123.fas.2.7.7.80.10.50.500.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NC_071216
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  1174803

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
682743--682768	13	2.0	13	100	0	52	30	46	7	15	1.74
684444--684536	45	2.1	44	87	2	132	35	12	15	36	1.85
686527--686557	16	1.9	16	93	0	53	25	19	22	32	1.97
686905--686959	29	1.9	30	92	7	96	23	40	10	25	1.87
688059--688123	14	4.6	14	82	0	76	44	7	3	44	1.48
688089--688161	8	9.6	8	78	11	64	50	1	13	34	1.50
688079--688151	12	6.2	12	82	6	69	49	2	10	36	1.53
688103--688159	12	4.8	12	93	0	78	50	0	17	31	1.46
690050--690089	19	2.0	20	90	4	64	15	47	10	27	1.77
696495--696587	32	2.9	33	75	10	102	27	13	19	38	1.90
698760--698789	15	2.0	15	93	0	51	26	23	36	13	1.92
699388--699432	16	2.5	19	89	10	69	20	13	55	11	1.68
700294--700323	15	2.0	15	93	0	51	13	23	33	30	1.93
700532--700586	22	2.5	22	81	0	65	36	18	20	25	1.94
700794--700828	18	1.9	18	88	0	52	17	37	28	17	1.92
700903--700940	14	2.7	14	100	0	76	23	28	15	31	1.96
701643--701667	13	1.9	13	100	0	50	28	40	32	0	1.57
703292--703363	35	2.0	35	84	10	92	30	25	5	38	1.78
709054--709129	38	2.0	38	97	0	143	31	17	15	35	1.91
716136--716171	15	2.4	15	95	0	63	33	2	36	27	1.72
716136--716179	15	2.9	15	89	0	52	31	4	36	27	1.77
716186--716283	34	3.2	30	78	14	103	12	30	18	38	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
716238--716299	30	2.1	30	84	0	79	11	29	20	38	1.88
716475--716501	14	1.9	14	100	0	54	14	18	44	22	1.86
727321--727357	18	2.1	18	94	0	65	13	27	18	40	1.88
731788--731862	20	4.1	17	77	22	73	26	30	30	12	1.92
731821--731870	20	2.5	20	86	0	55	24	30	32	14	1.94
731980--732007	14	2.0	14	100	0	56	35	7	28	28	1.84
732186--732210	12	2.1	12	100	0	50	40	8	32	20	1.81
737944--738006	27	2.3	26	81	10	74	25	20	25	28	1.99
738060--738112	28	1.9	28	88	3	81	20	24	43	11	1.85
742396--742442	20	2.3	20	82	7	60	27	34	17	21	1.95
743920--743980	13	4.7	12	75	18	52	27	8	54	9	1.62
743920--744020	45	2.4	43	86	8	136	28	7	52	10	1.64
743934--744020	45	1.9	46	90	2	140	27	8	54	10	1.62
745287--745386	51	1.9	53	82	8	125	40	32	20	8	1.81
772574--772598	12	2.1	12	100	0	50	28	8	48	16	1.74
778810--778879	35	2.0	35	100	0	140	31	20	20	28	1.97
779617--779671	24	2.3	24	81	6	67	21	12	36	29	1.91
780218--780250	15	2.3	15	89	5	50	15	21	21	42	1.89
780393--780428	16	2.2	16	95	0	63	27	16	25	30	1.97
780372--780431	29	2.1	29	84	6	77	25	20	23	31	1.98
780682--780714	15	2.4	14	90	10	50	33	12	27	27	1.92
782093--782126	14	2.5	13	86	9	50	23	14	23	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
786555--786617	32	2.0	32	87	0	90	28	3	39	28	1.72
786766--786807	20	2.1	20	95	0	75	9	30	2	57	1.44
787292--787331	20	2.0	20	90	0	62	17	32	22	27	1.96
787427--787457	13	2.4	13	94	0	53	22	9	45	22	1.81
787561--787595	16	2.2	16	94	0	61	25	42	11	20	1.85
787589--787636	24	2.0	25	91	4	80	33	29	16	20	1.95
791106--791150	22	2.0	22	100	0	90	17	22	13	46	1.83
794441--794486	23	2.0	23	91	0	74	10	21	21	45	1.82
799956--799986	14	2.2	14	100	0	62	25	12	32	29	1.93
810668--810692	13	1.9	13	100	0	50	32	8	40	20	1.81
810728--810774	14	3.5	14	77	11	53	25	23	27	23	2.00
810723--810787	26	2.5	26	85	2	96	30	20	30	18	1.96
811064--811121	30	1.9	30	96	0	107	20	34	13	31	1.92
813982--814040	20	3.0	20	92	5	93	20	20	30	28	1.97
822747--822828	41	2.0	41	95	0	146	8	35	13	42	1.75
822829--822874	19	2.4	19	92	0	83	43	13	28	15	1.83
822828--822909	19	4.0	19	75	17	74	41	14	29	14	1.86
827021--827082	27	2.3	27	83	5	72	35	12	37	14	1.85
829773--829808	12	2.8	13	91	8	65	22	36	25	16	1.94
830282--830417	68	2.0	68	100	0	272	25	36	23	14	1.93
831799--831862	32	2.0	32	93	0	110	32	21	28	17	1.96
834116--834178	12	5.1	12	74	14	65	30	17	28	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
841487--841536	14	3.1	17	83	16	70	38	8	42	12	1.71
841755--841779	9	2.8	9	100	0	50	48	24	12	16	1.79
844915--844965	15	3.4	15	78	8	50	39	31	19	9	1.84
845286--845318	13	2.6	13	90	4	50	21	33	27	18	1.96
845388--845418	13	2.4	13	94	0	53	9	32	41	16	1.80
846524--846585	22	2.8	22	95	0	106	9	20	37	32	1.86
846866--846902	19	1.9	19	88	0	56	35	24	32	8	1.85
847600--847648	19	2.6	19	83	0	53	32	20	16	30	1.94
850665--850690	13	2.0	13	100	0	52	23	30	15	30	1.95
857843--857875	17	1.9	17	100	0	66	6	42	21	30	1.77
859284--859313	9	3.3	9	95	0	51	23	50	20	6	1.71
859767--859801	17	2.1	17	94	0	61	37	17	8	37	1.80
862140--862181	15	2.8	15	100	0	84	23	14	14	47	1.80
863396--863422	13	2.1	13	100	0	54	40	14	7	37	1.74
868182--868222	16	2.6	16	84	0	55	36	31	2	29	1.71
874500--874568	18	4.1	18	73	17	76	28	28	14	27	1.95
875507--875538	7	4.6	7	100	0	64	28	43	0	28	1.55
876964--877020	25	2.2	26	93	6	98	36	21	19	22	1.95
878764--878804	17	2.4	17	79	0	55	26	39	4	29	1.77
881461--881496	16	2.2	17	90	5	56	41	30	8	19	1.81
886144--886168	12	2.1	12	100	0	50	36	24	24	16	1.94
889813--889846	13	2.6	13	90	0	50	26	14	20	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
895349--895373	12	2.1	12	100	0	50	32	24	28	16	1.96
896321--896417	29	3.3	29	80	5	106	28	17	24	28	1.97
896819--896850	13	2.5	13	94	0	55	31	53	6	9	1.58
901045--901092	10	4.5	10	80	14	60	35	20	22	20	1.96
901738--901763	13	2.0	13	100	0	52	46	15	30	7	1.74
901824--901870	19	2.5	19	92	0	85	17	34	27	21	1.95
901972--902013	22	1.9	22	90	0	66	50	9	19	21	1.75
906345--906387	20	2.2	20	100	0	86	18	18	32	30	1.95
906345--906398	20	2.8	20	91	2	74	18	20	35	25	1.95
910556--910616	31	2.0	31	90	0	95	39	24	13	22	1.90
920787--920828	18	2.3	19	80	12	52	38	30	23	7	1.82
921332--921361	12	2.5	12	100	0	60	20	40	10	30	1.85
922626--922650	13	1.9	13	100	0	50	24	32	16	28	1.96
924466--924532	20	3.0	20	70	25	62	49	5	29	14	1.68
924457--924519	27	2.3	27	97	0	117	50	4	30	14	1.63
925420--925454	2	18.0	2	94	5	63	48	0	0	51	1.00
929161--929212	25	2.1	24	89	3	77	26	19	23	30	1.98
929196--929230	18	1.9	18	100	0	70	22	22	11	42	1.85
932061--932119	22	2.7	23	81	7	68	25	33	8	32	1.86
933997--934045	24	2.0	24	100	0	98	36	18	12	32	1.88
934128--934157	15	2.0	15	100	0	60	13	13	33	40	1.83
962342--962368	13	2.1	13	100	0	54	40	0	59	0	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
965441--965495	24	2.4	23	82	11	60	21	32	5	40	1.76
966646--966691	20	2.3	20	88	0	65	15	52	0	32	1.43
967324--967350	9	3.0	9	100	0	54	22	44	0	33	1.53
967856--967970	54	2.1	54	100	0	230	24	22	12	40	1.88
969628--969677	25	2.0	25	100	0	100	20	12	24	44	1.85
984786--984820	17	2.1	17	100	0	70	37	22	11	28	1.89
997419--997469	25	2.0	25	92	0	84	35	23	29	11	1.90
1000967--1001021	25	2.3	24	78	15	60	27	10	43	18	1.83
1000967--1001022	23	2.3	25	77	17	64	28	10	42	17	1.83
1007554--1007600	22	2.1	22	96	0	85	29	29	10	29	1.91

Tables:   1   2   3   4