98	0	678	15	28	31	24	1.95
36654--36884	35	6.6	35	97	0	419	25	33	29	10	1.90
36888--36959	9	8.0	9	95	0	117	19	0	68	12	1.21
37909--37944	9	4.0	9	92	0	63	22	0	63	13	1.29
37910--37947	18	2.1	18	100	0	76	21	0	63	15	1.31
37936--38052	36	3.1	36	80	13	144	23	25	38	12	1.90
38032--38157	35	3.6	35	95	0	216	26	33	29	11	1.91
42038--42138	35	2.9	35	100	0	202	25	33	29	10	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43302--43469	39	4.3	39	100	0	336	15	38	21	25	1.92
43476--43618	35	4.1	35	97	0	259	11	30	32	25	1.91
44529--44804	37	7.8	37	78	12	328	40	10	10	38	1.73
44536--44804	68	3.9	68	83	3	243	41	10	10	37	1.74
44603--44721	31	3.6	31	71	16	114	35	10	9	44	1.72
44497--44805	105	3.0	103	84	9	387	39	10	10	39	1.74
46492--46675	39	4.8	39	97	2	347	25	22	36	15	1.93
47997--48094	51	1.9	51	83	6	126	22	19	41	16	1.90
47967--48190	26	8.6	27	69	14	105	20	18	42	17	1.89
49783--49812	9	3.3	9	100	0	60	20	56	0	23	1.42
50310--50569	35	7.5	35	97	0	459	26	33	29	10	1.90
50539--50825	64	4.5	64	99	0	565	25	31	28	14	1.95
51489--51526	9	4.2	9	93	0	67	18	60	0	21	1.36
52489--52559	31	2.2	32	92	2	126	38	7	9	45	1.65
52537--52744	37	5.8	37	84	8	304	41	10	10	37	1.72
52474--52735	105	2.5	105	95	0	443	39	9	10	40	1.72
52544--52744	68	2.8	71	80	11	245	42	9	10	37	1.73
52962--52999	9	4.2	9	89	0	58	18	0	63	18	1.32
56343--56406	33	1.9	33	87	0	92	9	32	29	28	1.88
56626--56670	9	5.0	9	88	0	72	13	66	0	20	1.24
56674--56966	35	8.4	35	95	1	509	10	29	33	26	1.90
56674--56966	104	2.8	104	96	0	532	10	29	33	26	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56668--56966	139	2.2	139	97	1	564	10	30	32	27	1.90
59339--59429	34	2.7	34	89	1	139	29	29	34	6	1.83
60354--60457	35	3.0	35	100	0	208	34	8	8	48	1.65
61166--61221	25	2.3	25	84	9	71	41	21	26	10	1.86
62752--62984	35	6.7	35	97	0	430	25	33	29	11	1.90
62982--63035	9	6.0	9	91	0	90	18	0	70	11	1.16
62986--63035	18	2.8	18	100	0	100	18	0	70	12	1.17
65951--66089	72	1.9	71	95	1	251	20	25	22	30	1.98
67027--67064	19	2.0	19	100	0	76	36	10	10	42	1.74
68191--68254	33	1.9	33	83	0	83	9	32	31	26	1.88
69951--70086	43	3.3	43	80	19	196	25	26	33	14	1.94
71340--71386	25	2.0	24	91	8	78	27	27	27	17	1.97
71626--71692	34	2.0	34	100	0	134	8	31	29	29	1.88
72923--73108	86	2.2	86	97	0	345	25	22	37	13	1.92
73340--73658	146	2.2	146	97	2	593	24	24	36	14	1.93
74421--74487	34	2.0	34	100	0	134	8	31	29	29	1.88
74645--74717	40	1.9	38	86	10	105	13	36	21	27	1.92
75686--75749	33	1.9	33	83	0	83	26	31	32	9	1.88
78975--79038	33	1.9	33	93	0	110	7	34	31	26	1.85
80412--80480	35	2.0	35	100	0	138	47	8	8	34	1.65
85132--85176	9	5.0	9	97	0	81	11	68	0	20	1.19
85180--85369	35	5.4	35	97	0	344	11	28	33	26	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85167--85399	105	2.2	102	79	8	297	11	31	30	26	1.92
88960--89073	39	2.9	39	97	0	219	38	7	9	43	1.67
90025--90095	34	2.1	34	91	0	115	28	28	36	7	1.83
90305--90375	34	2.1	35	94	2	126	9	30	29	29	1.89
90367--91055	82	8.5	82	99	0	1336	15	35	23	25	1.94
90937--91005	22	3.2	22	62	4	59	11	36	24	27	1.90
92711--92849	44	3.2	44	100	0	278	35	9	13	41	1.77
93143--93331	35	5.4	35	97	0	342	26	33	28	11	1.91
93335--93380	9	5.0	9	89	5	74	19	0	69	10	1.17
93335--93380	19	2.5	18	92	3	74	19	0	69	10	1.17
93372--93441	36	1.9	36	91	8	115	24	24	35	15	1.94
94216--94305	35	2.6	35	87	1	137	27	31	31	10	1.89
94303--94365	9	7.0	9	92	0	108	19	0	69	11	1.17
95119--95235	43	2.9	40	86	10	168	35	5	13	45	1.68
95719--95756	18	2.1	19	90	5	60	28	31	28	10	1.90
96764--96826	33	1.9	33	100	0	126	28	28	36	6	1.82
97122--97199	27	2.9	27	81	7	104	3	46	11	38	1.59
98908--99045	46	3.0	46	100	0	276	23	26	36	13	1.91
99489--99546	21	2.8	21	92	2	91	17	22	44	15	1.86
102176--102276	43	2.4	41	83	9	123	23	29	33	12	1.92
102262--102442	35	5.2	35	100	0	362	25	34	28	11	1.90
103263--103320	10	5.2	10	77	18	53	27	18	24	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103252--103334	36	2.4	36	83	15	104	28	19	22	28	1.98
103285--103320	10	3.5	10	92	3	54	25	19	22	33	1.97
103546--103638	38	2.5	37	87	1	123	19	19	36	24	1.95
104557--104694	34	4.1	34	100	0	276	8	33	28	28	1.87
105276--105324	24	2.0	24	96	0	89	28	40	8	22	1.82
106073--106160	43	2.0	43	95	4	160	47	11	7	32	1.68
106299--106374	35	2.2	35	90	0	116	25	32	25	17	1.96
109651--109785	70	1.9	70	100	0	270	23	22	22	31	1.99
113656--113719	33	1.9	33	90	0	101	7	34	32	25	1.84
114081--114191	46	2.8	36	76	23	132	14	35	24	26	1.94

Tables:   1   2   3   4