123.fas.2.7.7.80.10.50.500.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NC_010303
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  414903

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 192 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
353--412	18	3.3	18	95	0	102	28	18	16	36	1.93
354--440	18	4.6	18	81	16	95	31	14	16	37	1.89
1162--1604	32	13.8	32	100	0	886	24	31	21	21	1.98
2067--2179	32	3.5	32	100	0	226	23	20	34	22	1.97
2458--2549	32	2.9	32	100	0	184	21	22	32	22	1.98
2779--2848	18	3.9	18	88	1	106	32	12	12	41	1.82
2779--2851	36	2.1	35	92	2	119	34	12	13	39	1.82
5256--5289	18	1.9	18	88	5	52	41	11	11	35	1.78
5843--5998	32	4.9	32	100	0	312	23	32	22	21	1.98
8680--9225	32	17.1	32	100	0	1092	21	21	31	24	1.98
14018--14111	32	2.9	32	100	0	188	22	22	31	23	1.98
17837--17905	22	3.1	22	97	0	129	33	15	26	24	1.95
18288--18382	29	3.3	29	73	2	102	23	22	21	33	1.97
18288--18417	57	2.4	57	92	5	214	25	21	20	33	1.97
18423--18659	58	4.1	58	93	3	372	29	13	17	39	1.88
18827--18950	64	1.9	64	98	0	239	29	19	18	33	1.96
18827--18971	64	2.4	60	90	7	224	28	18	17	35	1.94
19923--20119	32	6.2	32	100	0	394	22	21	31	24	1.98
21113--21143	15	2.1	15	93	0	53	25	48	22	3	1.66
28013--28255	110	2.3	104	83	7	283	37	16	20	25	1.93
29006--29086	32	2.5	32	100	0	162	23	19	35	20	1.96
29593--29634	21	2.1	19	91	8	66	14	9	14	61	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32160--32303	32	4.5	32	97	0	270	23	20	32	23	1.98
32601--32692	32	2.9	32	100	0	184	21	22	32	22	1.98
37531--37894	32	10.5	32	76	15	341	23	21	31	23	1.98
37543--37688	77	1.9	77	100	0	292	22	20	32	24	1.98
38262--38330	18	3.8	18	74	14	79	30	18	14	36	1.91
41381--41445	18	3.6	18	85	8	96	38	13	13	33	1.85
41381--41453	36	2.1	35	89	2	110	38	13	13	34	1.85
41845--41956	32	3.5	32	98	0	215	22	33	20	24	1.97
42526--42604	40	2.0	40	84	0	104	29	20	20	30	1.97
45788--45881	32	2.9	32	100	0	188	23	31	22	22	1.98
49200--49451	32	7.9	32	100	0	504	21	22	31	24	1.98
60196--60323	32	4.0	32	98	0	247	25	31	21	22	1.98
60419--60463	22	2.0	22	95	0	81	53	8	22	15	1.69
66323--66390	32	2.1	32	100	0	136	23	32	20	23	1.98
66737--67187	32	14.1	32	99	0	893	22	21	31	24	1.98
72923--73051	63	2.0	65	83	5	165	27	22	8	41	1.82
77956--78009	27	2.0	27	96	0	99	16	33	11	38	1.84
77961--78018	27	2.1	27	83	0	71	12	36	13	37	1.82
77800--78168	186	2.0	183	95	2	659	21	22	23	33	1.97
91583--91706	32	3.9	32	100	0	248	21	22	32	23	1.98
91751--92371	219	2.8	219	96	1	1117	26	18	21	34	1.96
92650--92786	32	3.9	32	76	22	148	21	22	32	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92725--92793	32	2.2	32	91	0	111	21	23	31	23	1.98
93403--93498	29	3.3	29	73	2	104	22	22	20	33	1.97
93403--93533	57	2.4	57	92	5	216	25	22	19	32	1.97
93539--93775	58	4.1	58	91	3	363	29	13	16	39	1.87
93830--94111	149	1.9	149	99	0	555	28	18	18	34	1.95
94285--94500	58	3.7	58	90	4	312	28	14	17	39	1.88
94285--94500	115	1.9	115	87	4	319	28	14	17	39	1.88
94589--94680	32	2.9	32	100	0	184	22	32	22	21	1.98
94815--94938	32	3.9	32	100	0	248	23	32	22	21	1.98
99458--99594	32	3.9	32	76	22	148	21	22	32	23	1.98
99533--99601	32	2.2	32	91	0	111	21	23	31	23	1.98
105045--105549	64	7.2	64	83	11	422	24	21	30	23	1.99
105045--105188	32	4.5	32	95	0	261	23	19	32	24	1.97
105172--105352	43	4.4	43	84	9	268	27	22	28	22	1.99
105215--105452	79	3.2	75	89	7	321	25	22	29	21	1.99
105337--105549	32	6.5	32	93	4	372	23	21	33	22	1.97
107564--107772	75	2.8	74	84	6	255	20	33	19	26	1.96
107533--107790	72	3.6	70	81	10	288	20	34	19	25	1.96
109679--110749	63	17.0	63	100	0	2142	41	11	11	36	1.76
125726--125765	21	2.0	19	90	9	62	15	10	15	60	1.60
125780--125826	18	2.6	18	89	0	76	34	14	14	36	1.88
126026--126082	13	4.5	13	71	20	57	31	15	26	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
129119--129444	64	4.8	64	76	16	330	23	21	30	24	1.99
129119--129262	32	4.5	32	95	0	261	23	19	32	24	1.97
129246--129348	43	2.4	43	95	0	188	27	21	30	21	1.98
129332--129444	32	3.5	32	100	0	226	23	20	34	22	1.97
130028--130151	32	3.9	32	100	0	248	21	22	32	23	1.98
135937--136156	32	6.9	32	100	0	440	24	31	22	21	1.98
138793--138971	99	1.8	99	98	0	349	47	8	18	24	1.77
140692--140748	32	1.9	29	83	16	73	22	24	33	19	1.97
151195--151228	18	1.9	18	88	5	52	41	11	11	35	1.78
151601--151905	32	9.5	32	100	0	610	23	32	21	22	1.98
158542--158598	32	1.9	29	83	16	73	22	24	33	19	1.97
158546--158790	136	1.8	136	100	0	490	22	20	29	27	1.99
158736--158884	77	1.9	77	98	0	289	19	22	26	32	1.97
158886--158950	32	2.0	32	96	0	121	23	32	21	23	1.98
166461--166584	32	3.9	32	100	0	248	21	22	32	23	1.98
166673--166916	128	1.9	129	88	4	366	29	21	18	30	1.97
167058--167242	99	1.9	99	93	2	318	27	27	21	23	1.99
167935--168028	32	2.9	32	100	0	188	22	22	31	23	1.98
171783--172546	32	23.9	32	100	0	1528	21	21	31	24	1.98
175979--176019	19	2.2	19	90	0	64	51	7	21	19	1.71
179614--179663	24	2.1	24	96	0	91	18	14	42	26	1.87
179889--180000	32	3.5	32	96	0	206	24	19	33	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
188696--188755	30	2.0	30	86	3	84	15	18	31	35	1.91
191275--191320	12	3.8	12	88	0	56	58	17	21	2	1.49
191275--191323	24	2.0	24	88	0	71	57	16	24	2	1.50
192007--192236	108	2.2	105	96	2	424	19	27	17	35	1.94
192962--193007	21	2.2	21	88	7	67	34	28	21	15	1.94
200995--201068	38	1.9	39	94	2	132	21	16	5	56	1.59
201548--201647	32	3.1	32	100	0	200	23	21	32	24	1.98
208744--208798	18	3.1	18	87	10	85	32	16	12	38	1.86
210588--210711	32	3.9	32	100	0	248	23	32	22	21	1.98
215105--215707	32	18.8	32	100	0	1206	24	31	21	21	1.98
217315--217378	18	3.6	18	85	8	94	39	14	14	32	1.85
217315--217386	36	2.0	35	89	2	108	38	13	13	33	1.85
228152--228185	17	2.0	17	88	11	52	17	52	0	29	1.45
228880--228978	32	3.1	32	98	0	189	23	20	32	24	1.98
233162--233261	48	2.1	47	94	1	173	34	17	15	34	1.90
239234--239403	68	2.5	68	98	0	322	24	19	15	40	1.90
245516--245786	140	1.9	140	97	0	515	26	29	21	21	1.99
255026--255178	81	1.9	81	89	2	236	20	22	24	32	1.98
255188--255254	32	2.1	32	97	0	125	23	20	32	22	1.98
255624--255690	32	2.1	32	97	0	125	23	20	32	22	1.98
255890--256015	62	2.0	62	100	0	252	23	19	30	26	1.98
256300--256380	32	2.5	32	100	0	162	20	35	19	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
256795--256874	32	2.5	32	93	0	142	22	33	18	25	1.97
257316--257353	17	2.2	17	90	0	58	34	5	21	39	1.76
261304--261393	46	2.0	46	97	0	171	36	15	24	23	1.94
261820--261866	18	2.6	18	86	6	69	38	14	14	31	1.87
262158--262249	32	2.9	32	100	0	184	22	32	22	21	1.98
262536--262999	32	13.5	32	80	13	514	22	31	22	23	1.98
262536--262999	68	6.7	68	84	10	552	22	31	22	23	1.98
262700--262998	109	2.7	107	88	4	402	22	31	21	23	1.98
262843--262987	77	1.9	77	98	0	281	24	31	21	22	1.98
268506--268544	20	2.0	20	89	0	60	23	38	12	25	1.90

Tables:   1   2