123.fas.2.7.7.80.10.50.500.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NC_061056
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  162460

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
133--160	14	2.0	14	100	0	56	14	0	42	42	1.45
4800--4833	14	2.4	14	95	5	59	67	5	5	20	1.33
4823--4856	17	2.0	17	100	0	68	64	0	17	17	1.29
4831--4864	11	3.1	11	87	12	52	64	0	17	17	1.29
4843--4885	19	2.4	18	80	7	52	67	0	9	23	1.19
4888--4933	16	3.0	16	90	6	69	56	2	17	23	1.52
5004--5061	15	3.7	15	73	15	55	34	3	6	55	1.44
5111--5162	13	4.2	13	78	9	63	44	0	1	53	1.11
5111--5182	37	1.9	37	83	10	94	43	1	2	52	1.24
5620--5650	15	2.1	15	100	0	62	61	6	6	25	1.45
6538--6567	14	2.1	14	100	0	60	66	6	6	20	1.38
7394--7431	16	2.3	17	86	4	51	28	10	2	57	1.45
7498--7554	16	3.6	16	92	4	89	45	5	5	43	1.49
7559--7603	21	2.0	23	83	8	58	46	2	2	48	1.26
7535--7603	17	4.3	15	72	15	50	46	1	4	47	1.31
7571--7623	23	2.2	24	83	6	72	39	3	1	54	1.29
7766--7803	20	1.9	20	94	0	67	50	0	13	36	1.42
7890--7983	7	11.9	8	68	25	58	56	2	1	40	1.18
7889--7984	31	3.0	32	76	15	101	56	2	2	39	1.23
7911--7984	14	4.9	14	77	19	69	58	1	1	39	1.15
7959--8029	14	5.6	13	82	14	78	73	0	0	26	0.84
7900--7994	24	4.0	24	81	13	108	60	1	1	37	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7978--8031	10	4.9	10	79	20	63	79	0	0	20	0.73
7966--8049	35	2.3	36	87	4	116	72	1	1	25	0.99
7925--8029	24	4.2	24	74	13	88	67	0	0	31	0.97
7962--8031	11	6.0	11	80	12	70	74	0	0	25	0.82
8213--8244	15	2.1	15	94	0	55	50	0	9	40	1.35
8288--8387	5	20.2	5	70	13	55	61	0	0	39	0.96
8303--8402	14	7.3	14	79	11	82	62	0	0	38	0.96
8282--8353	20	3.9	20	79	20	102	61	0	0	38	0.96
8283--8402	34	3.5	34	89	6	172	61	0	0	38	0.96
8282--8389	20	6.0	19	73	22	99	61	0	0	38	0.96
8293--8401	49	2.2	48	85	7	148	62	0	0	37	0.96
8293--8401	15	6.8	15	73	20	87	62	0	0	37	0.96
8379--8426	12	3.8	12	84	10	60	75	0	4	20	0.97
8381--8427	13	3.6	13	94	0	67	76	0	4	19	0.95
9663--9695	16	2.1	16	100	0	66	24	24	0	51	1.48
9692--9772	2	38.5	2	75	9	54	40	12	2	44	1.55
9710--9751	13	3.4	13	87	12	70	38	14	0	47	1.44
9692--9762	17	4.3	17	81	17	87	39	14	0	46	1.44
9693--9762	30	2.2	32	92	5	117	38	14	0	47	1.44
9756--9797	10	4.5	10	85	11	54	50	0	21	28	1.49
9758--9804	17	2.7	17	93	3	76	48	0	23	27	1.51
9799--9845	17	2.5	20	76	23	64	23	2	6	68	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9809--9845	17	2.2	17	100	0	74	21	0	5	72	1.04
10264--10342	21	3.8	21	79	0	86	25	15	0	59	1.36
10257--10341	42	2.0	42	95	0	152	27	14	0	58	1.36
10333--10357	12	2.1	12	100	0	50	40	16	0	44	1.47
10380--10420	9	4.8	9	82	17	52	41	0	2	56	1.13
10391--10423	16	2.1	16	100	0	66	36	0	0	63	0.95
10348--10433	7	12.7	7	70	24	51	38	0	3	58	1.15
10413--10438	12	2.2	12	100	0	52	23	0	0	76	0.78
10389--10435	9	5.1	9	82	5	58	34	0	0	65	0.93
10451--10477	13	2.1	13	100	0	54	29	0	7	62	1.22
10611--10677	25	2.7	25	81	4	73	25	0	5	68	1.12
10629--10682	14	4.1	14	77	15	53	27	0	5	66	1.13
13658--13688	14	2.2	14	100	0	62	19	0	6	74	1.03
13920--13950	15	2.1	15	93	0	53	74	3	0	22	0.96
13930--13960	12	2.5	12	94	5	53	77	6	0	16	0.97
15071--15096	13	2.0	13	100	0	52	0	7	15	76	0.99
17317--17362	21	2.2	21	84	7	58	23	13	0	63	1.30
28423--28452	15	2.0	15	100	0	60	46	13	0	40	1.43
28468--28508	13	3.2	13	100	0	82	41	0	14	43	1.45
29699--29734	18	2.0	18	100	0	72	55	0	0	44	0.99
29699--29736	10	4.0	10	86	13	62	57	0	0	42	0.98
29754--29791	17	2.2	17	86	9	51	15	5	0	78	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29775--29815	10	4.2	10	81	6	57	34	0	0	65	0.93
29745--29814	8	8.2	8	74	22	54	25	2	1	70	1.10
30175--30208	17	2.0	17	94	0	59	50	5	8	35	1.58
31507--31546	21	1.9	21	94	0	71	62	10	7	20	1.50
32082--32107	12	2.2	12	100	0	52	26	0	7	65	1.20
33265--33310	5	9.8	5	79	11	53	43	0	2	54	1.12
33274--33310	13	2.6	15	87	8	51	43	0	2	54	1.14
33357--33441	19	4.7	19	76	15	90	68	0	14	17	1.22
33357--33422	6	11.2	6	73	26	61	69	0	12	18	1.18
33357--33436	13	6.2	13	74	21	62	67	0	15	17	1.23
33357--33422	34	1.9	34	100	0	132	69	0	12	18	1.18
33343--33410	12	6.1	12	78	21	69	69	0	8	22	1.16
33813--33845	15	2.2	15	94	0	57	39	9	6	45	1.61
34031--34097	5	14.0	5	72	9	59	29	16	0	53	1.43
34032--34093	19	3.3	19	100	0	124	30	16	0	53	1.43
34041--34099	10	6.1	10	76	7	68	30	16	0	52	1.44
34392--34426	15	2.3	15	90	5	52	42	0	8	48	1.33
34398--34429	15	2.1	15	100	0	64	43	0	6	50	1.27
35258--35295	14	2.6	15	87	4	51	71	2	2	23	1.12
35256--35305	23	2.1	24	85	3	66	68	2	4	26	1.18
38686--38716	10	3.1	10	100	0	62	51	0	9	38	1.35
39254--39306	21	2.5	22	93	6	99	30	5	13	50	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39301--39332	14	2.4	14	94	5	57	56	0	0	43	0.99
39322--39358	16	2.3	16	95	0	65	62	0	8	29	1.24
39380--39420	19	2.2	19	86	0	55	43	2	14	39	1.59
39450--39508	11	5.3	11	75	17	50	42	11	0	45	1.41
39466--39491	13	2.0	13	100	0	52	30	15	0	53	1.42
39501--39552	16	3.4	16	84	15	74	59	0	0	40	0.97
39505--39544	14	2.9	14	96	0	71	62	0	0	37	0.95
39494--39551	30	1.9	30	86	6	82	58	3	0	37	1.15
39501--39613	16	7.7	15	72	22	71	55	0	0	44	0.99
39576--39612	17	2.2	17	90	0	56	59	0	0	40	0.97
39483--39612	41	3.1	43	74	15	105	53	2	0	44	1.13
39602--39665	24	2.6	23	79	16	58	54	0	6	39	1.26
39651--39744	17	5.2	17	94	3	125	52	5	5	37	1.47
39647--39729	20	4.3	20	90	9	145	50	4	4	39	1.45
39654--39747	20	5.1	18	93	5	129	53	5	5	36	1.47
39649--39752	37	2.8	39	83	15	139	52	4	4	37	1.44
39752--39804	19	2.7	19	85	11	63	58	16	5	18	1.58
45932--45967	18	1.9	19	94	5	65	69	0	5	25	1.10
46154--46192	9	4.5	8	84	15	51	74	5	0	20	1.01
46143--46192	18	3.0	18	83	13	63	70	6	0	24	1.10
46155--46228	27	2.8	26	78	13	80	70	6	0	22	1.11
46178--46217	13	3.0	13	85	7	62	70	12	0	17	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46178--46217	14	2.9	14	88	3	64	70	12	0	17	1.18
49051--49077	14	1.9	14	100	0	54	14	3	14	66	1.38
50760--50801	20	2.1	20	100	0	84	76	4	14	4	1.12
51111--51165	28	2.0	28	100	0	110	32	20	14	32	1.92
51688--51728	20	2.0	20	100	0	82	24	4	19	51	1.66
52318--52353	12	3.1	12	96	4	65	0	8	5	86	0.72
52318--52353	11	3.2	11	92	4	54	0	8	5	86	0.72
54297--54377	40	2.1	39	84	11	103	28	11	0	60	1.31
54311--54398	29	3.0	29	76	12	90	28	9	0	62	1.25
54296--54378	39	2.2	38	80	16	93	28	10	0	60	1.31

Tables:   1   2