123.fas.2.7.7.80.10.50.500.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NC_039746
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  1191054

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
129915--130150	117	2.0	117	100	0	472	30	27	22	20	1.98
130869--130912	18	2.4	18	76	0	52	15	31	22	29	1.95
136343--136377	18	1.9	18	94	0	61	31	22	17	28	1.96
139289--139341	24	2.2	24	100	0	106	26	22	26	24	2.00
139505--139545	9	4.4	9	96	3	73	12	53	24	9	1.68
139607--139661	17	3.4	17	73	14	53	25	7	23	43	1.79
142188--142257	20	3.1	20	72	27	68	18	25	4	51	1.64
142204--142259	16	3.8	16	68	22	50	17	25	5	51	1.66
142983--143060	31	2.4	33	87	8	106	20	12	16	50	1.78
145597--145649	14	3.9	14	95	4	92	11	43	15	30	1.81
147138--147182	22	2.0	22	100	0	90	31	28	13	26	1.94
147409--147489	27	2.9	28	67	20	69	24	17	43	14	1.87
147556--147595	21	1.9	21	90	10	64	27	17	40	15	1.89
147694--147759	25	2.6	25	95	0	123	22	19	28	28	1.98
147919--147962	23	1.9	23	100	0	88	20	27	27	25	1.99
147756--148160	222	1.8	222	98	0	783	27	20	30	21	1.98
148213--148270	27	2.1	27	100	0	80	29	10	50	10	1.70
148259--148309	20	2.5	20	100	0	102	27	19	49	3	1.66
155612--155642	8	3.9	8	95	0	53	16	48	9	25	1.76
156146--156178	15	2.2	15	100	0	66	27	24	30	18	1.98
156176--156219	21	2.1	21	86	0	61	38	13	40	6	1.71
156640--156695	29	2.0	28	89	3	85	16	44	17	21	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
161300--161378	27	3.0	26	70	14	72	13	41	16	27	1.86
162438--162492	25	2.3	23	78	15	58	27	40	3	29	1.73
163884--163964	27	3.0	27	96	0	153	49	7	14	28	1.70
165434--165477	15	2.9	15	93	0	61	11	15	47	25	1.79
165501--165595	24	4.0	24	98	0	181	21	21	28	29	1.98
165976--166076	50	2.0	50	100	0	202	31	24	15	27	1.96
166357--166390	14	2.5	14	90	4	52	20	32	23	23	1.98
166532--166575	13	3.4	13	75	12	54	22	34	11	31	1.90
167284--167329	21	2.2	21	100	0	92	52	17	8	21	1.71
172363--172483	25	4.7	26	73	7	111	22	23	28	25	1.99
172424--172483	27	2.3	25	85	5	84	20	23	30	26	1.98
172631--172688	27	2.1	27	100	0	80	29	10	50	10	1.70
172677--172727	20	2.5	20	100	0	102	27	19	49	3	1.66
172731--172797	30	2.2	30	100	0	134	23	23	46	5	1.74
172945--172996	20	2.6	20	100	0	104	26	19	50	3	1.65
173347--173451	42	2.5	42	88	0	156	25	31	16	26	1.96
173566--173646	42	1.9	42	84	0	108	29	22	3	44	1.70
174117--174160	19	2.3	19	100	0	88	25	29	9	36	1.86
174299--174357	27	2.2	27	100	0	118	10	50	10	28	1.68
174309--174379	27	2.6	27	84	0	79	16	38	16	28	1.91
174680--174728	6	8.5	6	93	6	84	0	65	0	34	0.93
174680--174728	23	2.1	23	92	7	82	0	65	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
174759--174853	27	3.6	27	71	7	88	22	30	22	25	1.99
174759--174869	51	2.1	54	90	5	174	21	29	21	27	1.99
176724--176840	32	3.7	32	96	1	209	11	37	20	29	1.89
181949--182034	37	2.3	37	100	0	172	5	40	18	34	1.75
183476--183510	18	1.9	18	94	0	61	22	22	25	28	1.99
185928--185972	23	2.0	23	82	8	56	37	33	15	13	1.86
186488--186514	13	2.1	13	100	0	54	22	11	22	44	1.84
192820--192862	20	2.2	20	100	0	86	20	23	23	32	1.98
193130--193199	31	2.2	32	82	7	81	28	14	28	28	1.95
193379--193418	18	2.2	18	90	0	62	27	22	27	22	1.99
194105--194163	27	2.2	27	100	0	118	10	50	10	28	1.68
194115--194185	27	2.6	27	84	0	79	16	38	16	28	1.91
194233--194431	88	2.3	88	100	0	398	27	30	18	23	1.98
199832--199912	27	3.0	27	100	0	162	33	33	3	29	1.75
199853--199902	17	3.4	17	65	35	51	32	34	4	30	1.76
203458--203494	13	2.8	14	84	12	51	29	32	21	16	1.95
208765--208795	15	2.0	16	93	6	55	25	16	6	51	1.68
212665--212721	17	3.4	17	81	11	57	42	12	24	21	1.87
215822--215864	13	3.5	13	75	18	56	27	41	23	6	1.80
215815--215871	23	2.5	23	100	0	114	24	45	21	8	1.80
216815--216882	24	2.8	25	86	4	111	27	29	22	20	1.98
216960--216985	11	2.4	11	100	0	52	0	61	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
216923--217063	49	2.9	49	93	3	234	14	46	12	26	1.81
217009--217034	11	2.4	11	100	0	52	0	61	0	38	0.96
217749--217795	24	2.0	24	95	0	85	27	19	42	10	1.84
217785--217861	32	2.4	33	84	8	104	29	15	41	12	1.85
222444--222532	38	2.3	38	80	7	99	38	28	3	30	1.73
225947--225992	24	1.9	24	82	8	58	28	19	21	30	1.98
229645--229693	26	1.9	25	95	4	89	26	20	48	4	1.67
229684--229711	9	3.1	9	100	0	56	10	53	25	10	1.67
231032--231143	30	3.7	30	100	0	224	25	31	25	18	1.98
231378--231607	115	2.0	115	100	0	460	20	33	23	22	1.98
231869--231933	26	2.5	26	97	2	121	30	21	24	23	1.99
231940--231998	27	2.2	27	100	0	118	10	50	10	28	1.68
231950--232020	27	2.6	27	84	0	79	16	38	16	28	1.91
238456--238489	16	2.1	16	89	10	52	17	44	5	32	1.73
239029--239090	7	9.1	7	71	18	51	11	29	0	59	1.32
239019--239088	20	3.5	20	80	7	81	10	31	0	58	1.31
239032--239085	19	2.8	20	82	5	74	11	29	0	59	1.32
239032--239090	13	4.3	15	75	20	58	11	28	0	59	1.33
239413--239518	39	2.8	39	92	2	180	34	29	16	19	1.93
243558--243584	13	2.1	13	100	0	54	33	44	14	7	1.73
244587--244636	24	2.0	26	92	7	86	32	24	36	8	1.84
245053--245104	17	3.1	17	91	2	79	26	40	7	25	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
245731--245760	14	2.1	14	100	0	60	43	20	23	13	1.86
249117--249175	27	2.2	27	100	0	82	28	10	50	10	1.68
249182--249231	26	1.9	26	91	0	82	22	22	28	28	1.99
249967--249993	12	2.2	12	100	0	54	25	33	22	18	1.97
251184--251233	26	1.9	26	91	0	82	28	28	22	22	1.99
252395--252428	13	2.6	13	90	0	50	17	47	0	35	1.48
253440--253478	20	1.9	21	89	5	62	17	25	23	33	1.96
258961--258985	13	1.9	13	100	0	50	32	20	32	16	1.94
260239--260265	9	3.0	9	100	0	54	11	11	33	44	1.75
267182--267208	14	1.9	14	100	0	54	37	14	22	25	1.93
267609--267637	14	2.0	15	93	6	51	20	20	44	13	1.85
268330--268371	15	3.1	15	74	25	56	35	23	21	19	1.96
270751--270913	31	5.3	31	100	0	326	19	21	28	31	1.97
274065--274095	16	1.9	16	100	0	62	35	19	32	12	1.90
274662--274700	17	2.3	17	100	0	78	23	28	17	30	1.97
275384--275421	13	2.9	13	88	0	58	23	57	7	10	1.58
276468--276676	105	2.0	105	98	0	400	20	28	28	22	1.98
277902--277954	22	2.4	22	75	12	56	15	5	49	30	1.67
279096--279122	6	4.5	6	100	0	54	33	18	0	48	1.49
281317--281405	36	2.5	36	100	0	178	35	19	39	5	1.75
282158--282200	22	2.0	22	95	0	77	34	18	32	13	1.90
282688--282726	20	2.0	20	100	0	78	30	20	35	12	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
284138--284166	13	2.1	14	93	6	51	24	34	24	17	1.96
284370--284419	26	1.9	26	91	0	82	28	28	22	22	1.99
284426--284484	27	2.2	27	100	0	118	10	50	10	28	1.68
284436--284506	27	2.6	27	84	0	79	16	38	16	28	1.91
286731--286969	120	2.0	120	100	0	478	30	20	32	16	1.95
290753--290825	32	2.4	32	86	6	98	26	28	19	26	1.98
291054--291123	37	1.9	36	94	2	122	32	24	17	25	1.96
292760--292796	18	2.1	18	100	0	74	45	0	16	37	1.47
293814--293861	22	2.2	22	88	0	69	20	37	14	27	1.92
294095--294158	28	2.3	28	91	2	103	50	1	23	25	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8